正因?yàn)楦Q見了計(jì)劃經(jīng)濟(jì)的缺陷，吳敬璉日后才義無反顧地倡導(dǎo)市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)。不過這時(shí)的他并沒有接觸市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)思想，只是對(duì)現(xiàn)狀產(chǎn)生了懷疑，備感苦悶、困惑。與此同時(shí)，政治上的遭遇也令他焦灼不安。1956年初，周恩來總理提出“向現(xiàn)代科學(xué)進(jìn)軍”的口號(hào)，經(jīng)濟(jì)所的青年們積極響應(yīng)，卻遭到上級(jí)部門壓制，吳敬璉替被批判的烏家培說了幾句話，也成了被批判的對(duì)象。

風(fēng)波過后，吳敬璉抑制住內(nèi)心的懷疑，以空前的熱情投入到計(jì)劃經(jīng)濟(jì)理論的論證當(dāng)中，由于他根底深厚、頭腦聰敏，很快便脫穎而出，成為那一批青年經(jīng)濟(jì)學(xué)者中的佼佼者。

作為“向組織靠攏”的積極分子，吳敬璉有機(jī)會(huì)參與他生平最重要的一場(chǎng)論戰(zhàn)。由于研究能力出眾，吳敬璉得以擔(dān)任“理論反擊員”的角色，而他的對(duì)立面正是他的師長(zhǎng)--當(dāng)時(shí)經(jīng)濟(jì)所的所長(zhǎng)孫冶方。此人是一個(gè)有著獨(dú)立精神的經(jīng)濟(jì)學(xué)者，屬于最早意識(shí)到計(jì)劃經(jīng)濟(jì)弊端并公開批判的那一批人。他和另一位經(jīng)濟(jì)學(xué)者顧準(zhǔn)第一次提出應(yīng)按照價(jià)值規(guī)律發(fā)展國民經(jīng)濟(jì)，對(duì)當(dāng)時(shí)的計(jì)劃經(jīng)濟(jì)體制構(gòu)成挑戰(zhàn)，為保守派所不容。

嚴(yán)格意義上講，這不是市場(chǎng)規(guī)律與行政管控在中國的第一次交鋒，但卻是最引人矚目的一次，圍繞經(jīng)濟(jì)體制問題，日后經(jīng)濟(jì)理論界還會(huì)出現(xiàn)數(shù)十次論戰(zhàn)，而這一次，令吳敬璉終生難忘。

1964年秋天的一次座談會(huì)上，主張按照價(jià)值規(guī)律辦事的孫冶方成為批判的對(duì)象，隨后升級(jí)為猛烈批斗，他被戴上“中國最大的修正主義者”的帽子，還因有“里通外國”的重大嫌疑，被撤銷黨內(nèi)一切職務(wù)，每天打掃廁所。期間，作為理論上的反攻，吳敬璉、陳吉元與周叔蓮聯(lián)合署名發(fā)表《社會(huì)主義生產(chǎn)目的不容歪曲》一文，提出“生產(chǎn)要么是為了利潤，這就是資本主義生產(chǎn)；要么是為了滿足社會(huì)需要，這就是社會(huì)主義生產(chǎn)”。這顯然是在針對(duì)孫冶方所言的價(jià)值規(guī)律。

如果說對(duì)孫冶方的批判是形勢(shì)所迫和理論分歧，那么隨后爆發(fā)的“文化大革命”不僅讓吳敬璉對(duì)形勢(shì)有了更清醒的認(rèn)識(shí)，還無意中給他提供了一個(gè)重新審視已有經(jīng)濟(jì)理論的機(jī)會(huì)。

1969年，林彪下達(dá)備戰(zhàn)“一號(hào)命令”。中科院各學(xué)部響應(yīng)號(hào)召，全體人員集體下放，經(jīng)濟(jì)所所有人員下放河南息縣“五七干?！?。吳敬璉與另一位“老右派”顧準(zhǔn)被分到了同一個(gè)排里。