1982年，夏天即將結(jié)束的時(shí)候，“農(nóng)發(fā)組”建制，并入中國(guó)社科院農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)研究所。這樣一來(lái)，身為組員的周其仁變成農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)研究所的一名研究員，他戲稱自己還未正式畢業(yè)就被“分配”了。無(wú)疑，這個(gè)去處正是他所向往的。

年屆70歲的杜潤(rùn)生成為“發(fā)展組”的直接領(lǐng)導(dǎo)，在他的帶領(lǐng)下，周其仁等進(jìn)行了大量實(shí)地調(diào)研，對(duì)農(nóng)村問(wèn)題有了更加專業(yè)的認(rèn)知，“農(nóng)發(fā)組”成員迅速成熟，成為研究農(nóng)村問(wèn)題的主力。

此后，其中一部分人組建經(jīng)濟(jì)體制改革研究所，其他人組建農(nóng)村發(fā)展研究所。杜潤(rùn)生是這兩個(gè)所的主任，但他總是站到年輕人的身后。在杜潤(rùn)生的帶領(lǐng)下，資歷尚淺的周其仁得以參與中央農(nóng)村政策的制定，不僅為以后的研究奠定基礎(chǔ)，更確立了奉守一生的實(shí)地調(diào)查的研究方法。

或許早年的遭遇留下太過(guò)深刻的印象，周其仁關(guān)心時(shí)勢(shì)，但不熱衷于政治。即便如此，周其仁還是異常嚴(yán)謹(jǐn)?shù)貐⑴c了杜潤(rùn)生領(lǐng)導(dǎo)的農(nóng)村政策的起草工作。有一年，中央農(nóng)村“一號(hào)文件”寫出來(lái)，杜潤(rùn)生指派周其仁到國(guó)務(wù)院印刷廠擔(dān)任最后校訂。這樣一來(lái)，他以非黨員的身份，“過(guò)目”了這份黨內(nèi)文件。多年后每當(dāng)回憶至此，周其仁仍會(huì)大發(fā)感慨，自稱“生逢其時(shí)”，“不經(jīng)意間走進(jìn)一個(gè)書本上沒有的學(xué)問(wèn)天地”。

漸漸地，這些年輕人闖出一些名堂，“農(nóng)發(fā)所”的招牌越發(fā)響亮，成為京城眾多研究機(jī)構(gòu)中小有名氣的一個(gè)，很有些神秘色彩。

這是周其仁學(xué)術(shù)生涯中最單純快樂的時(shí)期。一有機(jī)會(huì)，他就和同事下鄉(xiāng)考察，回來(lái)之后寫成研究報(bào)告。

1986年，周其仁和戴小京合作完成《農(nóng)民、市場(chǎng)與制度創(chuàng)新》一文，著重分析了農(nóng)村產(chǎn)權(quán)改革問(wèn)題，首次提出農(nóng)戶土地經(jīng)營(yíng)權(quán)的“法律表現(xiàn)”，如果“所有制的革新變化得不到相應(yīng)的法律肯定，倒退也就難以制止”。不但如此，周其仁和戴小京還提出一個(gè)更大膽的建議：“農(nóng)民家庭土地經(jīng)營(yíng)權(quán)的重建，使整個(gè)國(guó)民經(jīng)濟(jì)的運(yùn)轉(zhuǎn)體制變得不適應(yīng)，因而需要根本的全盤變革?！?

從這篇文章中不難發(fā)現(xiàn)周其仁早年經(jīng)歷的影子。當(dāng)產(chǎn)權(quán)問(wèn)題的思考上升到全社會(huì)層面的時(shí)候，他需要更加廣闊的視野來(lái)論證自己的論斷。

第二年，加州大學(xué)洛杉磯分校留學(xué)生肖耿到農(nóng)發(fā)所訪問(wèn)，周其仁請(qǐng)求他回到美國(guó)后給自己郵寄一些產(chǎn)權(quán)方面的原版文獻(xiàn)。此后幾年，周其仁在實(shí)地調(diào)查和閱讀中度過(guò)。每逢下鄉(xiāng)，他都會(huì)背上肖耿寄回的文獻(xiàn)，一面走訪、調(diào)研，一面學(xué)習(xí)國(guó)外的理論。由于英文不好，幾位同事就幫他把文獻(xiàn)翻譯成中文。