據(jù)李仲公說“中山艦事件”發(fā)動前，“蔣曾由廣州密電征求意見。電文大意是‘廣州有要人（暗指汪精衛(wèi)）聯(lián)合重要方面（暗指中共和俄顧問）反對他，使他處境極苦，他打算下野以避風頭。但下野后到哪里去呢？到上海，西山會議派正在上海開會；到日本，又不愿此時避居國外；茫茫大地，幾無容身之地，午夜徬徨，籌思無策，我兄其何以教我’等語。何接到這封親譯電后，馬上復(fù)電表示他自己和第一軍堅決支持蔣，一切作蔣后盾，必要時請蔣到汕頭指揮；并指天誓日地請蔣相信他。蔣接電后就決心發(fā)動中山艦事件的陰謀?！崩钪俟€說，何、蔣之間的電報，均由何應(yīng)欽之四弟何輯五親譯，事后才透露出來。

另據(jù)參與制造事變的蔣介石的拜把兄弟陳肇英記述：事變發(fā)生前，“蔣總統(tǒng)一度決定前往汕頭，以謀再起，且已買好赴汕頭的船票，但在驅(qū)車將要到達輪船碼頭時，最后在車中向隨行記者說出自己的決心，仍然返回廣州市內(nèi)?！笨梢姡Y在事變前確與何應(yīng)欽有過密謀，并得到何的保證與支持，如事有不濟或采取另外的方式發(fā)動時，蔣便可以到汕頭，利用何應(yīng)欽手中的武力和地盤，與廣州的國民政府對抗。

3月20日蔣介石在廣州采取行動的同時，何應(yīng)欽也在汕頭拘捕了第一軍中的共產(chǎn)黨員，連第一軍黨代表兼政治部主任周恩來也被軟禁了一天。之后，又將第一軍中的黨代表“統(tǒng)統(tǒng)調(diào)回政治訓(xùn)練部來再行訓(xùn)練”，強迫第一軍中的中共黨員全部撤出。由于何應(yīng)欽的配合，蔣介石順利地篡奪了第一軍的軍權(quán)。

1926年3月1日，黃埔軍校改為中央軍事政治學(xué)校。國民黨左派鄧演達任教育長。由于鄧反對“孫文主義學(xué)會”，與王柏齡等右派分子進行了針鋒相對的斗爭，被蔣介石目為親共分子。鄧當面斥責蔣介石制造“中山艦事件”，“疑近于反革命”，被蔣調(diào)離軍校，而教育長這一重要職務(wù)，就由何應(yīng)欽兼任。由此進一步奠定了何應(yīng)欽在黃埔系中一人之下萬人之上的地位。

5月15日，國民黨在廣州召開二屆二中全會。蔣介石又拋出了進一步打擊共產(chǎn)黨，奪取國民黨黨權(quán)的“整理黨務(wù)案”。參加這次會議的何應(yīng)欽完全站在蔣介石一邊。以陳獨秀為首的中共領(lǐng)導(dǎo)和國民黨左派在事前估計不足和毫無準備的情況下，又作了妥協(xié)讓步，提案獲通過。隨后，擔任國民黨中央組織部長的譚平山、宣傳部長毛澤東、農(nóng)民部長林祖涵以及中央執(zhí)行委員會秘書長劉芬等全被撤職。蔣介石當上了中央執(zhí)行委員會主席、中央組織部長（由陳果夫代）、國民革命軍總司令。這樣，蔣介石實現(xiàn)了集黨政軍大權(quán)于一身的陰謀。蔣雖露出了國民黨新右派的嘴臉，但他還不敢公開背叛孫中山的三大政策。何應(yīng)欽也不敢公開與共產(chǎn)黨決裂，公開反對革命。因為當時蔣介石的勢力還只存在于廣東一隅，何應(yīng)欽在東江一帶根本無力控制共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的工農(nóng)運動。在國民黨、國民革命軍和黃埔軍校中，共產(chǎn)黨和國民黨左派仍然保存了很大力量。何應(yīng)欽還要幫助蔣介石，利用共產(chǎn)黨和工農(nóng)運動的力量，把他們的勢力擴展到廣東以外去，不得不盡量掩飾其國民黨新右派的真面目。

何應(yīng)欽兼任軍校教育長以后，“時時往來黃埔與東江間”，原因似乎很簡單，為“軍校內(nèi)部之安定與團結(jié)”和“維系員生感情”。6月7日，何應(yīng)欽由汕頭到達黃埔，到20日才返回防地。在廣州的十多天里，何與蔣介石多次密談，內(nèi)容涉及“軍校有關(guān)事宜與奉上對下之道”。何、蔣關(guān)系正秘密地在反共道路上加深和發(fā)展。