1月11日，周恩來在重慶收到皖南新四軍告急密電后，立即向國民黨談判代表張沖提出抗議，并分別向何應欽、白崇禧、顧祝同提出譴責，并直接寫信給蔣介石，要他立即下令撤圍、讓路。

12日，蔣介石、何應欽又給顧祝同、上官云相下達密令，要他們務必生擒葉、項。顧和上官奉命后，迅速向頑強抵抗突圍的皖南新四軍發(fā)起第二次總攻擊。13日，又連續(xù)發(fā)起第三次總攻擊。同日，何應欽以急電致國民黨各部隊首腦，謂“連日來各戰(zhàn)區(qū)進剿匪軍頗為順利，匪首葉挺、項英均先后被擒，……各部隊須嚴為戒備，勿為匪乘”。

14日，周恩來命重慶《新華日報》發(fā)表消息，用“新×軍”代替新四軍，希望將皖南事變發(fā)生的消息透露出去。根據(jù)何應欽勿使皖南事變的一言一行泄漏出去的指示，國民黨新聞檢查官將《新華日報》文章中的“國民黨反動派重重包圍”改為“敵寇重重包圍”，令人啼笑皆非。

新四軍皖南部隊經(jīng)過浴血奮戰(zhàn)，終因寡不敵眾，彈盡糧絕，除2000余人突出重圍外，其余大部壯烈犧牲或被俘，葉挺與國民黨軍談判時被扣留遭囚禁，項英和副參謀長周子昆在突圍中慘遭反動分子殺害，政治部主任袁國平身負重傷，不愿被俘，飲彈殉國。

17日，周恩來獲悉何應欽等將以軍委會名義公開發(fā)表取消新四軍番號的命令，一面向張沖交涉抗議，一面把電話打到何應欽家中，對在電話里裝腔作勢的何應欽怒斥道：“你們的行動，使親者痛，仇者快，你們做了日寇想做而做不到的事，你何應欽是中華民族的千古罪人！”深夜，周恩來悲憤不已，揮毫題寫了“為江南死國難者志哀！”“千古奇冤，江南一葉；同室操戈，相煎何急??？”的挽詞和挽詩，巧妙地避開國民黨新聞檢查官的檢查，在18日的《新華日報》上發(fā)表。他又連夜組織人撰寫了《新四軍皖南部隊慘被圍殲的真相》的重要文章，親自修改，19日以傳單的形式散發(fā)到重慶各處，最早將事變真相公之于眾。

17日，經(jīng)蔣介石簽署的《國民政府軍事委員會通令》中，誣稱新四軍“……違抗命令，不遵調(diào)遣，……蓄意擾亂戰(zhàn)局，破壞抗日陣線，陰謀不軌，……危害民族，……為敵作倀，……旨將國民革命軍新編第四軍番號即予撤消，該軍長葉挺著即革職，交軍法審判，依法懲治，副軍長項英著即通令各軍嚴緝歸案訊辦……”

皖南事變和“一?一七”反動命令所產(chǎn)生的巨大反響，完全出乎何應欽等的意料：中共中央1月20日任命陳毅為新四軍代軍長，重建軍部，新四軍擴編為七個師一個獨立旅，共九萬余人；許多愛國進步人士，海外愛國僑胞與解放區(qū)軍民一致聲討國民黨頑固派的罪行，連國民黨當權(quán)集團中的許多人也不贊成挑起反共內(nèi)戰(zhàn)、自相殘殺的做法；蘇聯(lián)率先反對蔣介石、何應欽的做法，英、美兩國政府也對國民黨施加壓力，而日本侵略者卻幸災樂禍。1月17日日本同盟社從南京發(fā)出一條電訊，略稱：“第三戰(zhàn)區(qū)司令長官為使共產(chǎn)軍早日移往江北，遂開始在東流附近圍攻新四軍及共產(chǎn)黨各軍隊?！?4日以來，日軍各部亦攻擊宣城、金壇附近之新四軍，‘國民政府’綏靖部隊亦協(xié)助日軍作戰(zhàn)?！边@就證明何應欽等與日偽軍配合默契，共同消滅人民抗日武裝力量的陰謀所包含的全部真實內(nèi)容了。