在巴比倫生活了五年以后（這期間他或許還去過(guò)印度），畢達(dá)哥拉斯終于踏上回鄉(xiāng)之路。當(dāng)他乘船回到薩摩斯島時(shí)，離出發(fā)已有十九年了，比后來(lái)法顯和玄奘去印度、馬可·波羅到東方都要長(zhǎng)久。畢達(dá)哥拉斯離開(kāi)故鄉(xiāng)時(shí)可謂英姿勃發(fā)，如今回來(lái)卻已經(jīng)兩鬢斑白。剛開(kāi)始，薩摩斯人表現(xiàn)出難得的熱情，市政長(zhǎng)官也請(qǐng)他向公眾發(fā)表演說(shuō)，介紹東方之旅的見(jiàn)聞，市民們紛紛涌來(lái)，他們很想聽(tīng)他分析強(qiáng)大的波斯人會(huì)不會(huì)打過(guò)來(lái)（如前文所說(shuō)，這座島嶼后來(lái)果然被波斯帝國(guó)占領(lǐng)了）。

可是不久，島民的狹隘意識(shí)再次顯露出來(lái)。人們的態(tài)度分成了兩種，年輕人認(rèn)為畢達(dá)哥拉斯是一個(gè)智者，年長(zhǎng)的人認(rèn)為他是一個(gè)狂人。終于有一個(gè)與他同名的孩子迷上了解數(shù)學(xué)題，偷偷地來(lái)跟他學(xué)習(xí)，并說(shuō)服了家長(zhǎng)，這個(gè)孩子后來(lái)成為提倡運(yùn)動(dòng)員注意飲食的第一人。受這個(gè)學(xué)生的鼓勵(lì)，畢達(dá)哥拉斯依山辦起了一座“半圓學(xué)?！?，雖然當(dāng)?shù)氐臋?quán)貴和商人不喜歡他，不過(guò)由于他在埃及贏得的聲望，青年人依然紛紛涌來(lái)。

那時(shí)候希臘已有許多小酒館，島民最害怕的就是孤獨(dú)，薩摩斯人常常自帶魚(yú)干或橄欖，向店主買來(lái)一杯酒，在那里相互傳遞消息。居住在山洞里的畢達(dá)哥拉斯和他的弟子們自然而然就成為被議論的對(duì)象，經(jīng)過(guò)一番添油加醋，他的提問(wèn)式教育方法、內(nèi)容和對(duì)當(dāng)?shù)刂T如祭神方式等的批評(píng)受到了譏笑甚至怒罵，其中的一大忌諱是“數(shù)就是神”。他先是被迫把教學(xué)內(nèi)容改為單純的數(shù)學(xué)，接著便把創(chuàng)辦不滿一年的學(xué)校關(guān)閉了。

記敘基督事跡的《約翰福音》里寫道：“先知在本地是不受尊敬的。”畢達(dá)哥拉斯五十歲那年，不得不再次離開(kāi)薩摩斯，從此沒(méi)有返回過(guò)故鄉(xiāng)。這回他決心去意大利，不過(guò)第一站是到得洛斯看望菲爾庫(kù)德斯——這并非他最后一次來(lái)到這座小島，幾年以后，恩師病危，他再次趕來(lái)守護(hù)。接著，畢達(dá)哥拉斯走訪了雅典、克里特島和斯巴達(dá)城邦，后者位于希臘本土伯羅奔尼撒半島的東南，人民以驍勇尚武著稱。那時(shí)雅典尚未興盛，而克里特已經(jīng)衰落。

在伯羅奔尼撒半島的另一頭，坐落著一個(gè)叫伊利斯的城邦，四年一度的奧林匹克運(yùn)動(dòng)會(huì)正在那里舉行。那時(shí)候奧運(yùn)會(huì)已經(jīng)創(chuàng)辦了兩個(gè)半世紀(jì)，雖然只有十多個(gè)項(xiàng)目，比賽時(shí)間卻長(zhǎng)達(dá)五天，選手們來(lái)自歐、亞、非三大洲。從奧林匹亞乘船，向西渡過(guò)更為遼闊的伊奧尼亞海，就是意大利的南方了。賽會(huì)一結(jié)束，畢達(dá)哥拉斯便搭船出發(fā)了，他所抵達(dá)的克羅托內(nèi)（Crotone）位于亞平寧半島的最南端，以盛產(chǎn)奧林匹亞賽會(huì)冠軍遠(yuǎn)近聞名。我們甚至可以猜測(cè)，他是跟隨那些得勝回家的奧運(yùn)冠軍們來(lái)到了意大利。

就像重返薩摩斯島時(shí)一樣，克羅托內(nèi)的市政長(zhǎng)官也邀請(qǐng)畢達(dá)哥拉斯向公眾發(fā)表演說(shuō)，沒(méi)想到，這一次竟然大獲成功，甚至權(quán)貴們和年長(zhǎng)的公民也被折服了。大希臘是個(gè)多神教的國(guó)家，意大利南方最崇拜的是酒神狄?jiàn)W尼索斯，人們喜歡縱情歌舞（這一習(xí)性一直保留至今，這也是意大利南方經(jīng)濟(jì)落后于北方的主要原因），并無(wú)太多的嫉妒之心。與此同時(shí)，有過(guò)一番經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)以后，畢達(dá)哥拉斯成熟了許多，談吐也更加文雅了，舉手投足都顯得超凡脫俗。

很快，畢達(dá)哥拉斯便有了一大批擁戴者，其中一個(gè)是跳遠(yuǎn)的奧運(yùn)冠軍，他把自己的啞女狄亞諾許配給了這位異鄉(xiāng)人，兩人生下了一對(duì)兒女。這樣一來(lái)，畢達(dá)哥拉斯就過(guò)上了安定的生活。他先是建議市政府為繆斯（希臘神話中的一組女神，起先只是詩(shī)人的保護(hù)人，后來(lái)掌管的范圍擴(kuò)大，兼及包括體育在內(nèi)的一切文科乃至科學(xué)）修筑了神廟，接著在郊外辦起了一所被稱為“城中之城”的學(xué)?；蛏鐖F(tuán)。

畢達(dá)哥拉斯把社團(tuán)成員分成兩類，分別叫畢達(dá)哥拉亞和畢達(dá)哥拉斯太：前者極具天賦，要求把財(cái)產(chǎn)交公，一起過(guò)公社生活；后者保留私有財(cái)產(chǎn)，可以和其他成員交流，相當(dāng)于旁聽(tīng)生。稍后，又根據(jù)工作性質(zhì)作了區(qū)分。例如，管理學(xué)校內(nèi)部事務(wù)的叫Politikoi，這大概是后來(lái)“政治家”一詞的來(lái)源，不過(guò)當(dāng)時(shí)他們對(duì)政治并沒(méi)有什么興趣；專門從事幾何學(xué)、天文學(xué)研究的則叫Mathematikoi，這正是“數(shù)學(xué)家”一詞的希臘語(yǔ)原形。

作為一校之長(zhǎng)和精神領(lǐng)袖的畢達(dá)哥拉斯，他的職責(zé)除了制定規(guī)章制度和管理以外，還親自負(fù)責(zé)招募新生。憑著他的知名度和聲譽(yù)，許多富商子弟或出名的人都前來(lái)投奔，其中包括連續(xù)六屆奧運(yùn)會(huì)摔跤冠軍米隆，據(jù)說(shuō)他曾在開(kāi)幕式上扛著一條公牛進(jìn)入會(huì)場(chǎng)。由此可見(jiàn)，古希臘人對(duì)智慧非常仰慕。大多數(shù)社團(tuán)學(xué)員得經(jīng)過(guò)五年的觀察期，其間作為旁聽(tīng)生只能站在帳外，不得發(fā)言或提問(wèn)，只有被稱為“哲學(xué)家”后才能進(jìn)入帳內(nèi)。

從流傳下來(lái)的雕刻或人物素描來(lái)看，古希臘的哲人大多神情嚴(yán)肅，畢達(dá)哥拉斯也不例外。在薩摩斯時(shí)他就要求學(xué)生們面壁思考，到了克羅內(nèi)托，他又要求弟子們對(duì)授課內(nèi)容和研究心得守口如瓶。有一次，一個(gè)叫希帕索斯的學(xué)生因?yàn)樾孤读苏骟w的一個(gè)秘密，被逐出師門。畢達(dá)哥拉斯痛心之余，派人在海濱修筑了一處衣冠冢，他寧肯把弟子看做是已故。不過(guò)，這也成為別人攻擊他的一個(gè)理由，認(rèn)為這個(gè)弟子是被推下海而溺死的。