陳寅恪二次赴日，正值日俄因爭奪中國東北利益而大打出手之時。日本侵占中國的旅順、大連、營口等地，而茍延殘喘的清政府只能作為“局外中立者”，劃遼河以東地區(qū)為兩國交戰(zhàn)地，遼河以西為中立區(qū)，眼睜睜地看著成群的狼熊在中國土地上瘋狂撕咬嗷叫而束手無策。這一狼一熊撕咬的結(jié)果是：俄國熊傷勢嚴(yán)重，漸感體力不支，不得不放棄在中國東北部分特權(quán)，拱手送給日本狼，并割庫頁島南半以和，日本狼借此獲得滿洲南部特權(quán)。至此，世界各國的狼蟲虎豹在中國的勢力范圍基本劃定：德國占據(jù)山東半島；法國擁有兩廣、云南、四川；俄國占據(jù)北滿；日本獲得南滿、福建，并獲得在東三省擴大通商、營建鐵路、經(jīng)營租界等項特權(quán)；英國以長江流域、云南、西藏為勢力范圍；美國的胃口更大，推行所謂的“門戶開放”政策，要求全中國的門戶全部無條件地向強大無敵的美利堅合眾國開放。

光緒三十一年（1905）寒假，陳寅恪因患腳氣病回國調(diào)養(yǎng)。至此，為期近四年的日本留學(xué)生活徹底畫上了句號。病好后的陳寅恪沒有再赴日繼續(xù)深造，其緣由固然復(fù)雜，但在后世研究者看來不外乎有如下幾個方面。

日本于日俄戰(zhàn)爭得手后，開始以世界列強的身份雄視東方，對中國人更是驕橫跋扈，極盡丑化蔑視之能事，留日學(xué)生被蔑為“支那人”、“豬尾奴”、“清國奴”。魯迅在《藤野先生》中已描述過仙臺學(xué)醫(yī)時那種泣血錐心的人生感受?！?7】向來不善言辭的陳寅恪也曾多次表示過“對日本人印象不佳”。【48】面對日本舉國上下畢現(xiàn)的種種驕狂之態(tài)與輕妄之舉，不只有藤野先生那樣“小而言之，是為中國”，“大而言之，是為學(xué)術(shù)”的教授為中國留學(xué)生鳴不平，當(dāng)時日本有識之士也曾表示了他們的憤慨與憂慮。著名政治家、學(xué)者宮崎滔天在《關(guān)于中國留學(xué)生》一文中曾明確地警告日本當(dāng)局與國民：“我深為日本的威信而悲，為中日兩國的將來而憂，更為中國留學(xué)生的處境而不禁流淚。我要寄語我日本當(dāng)局、政治家、教師、商人、房東、下女、扒手、小偷和妓女，你們旦夕欺侮、譏笑、榨取、剝削、誘惑的‘清國奴’中國留學(xué)生，將是新中國的建設(shè)者。他們今日含垢忍受著你們的侮辱，你們心中沒有一點慊焉之情嗎？侮辱他們，勢將受他們侮辱?；ハ辔耆璞貙⒁詰?zhàn)爭終始?！薄?9】未來的事實被宮崎滔天不幸而言中，只是當(dāng)時日本國民并沒有把這位智者的衷告放在心上。

面對日人的驕橫與輕視，魯迅感到了切膚之痛，陳寅恪也自當(dāng)不會例外。不過，當(dāng)陳氏第二次去日本時，魯迅已離開弘文學(xué)院在仙臺醫(yī)學(xué)專門學(xué)校就讀，如魯迅在自傳中所說：“這時正值日俄戰(zhàn)爭，我偶然在電影上看見一個中國人因做偵探而將被斬，因此又覺得在中國醫(yī)好幾個人也無用，還應(yīng)該有較為廣大的運動先提倡新文藝。我便棄了學(xué)籍，再到東京，和幾個朋友立了些小計劃，但都陸續(xù)失敗了。我又想往德國去，也失敗了?！薄?0】魯迅所說的小計劃，其中之一是企圖像當(dāng)年的著名刺客荊軻一樣，采取暗殺手段再加以群眾暴動推翻滿清王朝。除了暗殺與暴動的宏圖大愿，當(dāng)時的中國留學(xué)生有相當(dāng)一部分理想主義者，試著從文化上探尋救國之道，也就是要深究學(xué)術(shù)的精奧，解決形而上的問題，即胡適后來所倡導(dǎo)的“我們要救國，想要從思想學(xué)問入手，無論如何迂緩，總是免不了的?！薄?1】云云。而當(dāng)時世界學(xué)術(shù)的前沿和最高殿堂在西洋而不在東洋，日本學(xué)術(shù)只是歐美學(xué)術(shù)的二手貨，要想真正明了徹悟先進文化的奧秘和前進方向，就必須像當(dāng)年唐僧玄奘一樣，非到這一文化的發(fā)軔之地取經(jīng)不可，否則近似扯淡。正因如此，魯迅便有了出走歐洲到德國求學(xué)的打算，可惜未能成行。倒是相對年輕的陳寅恪把這一理想化成了現(xiàn)實，了卻了平生夙愿。

許多年后，陳寅恪在給清華學(xué)生授課時曾經(jīng)說過：“日本舊謂其本國史為‘國史’，‘東洋史’以中國為中心。日本人常有小貢獻，但不免累贅。東京帝大一派，西學(xué)略佳，中文太差；西京一派，看中國史料能力較佳?！薄?2】

日本東京帝大是明治十九年（1886）由東京大學(xué)改制而成，借助明治維新的契機，改制后的東京帝大仿德國現(xiàn)代化大學(xué)制度開科辦學(xué)，并大量聘請外籍教師，猶以德國比例為重。當(dāng)時德國柏林大學(xué)的史學(xué)大師蘭克，門下有一叫利斯（Ludwig Riss）的弟子，被聘為東京帝大新創(chuàng)立的史學(xué)科教授。后來名噪一時，且與陳寅恪在學(xué)術(shù)上交過手的東洋史代表人物白鳥庫吉，就是利斯指導(dǎo)的史學(xué)科第一屆畢業(yè)生。由于白鳥庫吉畢業(yè)后又游學(xué)德、匈等國，成名后參加過數(shù)屆國際東方學(xué)者會議，故陳寅恪稱東京帝大一派西學(xué)較佳。而以內(nèi)滕虎次郎為開山鼻祖的京都大學(xué)東洋史研究學(xué)派，所承繼的是日本漢學(xué)研究傳統(tǒng)，中文根底較深，即陳寅恪所說的“看中國史料能力較佳”者。盡管陳氏說這話時是在離開日本30年后的1935年，但總體評價尚屬公允，這除了陳氏本人后來與日本學(xué)者有所交流外，與他當(dāng)年游學(xué)日本有密切關(guān)系。如同后來中國的考古學(xué)派一樣，凡是傾向歐美學(xué)派與學(xué)術(shù)源流者，在新的文化進程中均得到發(fā)展壯大；凡承繼所謂傳統(tǒng)的學(xué)派如金石學(xué)者，逐漸沒落。日本的東京帝大派最終戰(zhàn)勝了西京學(xué)派而出盡風(fēng)頭，其原因也固如此。