朱由檢對(duì)于內(nèi)城已經(jīng)陷落似乎將信將疑，帶領(lǐng)心腹太監(jiān)王承恩跑到煤山（景山），四處瞭望，但見烽火燭天，確信內(nèi)城陷落無(wú)疑，才返回乾清宮布置應(yīng)急善后事宜，他要在自己殉國(guó)之前，命令家屬先殉國(guó)。

朱由檢首先叫來(lái)三個(gè)最大的兒子（16歲的太子、11歲的永王、9歲的定王），叫宮女取來(lái)舊衣服，親自給他們換上，系上衣帶。臨行前朱由檢諄諄告誡他們：“各自逃生去吧！你們往日是太子、親王，逃難出宮后，就是小民了。做小民要小心謹(jǐn)慎，如果遇到做官的人，年老的稱呼老爺，年輕的叫聲相公；如果遇到農(nóng)夫，年老的要稱老爹，年輕的要叫老兄；你們要叫讀書人先生，叫軍人長(zhǎng)官。好了，我要為社稷去死了，不然我沒(méi)有面目見祖宗于地下。如果你們能夠不死，長(zhǎng)大后千萬(wàn)不要忘了報(bào)父母之仇，不要忘了父親今日的告誡?！边@完全是一個(gè)父親對(duì)兒子的臨終囑托。朱由檢既擔(dān)心三個(gè)兒子能否逃出皇宮，又擔(dān)心他們?cè)谏顚m長(zhǎng)大，不通人情世故，難以在亂世安身立命。朱由檢擔(dān)心自己的兒子不僅做不成皇子，連平民也做不成。

朱由檢無(wú)限感慨地注視著即將永別的兒子。終于，一生的無(wú)奈和失意都爆發(fā)了出來(lái)。朱由檢大喊道：“你們何苦生在帝王家??！”說(shuō)罷朱由檢搶先大哭起來(lái)。周邊的侍從宮人也都被這生離死別和父子真情感動(dòng)，失聲痛哭。

三個(gè)兒子被送往外祖家逃命，結(jié)果剛出宮就被農(nóng)民軍俘虜。朱由檢再找來(lái)周皇后，讓妻子自殺。周皇后自殺后，朱由檢又去見皇嫂懿安張皇后，也讓她自殺，張皇后隔著簾子和朱由檢拜別后自殺了。朱由檢大受刺激，召來(lái)最疼愛(ài)的15歲的長(zhǎng)平公主，悲痛地重復(fù)道：“你為何要生在帝王家？”說(shuō)完，他拔劍砍向女兒。長(zhǎng)平公主趕緊用手臂遮擋，結(jié)果雖然沒(méi)有傷及要害，卻被砍去了一條胳膊，頓時(shí)暈厥過(guò)去。發(fā)瘋的朱由檢以為公主死了，持劍闖入后宮，手刃袁貴妃、樂(lè)安公主、昭仁公主。宮中的太監(jiān)和宮女們四散逃命。最后后宮空蕩蕩的只剩下殺完至親后的朱由檢。

在大明王朝的最后時(shí)刻，朱由檢在陪侍太監(jiān)王承恩的陪同下，登上煤山（現(xiàn)在故宮后的景山），在壽皇亭旁上吊自殺，時(shí)年35歲。王承恩也吊死在他對(duì)面。

1644年3月，統(tǒng)治中國(guó)276年的大明王朝結(jié)束了。農(nóng)民軍發(fā)現(xiàn)朱由檢尸體時(shí)，只見他披發(fā)掩面，身穿藍(lán)衣，左足赤露，右著朱靴。他死前在衣襟上寫道：“朕涼德藐躬，上干天咎，然皆諸臣誤朕。朕死無(wú)面目見祖宗，自去冠冕，以發(fā)覆面。任賊分裂，無(wú)傷百姓一人。”在這段遺書中，朱由檢還是將自己和王朝的失敗歸結(jié)為大臣們誤國(guó)誤民，沒(méi)有執(zhí)行自己的政策和主張。面對(duì)祖宗基業(yè)的完結(jié)，朱由檢痛心異常，覺(jué)得沒(méi)有臉面去見列祖列宗，因此自己摘去了皇冠，用頭發(fā)將面容覆蓋起來(lái)。最后他請(qǐng)求農(nóng)民軍有怨氣發(fā)泄到他身上就可以了，不要傷害百姓。這個(gè)時(shí)候，朱由檢流露出了愛(ài)民之心和人性光輝。殊不知，對(duì)于執(zhí)政帝王來(lái)說(shuō)，缺乏治國(guó)能力，將國(guó)家弄得一團(tuán)糟就是最大的不愛(ài)民。

柏楊在《中國(guó)人史綱》評(píng)價(jià)朱由檢說(shuō)：“明王朝第十七任皇帝朱由檢并不是不想把國(guó)家治理好，但他沒(méi)有治理國(guó)家的能力，猶如小學(xué)生沒(méi)有寫出博士論文的能力一樣。他精力充沛，沾沾自喜于自己明智的措施，發(fā)脾氣的時(shí)候不可理喻，而且?guī)缀跏且惶於男r(shí)都在發(fā)脾氣。他對(duì)自己的錯(cuò)誤永遠(yuǎn)有動(dòng)聽的掩飾，絕不尋求更正，卻喜歡他的部下歌頌他英明?！?/p>

清朝撰寫的《明史》評(píng)價(jià)朱由檢道：“帝承神、熹之后，慨然有為。即位之初，沈機(jī)獨(dú)斷，刈除奸逆，天下想望治平。惜乎大勢(shì)已傾，積習(xí)難挽。在廷則門戶糾紛。疆場(chǎng)則將驕卒惰。兵荒四告，流寇蔓延。遂至潰爛而莫可救，可謂不幸也已?！?/p>