不過達(dá)爾文仍然對(duì)于造成演化的原因不解。他思考過數(shù)十種想法，但又一一排除。一直到再過一年半后，“天擇”這個(gè)演化的引擎才在他的腦海中逐漸成形。激發(fā)達(dá)爾文將這些線索拼湊起來的靈感，是馬爾薩斯（Thomas Malthus）關(guān)于我們現(xiàn)在所謂人口壓力的嚴(yán)酷論文。馬爾薩斯寫的是關(guān)于人口，但達(dá)爾文了解所有物種都會(huì)制造比存活數(shù)還多的子代。他也率先看出，大自然并非以隨機(jī)方式削減物種，只有稍微比較適合環(huán)境的個(gè)別動(dòng)植物，比較可能生存繁衍，而較不適合的個(gè)體則從繁殖種群中被淘汰掉。如同農(nóng)夫會(huì)通過刻意的篩選與繁殖，來改變家畜與農(nóng)作物，大自然也選擇那些最適合目前狀況的生物繁衍下一代，借以改變現(xiàn)有物種，甚至最終形成新物種。天擇就是用來選擇的篩，而種群壓力則是把每個(gè)世代擠壓過篩的力量。

經(jīng)過多年的準(zhǔn)備后，達(dá)爾文一旦形成這種視野，就立刻了解到所有物種，無論是現(xiàn)存或已滅絕的，都是從早期的形式長(zhǎng)期演化而來，而生物錯(cuò)綜復(fù)雜的適應(yīng)性則是在天擇的客觀力量下，于漫長(zhǎng)的期間緩慢形成的，先前這種適應(yīng)性一直被視為是上帝的杰作。

達(dá)爾文最重要的見解“天擇”，是全新的創(chuàng)見。天擇與許多偉大的科學(xué)概念不同，古希臘人未能窺見它的存在，哲學(xué)家也不曾為它辯論，也沒有任何更早期的科學(xué)家曾提出過。達(dá)爾文最具辯才的支持者赫胥黎寫道：“新物種可能是外部環(huán)境根據(jù)存在個(gè)體的特定類型，就其突變進(jìn)行選擇后所產(chǎn)生的……這對(duì)科學(xué)概念史學(xué)家以及1858年前的生物專家來說，都是全新的概念。但是此看法是《 物種起源 》（Origin of Species）的核心概念，亦為達(dá)爾文學(xué)說的精華所在。”

達(dá)爾文在1838年即產(chǎn)生這種看法，但他一直到1858年才出版《物種起源》。沒有人知道他為什么要等20年，才向全世界提出他的發(fā)現(xiàn)。但是我們知道他曾把自己的想法透露給幾位科學(xué)家朋友，他們一直懇求他發(fā)表這個(gè)理論。后來一直到博物學(xué)家華萊士（Alfred Russel Wallace）寄給達(dá)爾文一篇?jiǎng)倢懙恼撐模锩嫱瑯犹岢鎏鞊癞a(chǎn)生演化的重要觀點(diǎn)時(shí)，達(dá)爾文才被迫著手發(fā)表自己的看法。如同哥白尼一樣，達(dá)爾文深切了解他的創(chuàng)見將威脅現(xiàn)有的世界觀。他也跟哥白尼一樣，多年來一直收集能支持他這個(gè)新系統(tǒng)的事實(shí)與論據(jù)。若不是華萊士碰巧闖入達(dá)爾文發(fā)現(xiàn)的領(lǐng)域，達(dá)爾文很可能會(huì)跟哥白尼一樣，等到臨死前才發(fā)表他的研究。

在《 物種起源 》的結(jié)尾，達(dá)爾文暗示他的理論將為人類的進(jìn)化提供新的線索。達(dá)爾文在1871年的《 人類的由來 》一書中，勇敢面對(duì)自己掀起的風(fēng)暴。在這本書中，他提出支持人與猿之間關(guān)系密切的證據(jù)。他詳述人與猿在身體構(gòu)造上的許多類似之處，指出人和猿從胚胎到繁殖成熟期的發(fā)展過程中有許多一致的地方，他甚至發(fā)現(xiàn)人類情感與猿類行為模式之間有類似之處。他指出自共同祖先分化而出的現(xiàn)代猿類和人類，是如何在天擇下演化出所有這些特征的。在達(dá)爾文的所有觀念中，這個(gè)觀念遭到的抗拒最為強(qiáng)烈。

除了達(dá)爾文最親密的支持者之外，幾乎沒有人會(huì)喜歡人與猿是源自相同祖先的說法。神學(xué)家對(duì)這種說法更是感到震驚。達(dá)爾文的理論等于打了《 圣經(jīng) 》一巴掌，《 圣經(jīng) 》主張上帝是按照自己的形象創(chuàng)造了人。對(duì)神學(xué)家而言，人類是獨(dú)特的，是唯一有靈魂的動(dòng)物，地位只比天使稍低。任何不同的看法顯然都會(huì)威脅到人類的定義和道德的基礎(chǔ)，簡(jiǎn)單地說，就是他們的世界觀。

達(dá)爾文以機(jī)械論來解釋適應(yīng)性，也奪走了信奉上帝者所認(rèn)為神存在的強(qiáng)大證據(jù)——設(shè)計(jì)論。如同今日的創(chuàng)造論者，達(dá)爾文時(shí)代的神學(xué)家認(rèn)為，眼睛這類復(fù)雜的器官就足以證明有一個(gè)偉大的設(shè)計(jì)者存在，更不用提所有特性都適合環(huán)境的生物。佩利（William Paley）牧師在1802年寫道，就如同表暗示著鐘表匠的存在，大自然錯(cuò)綜復(fù)雜的作品也暗示著有位無所不能的設(shè)計(jì)者存在。客觀的自然法則可能主導(dǎo)行星的路徑，但只有上帝能塑造完美分化與適應(yīng)力強(qiáng)的生命。達(dá)爾文的理論使得鐘表匠理論顯得多余：老鷹的雙眼、羚羊的雙腿和老虎的爪是在天擇而非上帝的旨意下，經(jīng)過亙古的時(shí)間篩選塑造而成的。