一開始，錢學森對驅(qū)逐令的上訴并不成功。1952年2月，美國移民局的官員駁回了格蘭特·庫珀的上訴，否認主持聽證會的官員因不恰當?shù)厥褂米C據(jù)而作出驅(qū)逐錢學森的決定。他們認為，錢學森在20世紀30年代的所作所為均顯示他確為一名共產(chǎn)黨。在他們看來，無論如何，錢學森曾試圖帶著可能威脅美國安全的文件離開美國，而在接受關(guān)于這些科學文件的用途的質(zhì)詢時，表現(xiàn)得含糊其辭。更重要的是，移民局還表示，盡管錢學森說他并不一定永遠留在中國，但他卻沒有申請重新入境許可證，這會讓他根本回不了美國。

李·杜布里奇對這一決定怒不可遏。1952年2月25日，他寫信給格蘭特·庫珀說：“這個決定不是基于當且僅當一個人的罪行無可置疑時才推定他為有罪的原則，而是認為，只要有理由對一個人的清白產(chǎn)生懷疑，就可以認定這個人有罪?！彼Ｍ麕扃昀^續(xù)上訴，并強調(diào)錢學森所攜帶的那些所謂保密文件實際上毫無秘密可言。3月6日，庫珀托人傳話給杜布里奇，告訴他自己已經(jīng)再度向移民局提起上訴，如果這次上訴再被駁回，庫珀將寫信給總檢察長。他已經(jīng)作好了在1952年5月在華盛頓為錢學森的案子戰(zhàn)斗到底的準備。

然而，這些努力最后均以失敗告終。1952年11月，錢學森的最后一次上訴被駁回。庫珀警告錢學森說，接下來的一年里他可能隨時被捕入獄。與此同時，杜布里奇寫信給助理總檢察長斯坦利·巴恩斯，請求他推薦在司法部工作、可能對錢學森施以援手的人。杜布里奇表示，他愿意前往華盛頓，與這些人親自會面。他寫道：“我個人堅信，錢學森永遠會忠實地為美國服務(wù)。對他的種種不公正待遇會令美國失去一個天賦異稟的科學家所貢獻的無價的科學服務(wù)?！?

杜布里奇從巴恩斯那里得到的回復并不鼓舞人心。巴恩斯回信說，他已經(jīng)和移民局的特派員阿蓋爾·麥基確認過了，后者告訴他，錢學森已經(jīng)窮盡了所有可能的法律救援方法。杜布里奇還輾轉(zhuǎn)獲悉，因為對整個情勢越來越憤懣失望，錢學森已經(jīng)不太可能繼續(xù)與美國政府抗爭了。在這時候，加州理工學院的其他人也準備索性放棄斗爭。

由于別無選擇，錢學森只好繼續(xù)工作和教學，以此保持智力上的活躍。他靜待接下來的事情發(fā)生，不管那將是什么樣的事情，也不管將會在何時發(fā)生。他轉(zhuǎn)換了研究領(lǐng)域，轉(zhuǎn)為開展博弈論和經(jīng)濟行為的研究。1954年，錢學森出版了《工程控制論》（Engineering Cybernetics），一本關(guān)于通訊和控制系統(tǒng)的教科書。這本書一問世便大受歡迎。

幾年后，麻省理工學院教授、知名控制論專家華萊士·范德·維爾德（Wallace Vander Velde）用“非同凡響”和“那個時代的卓越成就”來描述這本書。

錢學森的精神能量繼續(xù)釋放著炫目的智慧火花。有一次，當錢學森在黑板上演算一個很長的推理證明時，一位學生打斷了他，向他請教與此無關(guān)的另一個難題。錢學森開始時沒有理睬那名學生，繼續(xù)在黑板上書寫等式，直到寫滿了整整4塊10英尺長4英尺高的黑板?！八尤荒馨涯敲炊鄸|西都記在腦子里，這真了不起，”弗雷德里克·哈特維希回憶道：“但是當他轉(zhuǎn)過身來，隨即給出那個學生剛剛問起的那個難題的答案時，我們?nèi)寂宸梦弩w投地。他是怎樣做到一邊大寫板書，一邊同時解決兩個難題的呢？我永遠都想不明白?！?

奇怪的是，盡管身處困境，錢學森此時卻成了一個溫和得多的老師——或許這正是困境使然。在此期間，在一些學生的記憶里，當學生在工作時間向他請教問題時，錢學森永遠都是那么謙遜有禮，有求必應(yīng)?！拔蚁矚g和他談話，”第一個拿到錢學森負責的古根海姆獎學金、同時也是錢學森門下第一個從加州理工學院拿到博士學位的學生羅伯特·梅格萊布里安（Robert Meghreblian）回憶道，“有時候我只不過是跑到他的辦公室里去問聲好。我坐在窗臺上，錢學森在屋子里來回踱步，和我討論不同的話題。我發(fā)現(xiàn)他感情極其豐富，而且與我趣味相投。我把他當朋友看待。”梅格萊布里安承認，錢學森在麻省理工學院的時候或許是個糟糕的教師，但當他回到加州理工學院之后，“顯然他已經(jīng)改變了許多”。

有時候，除了直接把答案告訴給學生，錢學森還會問他們一些關(guān)鍵性的問題，讓他們了解到還需要進一步關(guān)注的一些事項，從而促使他們走上正確的方向。錢學森甚至改變了有些學生的一生。他曾替一位非常有潛力的碩士研究生卡爾·霍姆奎斯特申請到了海軍的許可，讓他可以順利完成自己的博士論文，進而最終實現(xiàn)其夢想——1970年，霍姆奎斯特成為美國海軍研究部門的主管。

然而，年復一年，隨著局勢未能得到任何緩解，錢學森開始從加州理工學院的社交圈子中淡出。一些教授開始躲著錢學森，因為擔心如果和他走得太近，自己也會成為被調(diào)查的對象。他的一名學生優(yōu)素福·約勒觀察到，錢學森表現(xiàn)得越來越?jīng)]有耐心，越來越容易生氣，他因此換了一位加州理工學院教授來擔任自己的論文指導老師。到1954年的時候，錢學森看起來比以往任何時候都更孤僻和情緒化。人們對他的擔心與日俱增。“他看起來精疲力竭，不堪重負，”加州理工學院校友富蘭克林·迪德里?；貞浀?，“我不知道他和政府之間發(fā)生的那些事，還以為他是病了呢。”