1920年 5月，吳佩孚不聽段祺瑞的命令，自衡陽領(lǐng)兵北撤，隨后通電反對皖系“安福俱樂部”把持政權(quán)。他的通電是：“全國之大，能否盡為一人所盤踞？疆吏之多，能否盡為一黨所居奇？兆民之眾，能否盡為一人所鞭笞？”要求大總統(tǒng)徐世昌罷黜段祺瑞內(nèi)閣。7月，直皖戰(zhàn)起，吳佩孚聯(lián)合奉系軍閥張作霖，大敗皖軍，段祺瑞政府倒臺，直奉兩系軍閥共同控制北京政府。吳的通電游戲使得徐世昌總統(tǒng)叮囑手下人：吳佩孚的態(tài)度不可不考慮。
　　
　　吳的軍人造反顛覆了政府，按后來人們的史評，吳佩孚的這一舉動標志著北洋軍閥公開分裂，多數(shù)論者認為這是一場爭權(quán)奪利的不義之戰(zhàn)，戰(zhàn)爭給當時的中國社會帶來了較大的經(jīng)濟損失，在政治上和軍事上削弱了北洋軍閥，外交上沉重地打擊了日本對華的侵略政策，客觀上一定程度地有利于中國社會的獨立和進步。但他通電謙稱：“此次興師討賊，原為民意所驅(qū)策，即戰(zhàn)勝結(jié)果，亦全國民意戰(zhàn)勝，非直軍戰(zhàn)勝也。此次戰(zhàn)勝逆黨，謬蒙各界贊揚，實則非軍隊之力，全勝于民意?！?br>　　
　　直奉系掌權(quán)，吳佩孚在北京出任陸軍總長可以說是眾望所歸，但他只在北京落了落腳，即引兵回到洛陽。他功成身退，只是出任“直魯豫巡閱副使”。一位在中國多年的日本軍部間諜鈴木貞一為此佩服說：“我認為吳佩孚是個很了不起的人物，因為在一般情況下，獲勝的中國將軍都是進入北京大逞威風，但吳佩孚卻不聲不響徑自領(lǐng)兵回到河南洛陽?！?br>　　
　　但人人都知道吳佩孚此時已是北京政府內(nèi)閣的靈魂，他人雖遠避豫西，卻又讓人不得不仰其鼻息，北京政府大到國策小至人事安排，無不頻繁請教于他。當擠在宣武門內(nèi)象房橋國會廳里爭吵不休的參議員和眾議員們擬拆除紫禁城三大殿 ——太和殿、保和殿、中和殿，在其廢墟上另建議會大廈時，吳佩孚通電總統(tǒng)、總理、內(nèi)務總長、財政總長：“……何忍以數(shù)百年之故宮供數(shù)人中飽之資乎？務希毅力惟一保存此大地百國之瑰寶。無任欣幸。盼禱之至！”當各報刊登載了吳氏通電后，頌揚吳帥之聲鵲起，抨擊國會之議潮涌，故宮三大殿幸免一劫。
　　
　　直奉的蜜月期很短，不到兩年，直奉反目，于 1922年 4月開戰(zhàn)。吳佩孚的討奉通電名言是：“大誥之篇，入于王莽之筆，則為奸說；統(tǒng)一之言，出諸盜匪之口，則為欺世?！彪m然奉系張作霖在軍隊人數(shù)和武器裝備上有明顯的優(yōu)勢，但吳佩孚的直系軍隊神速地擊敗了奉軍。奉張退居東北后，吳佩孚成為北洋軍閥首要人物，直系隨即獨霸北京政權(quán)，進入全盛時期。接著，曹、吳逼徐世昌下臺，恢復舊國會；再邀已被廢黜五年的前副總統(tǒng)黎元洪復職，卻不給他實權(quán)，后來干脆把黎趕出北京。1923年，曹錕花費約一千三百五十萬元，當上“賄選”總統(tǒng)，吳為此不滿，但也無可奈何。他力主“廢督裁兵”，而各地方實力派堅持“聯(lián)省自治”；于是吳打起當年自己曾公開反對的“武力統(tǒng)一”旗號，在洛陽埋頭練兵。
　　
　　吳佩孚的勢力引起國際矚目。上世紀二十年代初的他一度被公認為“中國最有權(quán)勢的人物”，且博得了“愛國進步”之名。不僅英、美等列強對他“爭相結(jié)納”，吳可能是最早上美國《時代周刊》封面的中國人；而且他也獲得蘇聯(lián)的青睞，以為與中國建立新的關(guān)系有望，因為吳不唯抗日，且主張召開包括工人在內(nèi)的國民大會。1924年，在他五十壽慶之時，正是權(quán)勢鼎盛之日，各地的軍政要人和文化名人、各國駐華使館的武官云集洛陽，清廢帝溥儀也派出其“攝政王”前來祝賀。連曾名震朝野的維新派首領(lǐng)、著名學者康有為也大拍馬屁，獻壽聯(lián)云：“牧野鷹揚，百歲功勛才一半；洛陽虎視，八方風雨會中州。 ”