1946年12月，札什倫布寺的尋訪隊伍來到塔爾寺，與班禪行轅會商，雙方毫無異議地確定貢布才旦就是九世班禪的轉(zhuǎn)世靈童，并呈報國民黨政府批準。與此同時，西藏噶廈政府在西康省理塘縣和昌都八宿縣，尋訪到兩名轉(zhuǎn)世靈童。

問題迅速變得復(fù)雜起來，青海、西康、西藏三地分別有了三位轉(zhuǎn)世靈童，到底哪一位是真正轉(zhuǎn)世的班禪呢？長達五年的爭論由此開始了。噶廈方面認為，應(yīng)該把三位靈童全都迎請到拉薩，采用金瓶抽簽的辦法，最后確定。班禪行轅反對，認為貢布才旦靈異超人，相貌堂堂，轉(zhuǎn)世靈童必他無疑，不用再搞金瓶抽簽。雙方爭持不下，希望國民黨政府表態(tài)。

1947年春，班禪行轅派人前往南京，向當(dāng)時的行政院院長孫科、考試院院長王云五、監(jiān)察院院長于右任、立法院院長戴傳賢、蒙藏委員會委員長許世英等黨政要員說項，并贈送了大量從西藏帶去的黃金、文物、藥材。但這些大員只受禮不辦事，一次次地推委。最后由行政院代表蔣介石表態(tài)：確定靈童一事，應(yīng)取得西藏宗教主的承認才行，目前不宜立即作出決定。

1949年初，蔣介石下野，李宗仁代理總統(tǒng)，國民黨政府遷都廣州。班禪行轅追攆到廣州請求李宗仁批準轉(zhuǎn)世靈童。李宗仁當(dāng)即同意了班禪行轅的請求。于是國民黨政府于1949年6月3日頒布命令：青海靈童官保慈丹（即貢布才旦），慧性澄圓，靈異夙著，查系第九世班禪額爾德尼轉(zhuǎn)世，應(yīng)即免于掣簽，特繼任為第十世班禪額爾德尼。8月10日，由專使關(guān)吉玉和青海省主席馬步芳主持，在塔爾寺普觀文殊殿前，大講經(jīng)院內(nèi)，給十世班禪舉行了隆重的坐床大典。但是教界人士都知道，沒有西藏僧俗人眾的認可，僅靠國民黨政府的頒令，班禪的名分是不牢靠的。

1949年10月1日，中華人民共和國成立，這對班禪來說，是個絕好的機會。班禪行轅馬上致電中央人民政府：速發(fā)義師，解放西藏，本佛誓率西藏愛國人民，喚起西藏人民配合解放軍，為效忠人民祖國奮斗到底。這就是說，班禪及其龐大的行轅又要進藏了。中央人民政府立即作出反應(yīng)：你和你的教民擁護我們，我們就支持你們返回西藏。

返回西藏的一切準備，就在新政權(quán)的領(lǐng)導(dǎo)下，緊鑼密鼓地開始了，包括護送的軍隊，包括班禪送給西藏饑民的糧食，包括馱運物資的駱駝。

遠在布達拉宮的十六歲的達賴喇嘛不久就知道了班禪要回來。他在咨詢噶廈要員的意見之后，對此采取了明智的態(tài)度。1951年6月，達賴電告班禪：我卜卦所得良好征兆，您確是前輩班禪化身。決定后已公布札什倫布訖。現(xiàn)在希望您即速起程回寺，所經(jīng)道路決定后先來電為荷。這是十三世達賴和九世班禪之間展開神與神的對抗、人與人的爭斗以來的二十九年中，達賴和班禪的第一次默契。它表明，班禪在宗教方面的合法性，通過卜卦，得到了另一位宗教領(lǐng)袖的承認。