福澤的“赤穗非義士論”與“權(quán)助論”，由于完全顛覆了日本國(guó)民心目中的忍辱負(fù)重為主君復(fù)仇的赤穗義士，與為主人盡忠的仆人權(quán)助的光輝形象，所以很快就遭到其他報(bào)紙、雜志的口誅筆伐。再加上第4篇中福澤以自身不依靠政府，在民間辦教育的事例批判當(dāng)時(shí)其他學(xué)者加入政府為其服務(wù)，也遭到西周、加藤弘之等其他明六社同仁的批判。一時(shí)之間福澤周圍風(fēng)聲鶴唳，多位朋友勸他暫時(shí)擱筆避避風(fēng)頭。

但福澤認(rèn)為無(wú)需退縮。他一邊繼續(xù)執(zhí)筆為自己辯護(hù)，一邊撰文續(xù)寫《勸學(xué)書》。與此同時(shí)，他開始構(gòu)思《文明論概略》，準(zhǔn)備系統(tǒng)地闡述自己的思想?！秳駥W(xué)書》第八～十三篇的文章，就是在這樣的環(huán)境與心境下，以每月一篇左右的速度寫就發(fā)表的。但是很明顯，這幾篇文章的內(nèi)容大多圍繞著已經(jīng)討論過(guò)的問(wèn)題進(jìn)行補(bǔ)充，缺少前面文章中的激情與尖銳。第八、十一兩篇繼續(xù)批判上下名分與政府專制，但議論的重點(diǎn)已經(jīng)轉(zhuǎn)變?yōu)閺?qiáng)調(diào)政府制定的法律的重要性，要求國(guó)民嚴(yán)格遵守法律。第九、十、十二這三篇的中心仍是議論自由與獨(dú)立，但此時(shí)個(gè)人追求自由、獨(dú)立的原因是為了日本國(guó)家的獨(dú)立這個(gè)目的——即為了國(guó)家主義而追求。

第十三篇中福澤筆鋒一轉(zhuǎn)，以“怨恨”為題展開論述。文章的中心最終落在批判政府的言論管制，認(rèn)為“人的原本性情無(wú)法自由釋放，就必然會(huì)對(duì)給他制造障礙的人產(chǎn)生怨恨”，國(guó)民“應(yīng)該多接觸事物，才能把人天生的活力迸發(fā)出來(lái)”。

第三類的文章內(nèi)容與福澤的另一部代表作《文明論概略》有極大的關(guān)聯(lián)。其中第十四篇的主題“照顧”中，對(duì)政府專制的批判已經(jīng)非常微弱，僅指出政府不接受民間的意見，是對(duì)國(guó)民的“保護(hù)過(guò)度”而已。第十五篇中論述做學(xué)問(wèn)的方法應(yīng)該有懷疑的態(tài)度，并指出當(dāng)時(shí)日本全面西化、表面西化的一些問(wèn)題。第十六篇中論述“獨(dú)立”分為物質(zhì)的獨(dú)立和精神上的獨(dú)立兩種，且后者重要，并強(qiáng)調(diào)知行合一。第十七篇中福澤認(rèn)為“榮譽(yù)和人望是值得積極爭(zhēng)取的事物”，呼吁國(guó)民應(yīng)該追求積極地出世，有所作為。并指出“通曉語(yǔ)言”、“溫和率真”、“廣交好友”這三種方法。以上諸篇的內(nèi)容都可以在《文明論概略》中看到更加詳細(xì)、精彩的論述。

一般說(shuō)來(lái)，《勸學(xué)書》是福澤啟蒙思想的序章，而《文明論概略》則是本論部分。但從前者到后者的大約三年間，福澤的思想發(fā)生了巨大的轉(zhuǎn)變。

在《勸學(xué)書》中，福澤總體崇尚個(gè)人的自由、平等、獨(dú)立，主張個(gè)人應(yīng)該通過(guò)學(xué)習(xí)近代科學(xué)安身立命，并為國(guó)家的獨(dú)立、發(fā)展作出貢獻(xiàn)。在國(guó)際關(guān)系中，推崇自然法理解的國(guó)際法原則，如國(guó)與國(guó)間權(quán)利平等，互相尊重交往等的“天理”。在福澤看來(lái)，自由、平等、獨(dú)立等價(jià)值，既適用于個(gè)人，同時(shí)也適用于國(guó)際間；既是日本國(guó)內(nèi)應(yīng)遵循的規(guī)范，也是國(guó)際間的行動(dòng)準(zhǔn)則，是具有超越的、先驗(yàn)性格的永遠(yuǎn)的普世價(jià)值。在政府與國(guó)民的關(guān)系中，雖然也批判不學(xué)的“愚民”，主張國(guó)民應(yīng)該嚴(yán)格遵守法律，但也批評(píng)、告誡政府不要專制壓迫。

但在《文明論概略》中，這些價(jià)值都被作了“現(xiàn)今的”限定，一切都讓位于本國(guó)的獨(dú)立這種“私情”和“偏頗態(tài)度”。國(guó)際間的秩序，也成為以物競(jìng)天擇、優(yōu)勝劣汰的社會(huì)進(jìn)化論為基礎(chǔ)的，所有人對(duì)所有人的戰(zhàn)爭(zhēng)般瘋狂的世界。福澤曾經(jīng)信奉的國(guó)際正義、國(guó)際道德都已經(jīng)蕩然無(wú)存。個(gè)人的自由、平等也讓位于“國(guó)家獨(dú)立”這個(gè)終極目的，成為對(duì)外擴(kuò)張國(guó)權(quán)的手段。

因此，盡管《勸學(xué)書》中有愚民論、唯學(xué)問(wèn)論等的缺陷，但強(qiáng)調(diào)自由平等、天賦人權(quán)主旨的該書，或許可以認(rèn)為是福澤諭吉啟蒙思想的最杰出的代表作。