幾年后，錢學森對他被關(guān)押的那段日子有過一次戲劇性的描述。他對一名記者說：“15天里，我一直被嚴密看押，不能和任何人說話。每天晚上，獄警每隔15分鐘就打開一次電燈，讓我得不到任何休息。這種折磨讓我在這么短的時間里便瘦了30磅?！?

很難判斷，在被關(guān)押于移民局監(jiān)獄的這兩周時間里，錢學森到底受到了什么樣的待遇。李·杜布里奇幾十年后回憶道，錢學森住在一個“相當舒服”的小單間里，有一張寫字桌，采光也不錯。然而，他的確與大多數(shù)親友和同事分隔開來。身在歐洲的馮·卡門試圖與錢學森通電話，但是未能獲準。錢學森的家人幾乎每天都來探視他。當他們來的時候，錢學森總是面帶微笑，從牢房的窗戶向他們揮手致意。

或許錢學森的確在此期間受到了肉體和精神上的雙重折磨。獄警可能真的讓錢學森睡不好覺，對于他們來說，每晚借助手電筒的光線查看關(guān)押在牢房里的人的狀況是一項常規(guī)工作。一名在監(jiān)獄中待過幾個小時的中國學生記得，這些獄警會把手電筒直接照上他的臉，確認他“還活著，沒有自殺”。

加州理工學院校方一直在背后努力，爭取早日釋放錢學森。9月18日，錢學森寫下一份聲明，保證在沒有得到杜布里奇和金博爾的書面許可的前提下，絕對不會離開美國。兩天后，特米諾島上的移民局官員對錢學森進行了審訊。

當被問及失去保密許可證和父親來信這兩件事對錢學森的影響時，錢學森回答道：

父親來信這件事對我影響很大，他一直希望我能夠回到中國。他的健康狀況不佳，我早已深知，但是我一直只顧自己的工作，因為我實在是太忙了。當你總是埋頭于工作時，很難對個人情況加以審視和思考。但當我的保密許可證被吊銷之后，我十分震動。這讓我靜下來考慮個人問題，便在此時，我開始想到，到底是要繼續(xù)留在這個國家，還是應(yīng)該回到中國？

當我看到美國和中國大陸政府之間可能會出現(xiàn)公開的敵對行動時，這讓我更困惑了。

如果這種敵對事件確實發(fā)生，我可能再也沒有機會給我的父親寄錢，而他目前只能依靠我的供養(yǎng)。對于這種可能性，我深感不安。所以我的初衷是事先作些安排，讓我父親的生活來源不致中斷，有所保障……事實上，我已經(jīng)對沃特森教授提到過，我終究還是希望返回美國并繼續(xù)在這里工作，但當然，我也對他表明，加州理工學院最好別指望我能夠給出一個確切的返回日期。

在這次聆訊會之后，加州理工學院校方與地方總檢察官辦公室的官員一起召開了一場關(guān)于錢學森的會議。兩天后，錢學森被交保釋放，保釋費高達15000美元。他在加州理工學院的同事不得不求助于錢學森的一位富翁朋友，才把這筆錢湊齊。后來，在接受報紙記者采訪時，錢學森以玩笑的口吻談及此事：“相對于普通綁架案1000～2000美元的標準贖金，我真的挺替自己驕傲的?！钡诋敃r，錢學森卻深感屈辱。

美國航空噴氣發(fā)動機公司當時的副總裁威廉·齊舍是少數(shù)親眼目睹了錢學森內(nèi)心受傷之重的人之一。一天傍晚，他來到錢學森家中小坐，簡短地跟錢學森說明秘密許可證被吊銷的情況。齊舍一向把錢學森當成該公司最有價值的科學顧問之一，但此時此刻，他卻不得不告訴錢學森，后者已經(jīng)不能夠再在本公司工作了。這時候，一向沉默寡言的錢學森突然抑制不住奔涌的感情，滔滔不絕地向齊舍傾訴了四五個小時。這讓齊舍大為吃驚。

齊舍回憶道，看起來，錢學森正掙扎于父親、祖國和師友幾種力量的撕扯中。他很希望能回到父親身邊盡孝，但他也想要履行自己對馮·卡門所作過的承諾，終生追隨其左右。最后，祖國對于錢學森依然有很大的吸引力。對于錢學森來說，被儒家文化所浸淫的中華文明，是永遠不會被蘇聯(lián)的影響而磨滅的。錢學森說：“中國永遠是中國人的中國?！?

錢學森剛出獄的時候，所有人都對他將迅速被宣告無罪一事充滿樂觀。其他一些大學甚至表示出雇用錢學森的興趣。剛被釋放不到一個星期，世界著名物理學家、普林斯頓高等研究院主任羅伯特·奧本海默便給杜布里奇寫信，詢問錢學森的狀況。奧本海默與數(shù)學家約翰·馮·諾依曼也討論過這件事。奧本海默說，馮·諾依曼“對錢學森所做的工作很感興趣，并認為即使是在一個計算機可以解決航空問題的時代，像錢學森這樣的人依然有其存在價值。

杜布里奇認為，”澄清“錢學森”名譽“的最佳途徑是召開一個由工業(yè)就業(yè)評審委員會主持的聽證會。然而，他也擔心，要求評審委員會恢復(fù)錢學森的保密許可證是否是一件明智的事。杜布里奇在寫給朋友的信中提到?；蛟S更好的辦法是證明錢學森從來都未曾加入過共產(chǎn)黨，而且從未試圖竊取機密情報。畢竟，證明錢學森身為共產(chǎn)黨員的證據(jù)非常牽強無力。對于錢學森在行李打包托運前曾試圖將機密文件取出這一事實，杜布里奇也堅信不疑。

種種跡象顯示，這件事將很快被畫上句號，無人問津。然而，10月份，意想不到的事情發(fā)生了。美國移民局決定根據(jù)1950年出臺的《顛覆活動管制法》（Subversive Control Act）將錢學森驅(qū)逐出境。原因是，移民局認為錢學森在上一次入境美國之前，他是一名共產(chǎn)黨員。