毛澤東因此掌握了主動，但是在會議上造成一場騷動的，卻是林彪。他在會議結(jié)束之前，突然指控黨的宣傳部長陸定一和書記處成員楊尚昆陰謀發(fā)動“反革命政變”，并呼吁徹底調(diào)查他們的行為。他宣稱為了挫敗他們的陰謀，他已經(jīng)征得毛澤東的同意，派遣軍隊進駐北京的廣播電臺和“公安單位”。在這次會議的幾個月之后，毛澤東在寫給江青的信中說，林彪所說的話令他大吃一驚。盡管毛澤東可能真的大吃一驚，卻不能使陸定一和楊尚昆免逃幾乎立即被捕的命運。

在打敗彭真和書記處后，毛澤東似乎應(yīng)該返回北京了。但他卻決定繼續(xù)留在杭州，讓劉少奇和鄧小平去發(fā)動這場文化大革命！這使劉、鄧兩人很不愿意，但卻又不得不做的一件事。毛澤東究竟是想要給他們一個將功贖罪的機會，或只是丟給他們一條繩子，要他們自縛手腳，這又是另外一個謎，而且可能永遠也無法找到答案。即使他們想彌補過失，但他們的做法也錯了。他們不是去努力迎合毛的意見，相反，他們計劃實施一項政策，其做法幾乎是劉少奇在社會主義教育運動中起草的《后十條（修正案）》的翻版。他們派遣了數(shù)百個工作組到北京的中學和大學，要求他們建立文化革命委員會，并指導(dǎo)文化革命委員會調(diào)查、搜集學校教師和管理人員過去和目前有無修正主義的傾向和證據(jù)，但并沒想把群眾卷進去。

這種做法，從一開始就受到林彪、康生和陳伯達等人的破壞。通過各機構(gòu)的軍宣隊，以及學校和大學的軍代表，他們?nèi)税延杀驹擖h委控制的自上而下的清理工作變成自下而上的對領(lǐng)導(dǎo)和教師的揭發(fā)和攻擊。他們動員學生示威游行，反對他們的師長，并要求把“牛鬼蛇神”揪出來批判，即使是黨的高級干部也不能例外。到了6月初，由“好”的（非資產(chǎn)階級）階級背景的學生組成的一隊又一隊的紅衛(wèi)兵，已經(jīng)布滿整個北京市，并開始和工作小組發(fā)生沖突。在幕后，林彪等人也展開積極行動。他們改組北京市委，并且派軍宣傳隊接管了《人民日報》。

劉少奇和鄧小平很快就發(fā)現(xiàn)，他們所面臨的這項動亂，是毛澤東最親信的人發(fā)動的。因此他們前往杭州見毛澤東，請他作指示。但毛澤東只是建議他們，不要太過倚賴工作小組或把他們當作革命工具，其余的事情由他們自行決定。他們既然不能拒絕擔負起更進一步的責任（這樣做等于違背了黨的紀律），只好采取唯一可行的做法，回到北京，向紅衛(wèi)兵宣戰(zhàn)。他們下達兩項命令，禁止學生與教師秘密集會，并宣布所有的紅衛(wèi)兵組織為非法。這項措施取得了效果，工作小組受到鼓舞，全力反攻，阻止紅衛(wèi)兵走上街頭。但對于軍方所控制的一切，鄧小平和劉少奇卻束手無策。

在這種情況下，毛澤東終于回到北京。途中，他在武漢游過將近一里寬的長江。雖然從照片上看起來，他其實是浮在水面上飄過長江，而不是真正游泳，但這對一個已經(jīng)72歲的老人來說，畢竟是不簡單的。在隨后而來的宣傳中，他被描述為像是超人一般。在陳伯達和其屬下宣傳人員多年來的不懈努力下，對毛澤東的個人崇拜，在這時候達到最頂峰。他開始被描述成具有神奇力量的人。在美術(shù)作品里，他的形象被畫得比四周的人都要高大。他成了人民心目中的“最紅最紅的紅太陽”。