泡沫經(jīng)濟(jì)破裂之后，面對三大過剩，日本式經(jīng)營也面臨著考驗：面對雇傭過剩，日本的企業(yè)還能不能持續(xù)他們的終身雇傭制和年功序列制？面對債務(wù)過剩，日本的企業(yè)還能不能延續(xù)他們主辦銀行和企業(yè)相互持股的治理模式？在挑戰(zhàn)面前，日本企業(yè)打破了日本式經(jīng)營的思維限制，從自我膨脹的陶醉中清醒過來，對自身進(jìn)行客觀的審視和思考，從人員雇用、治理模式等方面進(jìn)行了徹頭徹尾的自我變革。

終身雇傭制曾經(jīng)因為在員工忠誠度方面的貢獻(xiàn)而備受日本企業(yè)推崇，并逐漸成為日本式經(jīng)營的關(guān)鍵代表因素，在這種制度下只要不違法亂紀(jì)或者企業(yè)不倒閉，被雇用者就可在企業(yè)工作到退休為止，不必忍受中途失業(yè)之苦。但從20世紀(jì)90年代開始，這種曾經(jīng)令日本人感到自豪的制度卻被越來越多的企業(yè)所拋棄。20世紀(jì)末被稱為日本“中高年白領(lǐng)受難的時代”。那些為日本的經(jīng)濟(jì)高度增長、為日本企業(yè)發(fā)展作出過貢獻(xiàn)的中高年員工在20世紀(jì)末被無情地拋棄了。日本企業(yè)的雇傭過剩從1993年開始顯現(xiàn)出來，在1994年達(dá)到了150萬人的水平，其后，稍有改善，但1997年再度開始惡化，并于1999年上升到228萬人的高峰。當(dāng)時，在日本企業(yè)一方，過剩感特別強(qiáng)的是企業(yè)的中高年白領(lǐng)階層的員工。在這一時期，許多日本的大企業(yè)發(fā)布了大規(guī)模的裁員計劃：日本政府持有53%的股份的NTT發(fā)表了裁員11萬人的驚人計劃，其他宣布裁員計劃的企業(yè)還包括日產(chǎn)、日立、東芝、富士通等。日本40家具有代表性的大企業(yè)總共計劃裁員15萬人。據(jù)日本政府總務(wù)廳的調(diào)查數(shù)據(jù)顯示，1999年失業(yè)的人數(shù)達(dá)到了313萬人，完全失業(yè)率高達(dá)，比美國的還要高。企業(yè)與終身雇傭制的這種決裂，固然是日本經(jīng)濟(jì)長期衰退的必然結(jié)果，但是更為值得注意的是，日本企業(yè)已不再排斥歐美式的雇用方式，并期待通過被雇用者的充分流動來喚起早已消失的危機(jī)意識和崗位競爭意識。與此同時，面對終身雇傭制的瓦解，被雇用者的觀念也在發(fā)生變化，在他們看來企業(yè)不再是帶有“共同體”色彩的“家”，他們的內(nèi)心追求正在由“愛社精神”向?qū)崿F(xiàn)自我價值轉(zhuǎn)變。

與終身雇傭制相配套，長期以來日本企業(yè)在工資報酬上采用年功序列制。在這種工資制度下，工資隨工齡的增加而增加，比較有益于控制工資成本，但由于被雇用者在能力上的差異沒有受到重視，職位工資在收入中的比重也不大，所以在鼓勵被雇用者創(chuàng)造業(yè)績方面缺乏激勵作用。

年功序列制的這一弊病在過去雖未對企業(yè)發(fā)展構(gòu)成嚴(yán)重影響，但泡沫經(jīng)濟(jì)破裂后的情況則大不相同，因為被它所忽略的因素恰恰是企業(yè)擺脫困境所必須充分調(diào)動的積極因素，因此幾乎所有的企業(yè)都視之為桎梏將其拋棄，開始實行按能力和業(yè)績確定報酬水準(zhǔn)的工資制度。根據(jù)日本有關(guān)方面調(diào)查，到2004年末，已有90%的企業(yè)進(jìn)行了改革，確立了以能力和業(yè)績?yōu)樵瓌t的工資制度。

隨著終身雇傭制和年功序列制的香銷玉殞，日本主銀行制的法人治理結(jié)構(gòu)也岌岌可危。日本主銀行制的公司治理結(jié)構(gòu)具有以下三個突出特點：一是股權(quán)結(jié)構(gòu)上的法人相互持股。在日本的上市公司中，其股份主要被金融機(jī)構(gòu)和企業(yè)法人持有。二是經(jīng)營者主導(dǎo)與內(nèi)部治理機(jī)制。相互持股的股權(quán)結(jié)構(gòu)，產(chǎn)生了大量不行使股東權(quán)益的“安定股東”，由于堅持相互之間互不干涉的立場，使董事會形同虛設(shè)，而經(jīng)營者處于主導(dǎo)地位。三是主銀行相機(jī)治理。主銀行一般是指與企業(yè)具有專屬、持續(xù)以及綜合交易關(guān)系的銀行，它是該企業(yè)的主要股東并為該企業(yè)提供最多的貸款額度。在企業(yè)財務(wù)狀況較好時，主銀行只作為企業(yè)平靜的伙伴而存在，向企業(yè)提供日常金融服務(wù)，聽任經(jīng)營者自主經(jīng)營。當(dāng)企業(yè)出現(xiàn)嚴(yán)重財務(wù)危機(jī)時，主銀行參與對企業(yè)重大問題的決議和處理。