當(dāng)然，后來約翰·洛克所屬的教會(huì)對(duì)他也很不滿。1968年，在教皇通諭《人類生命》（Humanae.Vitae）中，教皇保羅六世宣布口服避孕藥和其他所有人為的節(jié)育手段為不合法行為。在20世紀(jì)60年代激起有關(guān)節(jié)育的熱情和迫切的爭(zhēng)論，如今已然成為一種記憶。然而，約翰·洛克仍然麻煩不斷，只是因?yàn)樵谂c教會(huì)和解時(shí)，他在工作中犯了錯(cuò)。這不是一個(gè)蓄意的過錯(cuò)，只是在他死后才鬧得沸沸揚(yáng)揚(yáng)，盡管他無法預(yù)料到科學(xué)進(jìn)步得如此神速。但是，因?yàn)槟莻€(gè)過錯(cuò)是他在研究避孕藥時(shí)犯下的―避孕藥是什么，藥理如何，尤其是服藥意味著什么，因?yàn)榧s翰·洛克是避孕藥得以面世的幾位相關(guān)責(zé)任人之一，因此每當(dāng)人們一想到避孕，他的過錯(cuò)便愈發(fā)凸顯出來。

約翰·洛克認(rèn)為口服避孕藥是一種.“自然”的節(jié)育手段。他的意思并不是指服用后會(huì)感覺很自然，顯然對(duì)許多女性來說服藥后的感覺不是這樣，尤其是在藥品研發(fā)初期，那時(shí)藥里所含荷爾蒙的劑量是如今的數(shù)倍。他意指避孕藥使人體像自然方式一樣工作。僅當(dāng)每個(gè)月的某一段時(shí)間，女性才有受孕的機(jī)會(huì)，因?yàn)樵谂怕押笏齻兊纳眢w會(huì)迎來性激素孕酮含量的高峰。孕酮―作為激素水平，也就是人們熟知的孕激素的一個(gè)標(biāo)志―為子宮培植受精卵和使輸卵管停止釋放新的卵子作準(zhǔn)備。這有助于懷孕。“對(duì)于健康的女性而言，孕酮可以抑止排卵，從而形成月經(jīng)前和月經(jīng)后的‘安全期’?！甭蹇藢懙?。當(dāng)女性懷孕時(shí)她的身體會(huì)產(chǎn)生大量的孕酮，部分出于同樣的原因。這樣一來，另一個(gè)卵子就不會(huì)再排出和威脅妊娠。換句話說，孕酮是自然的避孕藥。那么，口服避孕藥是什么？它是以片劑形式存在的孕酮。當(dāng)女性服用避孕藥時(shí)，這些性激素含量當(dāng)然不會(huì)在排卵后突然升高，而她的月經(jīng)周期也不會(huì)局限于某一時(shí)段。她們服用一定的劑量，這樣排卵便在一段時(shí)間內(nèi)永久性地閉合。她們也服用額外劑量的雌激素，這可以使子宮內(nèi)膜保持完整―正如我們已經(jīng)了解到的，也有助于保持其他組織的完整。但是對(duì)洛克來說，把握時(shí)機(jī)和性激素的調(diào)整不是問題，關(guān)鍵是避孕藥的成分能夠自然地進(jìn)入身體里。在“自然狀態(tài)”這個(gè)問題上，他遇到了大量神學(xué)上的挑戰(zhàn)。

譬如1951年，教皇庇護(hù)十二世為天主教徒欽定了安全期避孕法，因?yàn)樗麑⑵淇醋鍪强刂粕摹白匀弧狈椒ǎ杭炔粫?huì)像殺精劑那樣殺死精子，也不會(huì)像子宮帽或者損害生殖器官那樣破壞正常的生育過程。洛克對(duì)安全期避孕法當(dāng)然非常了解。20世紀(jì)30年代，在馬薩諸塞州布魯克林的自由婦產(chǎn)醫(yī)院，他便開始為受到良好教育的天主教徒夫婦進(jìn)行了這個(gè)國(guó)家首例安全期臨床自然避孕診斷。但是，安全期避孕法到底是如何發(fā)揮作用的呢？它的機(jī)理是在孕酮激增的安全期限制性欲。而避孕藥是如何發(fā)揮作用的呢？它的機(jī)理是通過使用孕酮將安全期延長(zhǎng)到整個(gè)月份。避孕藥不會(huì)損害生殖器官或者破壞任何自然的生育過程?！按_實(shí)，”洛克寫道，口服避孕藥也許以一個(gè)‘由藥片建立起來的安全期’為其特征，似乎與安全期避孕法具有同樣的道德內(nèi)涵。”按照洛克的說法，避孕藥不過是自然避孕的輔助工具而已。

1958年，教皇庇護(hù)十二世頒布圣諭，允許天主教徒使用避孕藥，只要它的避孕效果是間接的―就是說，只要它僅被用做治療諸如令人痛苦的月經(jīng)痛或子宮疾病的一種藥品。勇敢的洛克不會(huì)就此罷休。他清楚，短期使用避孕藥能夠調(diào)節(jié)那些無法預(yù)測(cè)下一次經(jīng)期的女性的月經(jīng)周期。因?yàn)橛幸?guī)律的月經(jīng)周期對(duì)于成功實(shí)施安全期避孕法是非常必要的。既然安全期避孕法是教會(huì)欽定的，那么教會(huì)能允許月經(jīng)周期不規(guī)律的女性通過服用避孕藥來改善安全期避孕嗎？如果允許的話，為什么不沿著這個(gè)邏輯再前進(jìn)一步呢？正如聯(lián)邦法官約翰·努南（John.T..Noonan）在《避孕》（Contraception）中所寫的那樣，他站在天主教的立場(chǎng)上回顧了節(jié)育史：

如果抑制排卵以便使月經(jīng)周期具有規(guī)律性，旨在做到不育性交是合法舉措的話，為什么在沒有訴諸安全期避孕法的前提下抑制排卵就是非法的呢？倘若懷孕可以通過口服避孕藥外加安全期避孕法加以避免的話，為什么不可單獨(dú)使用避孕藥呢？在每一種情形里，都是把抑制排卵作為一種避孕手段。通過延長(zhǎng)安全期避孕法，怎么就會(huì)出現(xiàn)道德差異了呢？