進入新世紀后，周其仁開始頻頻對公眾問題發(fā)言，涉及課題遠遠超出其起家的農(nóng)村問題范疇，包括電信改革、教育改革、國企改革等。他沒有經(jīng)濟學家高高在上的面孔，儼然一個公共知識分子。

隨著“看不起病，住不起院，買不起藥”現(xiàn)象的普遍出現(xiàn)，醫(yī)療改革逐漸成為備受爭議的熱門話題，也自然成為周其仁研究、關注的焦點。

長期以來，由于醫(yī)護人員的工資收入水平偏低，為了提高收入，不少醫(yī)院借助市場化的契機，通過制度的調整，實行了“以藥養(yǎng)醫(yī)”等一系列提高醫(yī)護人員收入的策略，從而增加了部分醫(yī)務人員為了提高收入而多開藥品以及其他尋租行為發(fā)生的機會。正基于此，有些學者將“看病貴，看病難”的問題歸于醫(yī)療服務的市場化，呼吁建立公共醫(yī)療的社會福利體制。

周其仁不贊成這種看法，他通過數(shù)據(jù)舉證，從1978年到2005年的27年間，國家衛(wèi)生費用增加了77倍，個人開支增加了198倍，而同期的醫(yī)院、診所、醫(yī)生以及護士等醫(yī)療資源的供應增加卻只有一兩倍。從數(shù)據(jù)中不難看出，并不是所謂市場化導致醫(yī)院的看病難和看病貴，而是醫(yī)療資源的供給嚴重不足所致。

那么，供給嚴重不足增加供給不就解決問題了？事實上，每年都有數(shù)以十幾甚至幾十萬計的醫(yī)科學生畢業(yè)，人力資源供應不可謂不足，另外政府也大力鼓勵私有醫(yī)院的設立，這豈不是悖論？

周其仁發(fā)現(xiàn)，允許私有醫(yī)院設立的政策確實有，并且法律上不存在障礙，但私立醫(yī)院跟公立醫(yī)院有一個重要區(qū)別，即定性差異：公立醫(yī)院屬于事業(yè)單位，非營利性質，不需要交稅；而私立醫(yī)院在性質上屬于企業(yè)營利機構，在營業(yè)稅、增值稅和所得稅三大稅種方面負擔就大得驚人，毋庸說其他的各種稅費了。生就不平等的競爭地位和委曲求全的尋租空間，形成了強大的進入壁壘，這就是為什么私立醫(yī)院雖受到政策鼓勵，卻寥寥無幾的原因。