呂祉字安老，建州建陽(yáng)人。宣和初年，以上舍生得到官職。建炎二年(1128)，任右正言，因?yàn)樯险抡撌骡枘娈?dāng)朝執(zhí)政，出任明州通判。

　　紹興元年(1131)，湖南、湖北地區(qū)盜賊蜂起，呂祉任荊湖提刑，來(lái)到之后，招降捕獲有方，一年后盜賊平定。進(jìn)任直秘閣，不久召他到行在?；茨闲麚崾鬼n世忠準(zhǔn)備出師，奏請(qǐng)讓呂祉議軍事，朝廷任命呂祉直徽猷閣，充任參議官，呂祉推辭沒(méi)有到任。

　　紹興三年(1133)，升任直龍圖閣、知建康府。呂祉到任后，與通判府事吳若、安撫司準(zhǔn)備差遣陳充共同商議，著作《東南防守利便》三卷上報(bào)朝廷，大概是說(shuō)：“立國(guó)于東南地區(qū)，應(yīng)當(dāng)聯(lián)絡(luò)淮甸、荊、蜀成一體，現(xiàn)在臨安地處偏僻的海邊，應(yīng)移居長(zhǎng)江一帶，然后才能夠維系南北離散的民心?！?br />
　　紹興四年(1134)冬，金軍進(jìn)攻淮河地區(qū)，江左地區(qū)戒嚴(yán)，只有韓世忠率領(lǐng)精兵駐屯在高郵。金軍攻陷漣水之后，攻破山陽(yáng)、盱眙，于是進(jìn)犯承州。呂祉上奏說(shuō)“：應(yīng)派兵作為韓世忠的后援?！焙髞?lái)援兵沒(méi)到，韓世忠退保鎮(zhèn)江。呂祉再次上奏“：把江北地區(qū)置之度外，不是朝廷任命宣撫兩淮地區(qū)的本意，并且恐怕失去中原民心。只有緊急派遣諸將，并且請(qǐng)皇上親率六軍，才能使上下齊心協(xié)力，可以不戰(zhàn)而勝。”于是高宗下詔親征。高宗到達(dá)平江，金朝退兵。

　　紹興五年(1135)，任命呂祉為中書(shū)門(mén)下省檢正諸房文字，不久任兵部侍郎兼戶部侍郎、給事中。紹興六年(1136)，改任刑部侍郎、都督府參議軍事，不久改任吏部侍郎。劉豫兵分?jǐn)?shù)路入侵，當(dāng)時(shí)高宗停駐平江，有人請(qǐng)求高宗回臨安，并下令守衛(wèi)長(zhǎng)江防備海上。呂祉獨(dú)自抗?fàn)幷f(shuō)“：士氣應(yīng)當(dāng)振作，敵人鋒芒可以挫敗，不能急忙后退示弱。”劉麟率十萬(wàn)大軍，已進(jìn)至濠、壽州。劉光世在合肥，想移居太平州，軍隊(duì)已經(jīng)行動(dòng)，于是命令呂祉奔馳到軍前，督促劉光世回到合肥。紹興七年(1137)，遷升兵部尚書(shū)、督府參謀軍事，前往淮西安撫各軍。

　　張浚由于劉光世堅(jiān)持不戰(zhàn)的議論，罷免他，于是命令行營(yíng)左護(hù)軍前統(tǒng)制王德任都統(tǒng)制，又以統(tǒng)制官酈瓊擔(dān)任王德的副手。酈瓊同王德素來(lái)不和，呂祉回到朝廷，酈瓊和王德互相到都督府和御史臺(tái)控告對(duì)方，于是命令王德返回建康，將他的軍隊(duì)隸屬于都督府。八月，又命令呂祉前往廬州節(jié)制各軍。呂祉到廬州，酈瓊等人再次控告王德。呂祉勸諭他說(shuō)“：如果以為你們是對(duì)的，那是誑騙人。但張丞相只喜歡人向前，倘若能夠立功，即使有很大的過(guò)錯(cuò)也會(huì)忽略不問(wèn)，何況這點(diǎn)小小的嫌疑呢？我當(dāng)盡力為你們辯明，保證沒(méi)有其他疑慮。”酈瓊等人感動(dòng)淚下。

　　事情稍為安定，呂祉于是秘密上奏請(qǐng)求罷免酈瓊和統(tǒng)制官靳賽的兵權(quán)。但屬下書(shū)吏將其泄漏給酈瓊，酈瓊派人攔截呂祉派遣的送信人員，全部得到呂祉的奏章，酈瓊十分怨恨。恰逢朝廷任命張俊為淮西安撫使，置宣撫司于盱眙；楊存中任淮西制置使，劉钅奇為副使，置于廬州；詔令酈瓊趕赴行在。酈瓊害怕了，于是反叛。眾將早晨拜見(jiàn)呂祉，坐下后，酈瓊從袖中取出文書(shū)，交給中軍統(tǒng)制官?gòu)埻蹙罢f(shuō)：“眾位將官有什么罪，張統(tǒng)制竟然將這些事報(bào)告朝廷呢？”呂祉看見(jiàn)大驚，想返回逃走，來(lái)不及，被酈瓊逮住。張王景和兵馬鈐轄喬仲福，統(tǒng)制劉永、衡友被處死。酈瓊于是率領(lǐng)全軍四萬(wàn)人渡過(guò)淮河投降劉豫，挾持呂祉到三塔，距離淮河三十里。呂祉下馬說(shuō)：“劉豫是逆臣賊子，我怎能見(jiàn)他？”眾人逼迫呂祉上馬，呂祉大罵說(shuō)“：死就死在這里！”又對(duì)其眾說(shuō)：“劉豫是叛臣，你們軍中難道沒(méi)有英雄豪杰，就這樣跟隨酈瓊而去嗎？”眾人頗受感動(dòng)，共有一千多人在他周圍環(huán)立不走。酈瓊恐怕動(dòng)搖眾心，急忙策馬首先渡過(guò)淮河，呂祉遇害。

　　當(dāng)時(shí)有人得到包裹呂祉頭發(fā)的毛巾回到吳中，呂祉妻子吳氏手持毛巾自縊身亡殉葬，聽(tīng)說(shuō)的人都感到哀傷，慶元年間，詔令為呂祉立廟賜匾，以表彰他的忠誠(chéng)。