伊斯蘭教初入西域

隨著西域的佛教勢力日漸強大，在高昌、甘州、龜茲、于闐等地，佛教逐漸取代了其他的宗教，成為占統(tǒng)治地位的宗教。

公元7世紀，吐蕃占領西域，安西四鎮(zhèn)（于闐、疏勒、龜茲、焉耆）全部陷落。吐蕃的統(tǒng)治酷烈殘忍，賦稅差役嚴重，民不聊生。他們的掠奪對龜茲地區(qū)的佛教文化更是一次不留情的摧毀。如此凄慘的狀況一直持續(xù)到公元9世紀中葉，吐蕃在西鶻的西遷下退出西域的歷史舞臺。

唐開成五年（公元840年），漠北回鶻（公元788年回紇改稱回鶻）汗國受到了黠戛斯族（也叫堅昆，即今柯爾克孜族的先民）軍事力量的沉重打擊，族眾四散，國勢驟衰，由鼎盛一時跌進低谷。

為了躲避戰(zhàn)亂，回鶻從鄂爾渾河流域分三支向西南方向遷徙：一支南下到河西走廊，史稱”河西回鶻“；一支西去新疆高昌地區(qū)，史稱”西州回鶻“或”高昌回鶻“；一支遷到喀什和中亞楚河南部地區(qū)。

西遷之后的西州回鶻不僅信奉摩尼教，也開始信奉佛教，使佛教成為高昌第一宗教。經過一番休養(yǎng)生息后，佛教以高昌為中心重新發(fā)展壯大起來。

公元10世紀中葉，西遷中亞地區(qū)的回鶻人聯(lián)合葛邏祿、樣磨、烏古斯等古代突厥語族東越蔥嶺，以今喀什為中心的新疆西部和中亞七河流域、河中地等廣大地區(qū)，建立了喀喇汗王朝，初以的巴拉沙袞（今吉爾吉斯斯坦伊塞克湖以西不遠）為首都，喀什為陪都，后期將首都遷至喀什。

在此之前的唐玄宗時，唐朝與阿拉伯的阿拔斯王朝（即黑衣大食）之間發(fā)生了怛羅斯之戰(zhàn)。由于唐朝戰(zhàn)敗，原本臣服于唐朝的中亞諸國轉而臣服于阿拔斯王朝和吐蕃王朝，伊斯蘭教開始傳入中亞，與佛教開始爭奪信眾。

兩教雙峰并立

公元10世紀上葉，伊斯蘭教在中亞的傳播出現(xiàn)了新的高潮，并取得了突破性的進展，一舉突破了帕米爾和錫爾河這兩個長期以來就構成伊斯蘭教在中亞傳播障礙的界線，率先使中亞諸突厥游牧民族在短期內完成了伊斯蘭化過程，為以后在新疆境內全面推行伊斯蘭化奠定了堅實的基礎。

喀喇汗王朝的薩圖克·布格拉汗，首先率臣民接受伊斯蘭教，成為維吾爾族中第一個信仰伊斯蘭教的統(tǒng)治者。

公元955年，薩圖克·布格拉汗死，其子穆薩·阿爾斯蘭汗繼位，繼續(xù)推行伊斯蘭教。公元960年，在喀喇汗王朝地域內有二十萬帳操突厥語的游牧民接受了伊斯蘭教。同年，穆薩·阿爾斯蘭汗宣布伊斯蘭教為國教，新疆歷史上第一個伊斯蘭王朝誕生了。

經過七年戰(zhàn)爭，于闐軍隊在高昌回鶻和吐蕃的支持下，于公元969年夏歷七月攻占喀什噶爾，并扶植了親于闐的政府，取得了戰(zhàn)爭第一階段的勝利。但在此后的很長一段時間里，雙方互有勝負，戰(zhàn)爭呈膠著狀態(tài)。穆薩·阿爾斯蘭汗死后，其子孫繼續(xù)同于闐作戰(zhàn)。公元1006年，經過數(shù)十年的征戰(zhàn)，喀喇汗王朝的軍隊終于攻下了于闐城，長期統(tǒng)治于闐的李氏王朝宣告滅亡。

這場戰(zhàn)爭過后，有著千余年歷史的于闐佛教遭到了滅頂之災，寺院僧房毀壞殆盡，成批僧人被迫改信伊斯蘭教。于闐著名的佛教場所，如熱瓦克佛寺、安德悅故城、買利克阿瓦提遺址、丹丹烏里克、尼雅等，也都銷聲匿跡在歷史的齒輪碾過之處，再也不見當年的繁盛氣象。

隨著喀喇汗王朝對于闐的戰(zhàn)爭取得勝利，伊斯蘭教也取代了佛教在這個地區(qū)千余年的統(tǒng)治地位。從此，佛教退出了塔里木盆地西部和南部地區(qū)。然而在北方，信仰佛教的西州回鶻國王阿斯蘭王，對喀喇汗王朝的擴張進行了堅決抵抗，致使伊斯蘭教的勢力長期未能越過其領地庫車一線。

在喀喇汗王朝同于闐王國的戰(zhàn)爭中，高昌回鶻與于闐結成了戰(zhàn)時同盟，加上高昌回鶻人也信奉佛教，引起了喀喇汗王朝的忌恨。于是，滅亡于闐王國后不久，喀喇汗王朝又發(fā)動了對高昌回鶻的戰(zhàn)爭。

高昌回鶻對喀喇汗王朝軍隊的入侵進行了堅決的反擊。雙方激戰(zhàn)正酣之時，喀喇汗王朝首領病情加重，只得撤兵罷戰(zhàn)，這次戰(zhàn)爭無功而返。此后不久，喀喇汗王朝統(tǒng)治集團內部矛盾加劇，內亂不斷，使其無力再次發(fā)動對外的戰(zhàn)爭。至此，伊斯蘭教在新疆的第一次傳播高潮告一段落。

由于受到了以高昌回鶻王國為代表的佛教勢力的堅決抵制，伊斯蘭教在新疆境內的傳播在很長時期內未再有顯著進展，新疆境內形成了伊斯蘭教和佛教雙峰對峙的宗教格局。