但是，一旦最初的突襲效果逐漸減弱后，南方集團軍群將面臨著蘇軍越來越猛烈的抵抗。由于蘇聯(lián)最高統(tǒng)帥部錯誤地認為德軍的主攻目標是烏克蘭，因此一部分紅軍精銳部隊被劃給米哈伊爾·彼得洛維奇·基爾波諾斯上將的西南方面軍，導致蘇聯(lián)在前線的實力大打折扣。好在德軍沒有取得突破。早在6月27日，南方集團軍群已經(jīng)進行了調(diào)整，德軍的作戰(zhàn)構(gòu)想已經(jīng)從最初野心勃勃的包圍圈降低了一個層次。第1裝甲集群的推進目標已經(jīng)不再遠至基輔，現(xiàn)在轉(zhuǎn)向南部，目標指向基輔市西部161公里處。7月中旬，盡管不斷遭受波塔波夫?qū)④娐暑I的第5集團軍的騷擾，德軍第1裝甲集群最后還是突入了西南方面軍北翼，隨后適時掉轉(zhuǎn)方向，向南部推進。斯大林拒絕蘇軍向烏克蘭中部地區(qū)撤退。1941年8月初，在第11集團軍和第17集團軍的通力協(xié)作下，德軍第1裝甲集群在烏曼發(fā)動了大規(guī)模殲滅戰(zhàn)。此次行動摧毀了蘇軍第6、第12集團軍全部以及第18集團軍的一部分，俘虜了萬蘇軍，在西南方面軍的防線上撕開了一個缺口。截至1941年8月，龍德施泰特所轄南方集團軍群的陣地形勢得到大幅度改善，但他們并沒有渡過第聶伯河。此外，希特勒對北翼的擔心也將對戰(zhàn)役的發(fā)展產(chǎn)生重大影響。

至1941年7月底，蘇軍陣地已經(jīng)岌岌可危。8月1日，在斯摩棱斯克包圍圈中堅持了兩周的抵抗行動已經(jīng)結(jié)束。德軍距離莫斯科僅僅402公里，蘇軍傷亡或被俘人數(shù)已經(jīng)突破了200萬。僅通過一次戰(zhàn)役擊敗蘇聯(lián)的目標似乎指日可待，只是時間早晚的問題，地理條件、距離以及時間方面的困難已被完全克服。哈爾德將軍認為，經(jīng)過短暫停留并接受補給之后，德軍的主攻目標應該集中于莫斯科，大多數(shù)陸軍司令官都支持他的觀點。哈爾德將軍還認為，莫斯科的重要性將迫使蘇軍奮力保衛(wèi)莫斯科，根本無暇顧及其他地區(qū)的形勢。在哈爾德看來，只需通過一次包圍與殲滅戰(zhàn)，就可全部殲滅蘇軍。事實上，莫斯科本身并非德軍的目標，但進攻莫斯科卻是德軍取得戰(zhàn)略勝利的方法。然而，7月19日，希特勒下達“第33號元首指令”，調(diào)撥第3裝甲集群前往北部支援北方集團軍群，對列寧格勒發(fā)動進攻，同時調(diào)動第2裝甲集群支援南方集團軍群。這樣，只留下中央集團軍群的步兵向莫斯科推進，中央集團軍群的戰(zhàn)斗力大大削弱，嚴重影響了中央集團軍群為了避免陣地戰(zhàn)所必需的推進速度與作戰(zhàn)頻率。實際上，希特勒已經(jīng)拒絕了哈爾德的觀點，即通過對莫斯科的速戰(zhàn)速決，進一步促成德軍“通過一場戰(zhàn)役取得戰(zhàn)略性軍事勝利”。7月30日，希特勒下達“第34號元首指令”，正式拒絕對莫斯科發(fā)動進攻。在蘇軍內(nèi)部出現(xiàn)混亂之際，希特勒的這些決定在德軍最高統(tǒng)帥部引發(fā)了激烈的爭論。由于德軍從一開始就沒有制定詳細的對蘇作戰(zhàn)計劃，因此在戰(zhàn)役期間出現(xiàn)這種爭論不足為奇。無論德軍在戰(zhàn)斗中取得何種勝利，他們并沒有在全線同時持續(xù)實施“大規(guī)模殲滅戰(zhàn)”的方法。為了在一次戰(zhàn)役中取得勝利，為后來的大決戰(zhàn)保存實力，“大規(guī)模殲滅戰(zhàn)”在選擇時間和攻擊目標時必須小心謹慎，但希特勒卻在消滅蘇軍與攻占列寧格勒或烏克蘭兩個問題之間搖擺不定。顯而易見，后者是一種能夠使德軍突破經(jīng)濟障礙的重要資源，而不是取得勝利的催化劑。在制定長期戰(zhàn)爭目標的同時，希特勒使德軍喪失了取得一次決定性戰(zhàn)役的勝利的機會。時間是關鍵的問題：毫無疑問，如果德軍在1941年8月晚些時候稍作停留，隨后向莫斯科發(fā)動進攻，無論蘇軍如何英勇頑強，也無法擊敗他們。這個在發(fā)動戰(zhàn)爭之前就應該解決的問題所引發(fā)的爭論幫助了蘇聯(lián)人，使其避免通過一次戰(zhàn)役就被擊敗的可怕命運。

希特勒開始獨斷專橫，一意孤行。“第33號元首指令”下達一個月后，第2裝甲集群在8月21日調(diào)往南部。9月初，蘇軍指揮官們懇求斯大林同意撤離基輔，遭到嚴辭拒絕。9月16日，向北進發(fā)的第1裝甲集群與南下的第2裝甲集群在基輔東部的洛赫維察會師，形成了外圍包圍圈。與此同時，第17集團軍與第2集團軍在內(nèi)層將蘇軍分割包圍。在這個危急關頭，斯大林仍然拒絕蘇軍立即突圍。經(jīng)過慘烈的戰(zhàn)斗，基爾波諾斯上將陣亡，蘇軍65萬人向德軍投降。就在德軍向南部推進的同時，希特勒9月6日下達“第35號元首指令”，命令德軍迅速增強中央集團軍群的實力，消滅斯摩棱斯克東部的蘇軍，拉開向莫斯科進發(fā)的序幕。然而，無論德軍在基輔發(fā)動何種規(guī)模的進攻，都不可能速戰(zhàn)速決。