但羅桑嘉措謀求的獨(dú)立并未因此到來。利用蒙古軍隊(duì)消滅西藏地方政權(quán)，只不過引來了老虎打跑了狼，此后西藏地方政權(quán)落入蒙古人手中，歷經(jīng)固始汗及其子孫幾代汗的統(tǒng)治，噶丹頗章政權(quán)并沒有獲得真正的政治權(quán)力，但在經(jīng)濟(jì)和宗教方面，已經(jīng)奠定了格魯派的最高地位。

雄圖大略的羅桑嘉措自然不會(huì)就此長(zhǎng)久臣服于蒙古勢(shì)力，格魯派在西藏的經(jīng)濟(jì)和宗教地位穩(wěn)固之后，謀求獨(dú)立的政治地位必然成為其最重要的目標(biāo)。要實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo)，必須尋找到比蒙古軍隊(duì)更為強(qiáng)大的靠山。無疑，爭(zhēng)取當(dāng)時(shí)的中央王朝的支持是非常必要的，羅桑嘉措將目光轉(zhuǎn)向了內(nèi)地。

然而此時(shí)，內(nèi)地正兵荒馬亂。噶丹頗章政權(quán)建立之時(shí)，正是明王朝瀕臨崩潰的時(shí)期，而滿清勢(shì)力在關(guān)外迅速壯大。達(dá)賴、班禪師徒審時(shí)度勢(shì)，決定向初興的清朝政權(quán)遞出橄欖枝，一六四二年，羅桑嘉措派使者前往沈陽。

清太宗皇太極率僧侶百官熱情相迎。正在向關(guān)內(nèi)推進(jìn)的皇太極將西藏人的接洽看作天意，認(rèn)為是上天護(hù)佑大清王朝，是入關(guān)的吉兆。為此，他還親自對(duì)天行三跪九叩之禮。藏使在沈陽停留八個(gè)月，受到了皇太極的盛情款待，返回拉薩時(shí)，清太宗還分別給達(dá)賴、班禪大師和固始汗寫了回信，贈(zèng)送了厚禮。

一六四四年清軍入關(guān)，順治帝即位之后，也深感利用藏傳佛教在西藏的影響力，建立政教合一的統(tǒng)治，對(duì)于鞏固西藏邊防具有非常重大的意義，因此四次派遣使臣入藏邀請(qǐng)達(dá)賴、班禪進(jìn)京。班禪此時(shí)已經(jīng)年邁，于是八年之后，五世達(dá)賴在清朝官員的陪同下，率隨從三千人，浩浩蕩蕩自西藏啟程前往內(nèi)地。歷時(shí)近一年左右，于一六五三年元月抵達(dá)北京，與順治帝相會(huì)于南苑獵場(chǎng)，受到最高規(guī)格的隆重接待。順治還在安定門外為他專門建造了黃寺供其居住，飲食起居一應(yīng)供給周到。

五世達(dá)賴在北京停留了兩個(gè)月后，以自己和從人水土不服染病為由，向順治帝提出返回西藏，順治帝當(dāng)即允準(zhǔn)，并賞賜厚禮，派親王、重臣為其餞行。五月，返程中的羅桑嘉措一行到達(dá)代噶?xí)r，順治帝還派出了朝廷官員，攜帶滿、蒙、藏、漢四體文字的金冊(cè)、金印趕到代噶，正式冊(cè)封五世達(dá)賴?yán)?，自此開啟了滿清王朝通過冊(cè)封達(dá)賴鞏固其在西藏政治地位的歷史。羅桑嘉措的政治理想基本實(shí)現(xiàn)，在西藏建立起了以達(dá)賴?yán)餅楹诵牡恼毯弦坏母耵斉烧?quán)。

時(shí)間流到了十七世紀(jì)后期。

五世達(dá)賴建立的政教合一政權(quán)其實(shí)暗流涌動(dòng)，作為清廷在西藏駐軍代表的蒙古軍隊(duì)勢(shì)力，表面上不干涉西藏的宗教事務(wù)，事實(shí)上為了各自集團(tuán)利益的斗爭(zhēng)從來沒有停止過。五世達(dá)賴羅桑嘉措晚年潛心于西藏歷史研究和達(dá)賴世系傳記的寫作，將一應(yīng)管理事務(wù)悉數(shù)托付給第巴桑結(jié)嘉措。

二十多歲的第巴桑結(jié)嘉措深沉練達(dá)，學(xué)識(shí)和修養(yǎng)高出同輩甚多，深得五世達(dá)賴羅桑嘉措的喜愛和信任，待他如同己出，甚至有傳說說他就是五世達(dá)賴的私生子。羅桑嘉措曾先后幾次請(qǐng)求他出任第巴，掌管西藏政務(wù)，但是桑結(jié)嘉措先后幾次推辭，始終不肯就任，也許是他本身無意于政治，也許是早早看到了埋伏在平穩(wěn)表象之下的暗流洶涌。直到五世達(dá)賴深感身體、精神都已經(jīng)無法再過多地操勞政務(wù)，有一天關(guān)起門來與他嚴(yán)肅長(zhǎng)談之后，桑結(jié)嘉措才終于肯答應(yīng)出任第巴。一六七九年，二十六歲的桑結(jié)嘉措接受五世達(dá)賴委任，正式承擔(dān)起管理西藏政務(wù)的重任。

年輕的第巴桑結(jié)嘉措不干則已，一旦承擔(dān)達(dá)賴重托，便全身心地投入到自己的事業(yè)中去。也許是因?yàn)樗K于領(lǐng)會(huì)到了五世達(dá)賴打下這份基業(yè)的不易；也許是在與達(dá)賴的長(zhǎng)談中，堅(jiān)定了決不讓西藏政權(quán)旁落的決心；也許只是為了感念五世達(dá)賴羅桑嘉措的知遇之恩。不管原因是什么，人們看到的是，就任后的桑結(jié)嘉措非常強(qiáng)勢(shì)，采取了一些列鞏固西藏政教合一政權(quán)的措施，并且與當(dāng)時(shí)蒙古軍隊(duì)統(tǒng)領(lǐng)之間的矛盾越來越尖銳。

一六八二年，西藏最偉大的政教領(lǐng)袖、六十六歲的五世達(dá)賴阿旺羅桑嘉措在自己修建的布達(dá)拉宮病故。此時(shí)，丹增達(dá)賴汗及其子拉藏汗在西藏的勢(shì)力越來越強(qiáng)大，大有掌控布達(dá)拉宮之勢(shì)。第巴桑結(jié)嘉措為了穩(wěn)定政局，決定匿喪不發(fā)，繼續(xù)利用五世達(dá)賴的威望牢牢控制西藏政局，暗中卻緊鑼密鼓、有條不紊地安排五世達(dá)賴轉(zhuǎn)世靈童的查訪、認(rèn)定，并加緊培育。

倉(cāng)央嘉措就是在這樣的時(shí)代背景下，被推到了西藏宗教政治斗爭(zhēng)的旋渦中心。