由于平湖、乍浦、海鹽、澉浦、嘉善、海寧、桐鄉(xiāng)等地的守將紛紛投敵，杭州成了一座孤城。

同治三年正月初九日（1864年2月15日），左宗棠將提督黃少春一軍從余杭調(diào)至嚴(yán)州，以遏阻從皖南援浙的太平軍。這時(shí)，皖南太平軍已由績(jī)溪進(jìn)入昌化（屬杭州府），并南下淳安、遂安（嚴(yán)州府屬），威脅左軍后路。左宗棠做了嚴(yán)密的防務(wù)：命魏喻義自新城南屯嚴(yán)州，喻得成屯金華，戴奉聘屯衢州，并調(diào)王開琳部“老湘軍”由屯溪下趨淳安。正月十五日，王開琳會(huì)合黃少春部擊敗太平軍于遂安之昏口，太平軍分走婺源（皖南）、玉山（贛東）。二月十八日（3月25日），進(jìn)入浙江北部的淮軍攻陷嘉興，杭州太平軍更失掎角之勢(shì)。城內(nèi)個(gè)別將領(lǐng)圖謀通敵。二十一日（3月28日），蔣益澧、高連升等用大炮轟塌城垛三丈。二十三日后半夜，聽王陳炳文棄城北走。二十五日清晨，左軍攻陷杭州，蔣益澧、高連升等部及德克碑的中法混合軍入城后即大肆搶劫。同一天，太平軍康王汪海洋也棄余杭北走武康（屬浙江湖州府），清軍康國器等占領(lǐng)余杭城。三月初二日（4月7日），左宗棠進(jìn)駐杭州，始申虜獲之禁，婦女財(cái)物各從其主，有敢取自賊中者，罪之。禁軍士入民居，招商開市。

在杭州的爭(zhēng)奪戰(zhàn)中，太平軍堅(jiān)忍不拔，楚軍屢攻不下，傷亡嚴(yán)重，幾次遭潰敗。直到1864年3月，由于嘉興被楚軍攻陷，杭州的糧道和交通線都被切斷，無法據(jù)守，守將陳炳文動(dòng)搖出走，錢桂仁率部千余人獻(xiàn)城投降，杭州城才被拿下。左宗棠獲加太子少保銜。8月，左宗棠主部攻陷湖州，受封為一等恪靖伯。

蘇浙根據(jù)地瓦解，蘇杭陷落。在太湖地區(qū)抗擊中外反動(dòng)武裝的太平天國此后失去了回旋余地，不得不舍棄蘇浙，“就食江西”。三月初四日（4月9日），左宗棠遣楊昌浚率軍攻陷武康。初五日，太平軍石門（屬嘉興府）守將鄧光明投降。同日，李世賢、楊輔清、汪海洋退至昌化。以后，李世賢由皖南進(jìn)入江西，汪海洋、陳炳文等轉(zhuǎn)戰(zhàn)浙皖；黃文金、楊輔清則留守湖州，與清軍在湖州一帶激戰(zhàn)兩個(gè)多月。

七月十二日（8月13日），干王洪仁玕亦至湖州。其時(shí)湘軍、淮軍已向胡州合擊，二十五日（8月26日），湖州城南門守將陳學(xué)明向蔣益澧投降。二十六日，洪仁玕、黃文金等決定放棄湖州，西走江西。二十七日（8月28日），左軍將領(lǐng)蔣益澧、高連升以及“常捷軍”首領(lǐng)德克碑會(huì)同淮軍將領(lǐng)郭松林、潘鼎新、張樹聲、劉秉璋等占領(lǐng)湖州府城。二十八日，由湖州西走的太平軍被左軍在梅溪擊敗。同日，楊昌浚經(jīng)過月余的進(jìn)圍，占領(lǐng)湖州府西境的安吉縣城，并追至孝平。

七月底八月初，黃文金與洪仁玕、黃文英、李繼佑等，在皖南作戰(zhàn)失利后東走浙江昌化。八月初五日（9月5日），黃文金病死，黃文英統(tǒng)率其軍。初七日，在昌化白蛇嶺被左軍擊敗西走。初八日，左軍在浙皖交界處之蜀口再敗太平軍。十八日，黃少春在遂安十六都迫使太平軍兩萬余人投降。八月下旬，左軍分別在常山、江山一帶擊敗太平軍。太平軍在皖浙作戰(zhàn)相繼失利，紛紛轉(zhuǎn)入江西，浙江境內(nèi)的戰(zhàn)事基本結(jié)束。同治三年九月六日，左宗棠上奏朝廷，稱浙江太平軍已全部肅清。這樣，左宗棠又為清王朝建立了“規(guī)復(fù)浙江”的大功。

李世賢在江西聽到天京已破的消息，與康王汪海洋率部轉(zhuǎn)移到福建，相繼攻克汀州、漳州等城，建立了根據(jù)地。清政府采取分進(jìn)合擊的方針，派左宗棠督楚軍從江西、浙江分道攻入福建。