甲申之變的成功解決，朝鮮王室雖對袁世凱心懷感激，但國王李熙軟弱無能，凡事多仗閔妃。閔妃重用親信，獨斷專行，肆意妄為，并與俄國暗中往來，企圖變朝鮮為俄“保護國”。袁世凱為了遏制閔妃，想讓前兩三年被擒拿至天津的大院君李昰應回國，利用李昰應的影響和聲勢，鉗制閔妃，遂向李鴻章提出大膽建議，謂：“大院君智謀才略，實勝其子數(shù)倍，頗為其國人所尊敬，且深明大義，光緒八年不得已而擄歸，茲宜曉以大義，赦其回歸，使其父子同心協(xié)力，于其國計頗有裨益。這建議與李的想法基本一致。在甲申之變前，李鴻章就有釋放大院君回國的想法，只因閔妃（諸閔）、趙太妃等對大院君回朝多加阻攔；李也擔心大院君回國后，過多干預朝政，使朝鮮陷入內(nèi)亂。但甲申政變爆發(fā)后，李鴻章深感朝鮮朝廷軟弱無能，搖擺不定，如有大院君坐鎮(zhèn)，情況當大不一樣，遂更加贊同袁世凱提出的”以父臨子“的主張。《天津條約》后，袁世凱深感”韓王昏聵糊涂，最易受人煽感，又復見異思遷……久必為日俄所愚，叛我獨立“，遂上書李鴻章，赦大院君回國，以收拾人心，抑制閔妃，父子同心，共為國家計。李鴻章經(jīng)袁世凱不斷陳情，遂堅定赦大院君回國之決心。加上，本來猶豫不決的清廷也因俄人侵朝愈演愈烈，一改態(tài)度，毅然命李鴻章酌情辦理。李鴻章隨后派袁世凱護送李昰應回國，并致書朝鮮國王，曰：袁世凱兩次帶兵貴邦，扶危定傾，人民信重。

赦免大院君回國，并不是李鴻章的得意之作，或曰失策之舉，主要原因是大院君與閔妃積怨太深。大院君一回國，諸閔就采取了極端手段，以剪大院君殘存的黨羽，搜捕金春永、李永植，并處以極刑。大院君的隨從十余人，也都人人自危。后雖經(jīng)袁世凱從中斡旋、交涉，迫害事件得以停止，但諸閔遂對袁世凱及清廷不滿，這對中國鞏固在朝鮮的宗主權地位產(chǎn)生諸多不利影響。對于這些，袁世凱在護送大院君之前，也是欠考慮的；護送途中，袁世凱對朝鮮王室沒有派員前來迎接大院君的怠慢行為多為氣憤；護送回國后，袁世凱才深切體會到大院君與諸閔矛盾一時難以化解。后來，袁世凱雖有意冷落大院君，以平諸閔之氣或拉攏諸閔，但閔妃權貴猜忌叢生，對袁世凱也萌生了敵意?！睙o論袁的本意或其表面的做法僅是在維護大院君本人，而諸閔則始終不能消除一種本能的疑懼，認定袁助大院君復掌政權。“這些都是袁世凱所未能料及也是考慮不周的。

光緒十一年（1885年）九月，李鴻章在聽取袁世凱護送之事匯報后，頗為滿意，遂向朝廷發(fā)了奏折，謂：“查有分省補用同知袁世凱，膽略兼優(yōu)，能知大體。前隨吳長慶帶兵東渡，久駐王京，壬午、甲申兩次定亂，情形最為熟悉，朝鮮新舊黨人咸相敬重。此次派命伴送李昰應歸國，該國君臣殷殷尉留。昨接朝王來函，亦敦請該員在彼襄助。若令前往接辦，當能措置裕如。”隨后朝廷準奏，正式任命袁世凱為“駐扎朝鮮總理交涉通商事宜大臣”，俟補缺后以道臺升用，加三品銜。此前，大清駐朝鮮的代表是陳樹棠。陳樹棠“忠厚有余，才智不足”，陳的職位是“總辦商務委員”，顧名思義，只是專辦商務而已，與領事不能“同品”。而此次改任袁世凱，稱袁為“駐扎朝鮮總理交涉通商事宜大臣”，冠以“交涉”兩字，端在“優(yōu)其事權……略示與外交之意”。十月初，袁世凱在天津拜別李鴻章后，赴朝履新。李鴻章還致朝鮮國王書一封，曰袁世凱“奉旨令駐扎漢城，襄助一切。以后貴國內(nèi)治外交緊要事宜，望隨時開誠布公，與以商榷，必于大局有裨”。爾后袁世凱對朝鮮內(nèi)政外交事宜，多有干預，權限越來越大，中國在朝鮮的宗主權也得以強化。