朱由檢與周后一起由清廷用柳木棺成殮，寄于寺廟，后被農(nóng)民軍葬在昌平普通墓地里。清朝多爾袞入關(guān)后，下令以皇禮安葬朱由檢，并允許明朝遺老遺少哭臨祭奠。祭奠完后，遺老遺少們決定將朱由檢夫妻殯入田貴妃的陵墓。一計算，開掘墓道、建立碑亭，需要大約三千多兩白銀。清廷只同意從十三陵陵租中撥給1500兩，其余由曹化淳等前明太監(jiān)和明朝遺老遺少自籌。朱由檢畢竟是前朝的皇帝，清朝官府對他的葬禮并沒多放在心上。曹化淳多次上奏催促，多爾袞也數(shù)次責成有司速速完工。一直拖到1644年11月29日，開掘墓道的工作方才開始，年底，墓道修好，田妃陵墓被打開。好在陵墓里原來安放田貴妃棺柩的陵床非常寬大，還可以放下朱由檢和周皇后的兩具棺柩。于是田貴妃的陵墓就成了安葬明朝末代皇帝的思陵。思陵是安放著一皇一后一妃，并非預定帝陵的獨特皇陵。朱由檢安葬當天，清朝“令臣民為服喪三日”。

朱由檢先是被追謚為“懷宗”，后清朝又改謚他為“莊烈帝”。以明朝正朔自居的南明各朝對朱由檢追謚各異，弘光年間謚他為“紹天繹道剛明恪儉揆文奮武敦仁懋孝烈皇帝”，廟號思宗，后改為毅宗；唐王謚為威宗，現(xiàn)在一般稱呼朱由檢為明思宗崇禎皇帝。