經(jīng)過激戰(zhàn)，太平軍戴王黃呈忠、首王范汝增受重傷撤退，法艦長耿尼亦被擊斃，由“孔夫子”號(hào)艦長勒伯勒東繼任統(tǒng)領(lǐng)。此外，刁樂克在寧波當(dāng)?shù)卣心剂酥袊蚊? 000人，由英軍軍官訓(xùn)練、統(tǒng)帶，組成中英混合軍，稱“常安軍”和“定勝軍”，又稱“綠頭勇”；不久，法國人寧波海關(guān)稅務(wù)司日意格等，也招募了400名士兵，頭戴花巾，稱“花頭勇”，后陸續(xù)擴(kuò)充至1 500人，組成中法混合軍，取名“常捷軍”。中英、中法混合軍成立后，就伙同清廷已革道臺(tái)張景渠，攻占慈澳、余姚，奪得奉化。此后，雙方展開了拉鋸戰(zhàn)。

這時(shí)，清廷還應(yīng)法國公使之請(qǐng),任命勒伯勒東為署浙江總兵，帶“常捷軍”1 500人防守寧波。寧波作為對(duì)外貿(mào)易的一個(gè)重要口岸，在軍事上居于重要地位。通過寧波，既可以輸入軍火、糧食等重要補(bǔ)給品，又可以取得海關(guān)稅這筆重要收入。因此，左宗棠對(duì)寧波是很重視，他委派史致諤署理寧紹臺(tái)道，并明確指出：“浙中餉源全在寧波海口，此處無人籌劃，終無自立之理，仰面求人，其效已可睹也。”

同治二年正月二十六日（3月15日）,清軍占領(lǐng)紹興，而“常捷軍”頭目法人勒伯勒東被太平軍擊斃。鎮(zhèn)海、臺(tái)州等地，也先后被地方地主武裝和中英、中法混合軍所奪占。二月初，張景渠又占領(lǐng)蕭山，逼近杭州。這樣，浙境太平軍的力量更為削弱，“金華、龍游、嚴(yán)郡、溫、臺(tái)等處陸續(xù)退守，兵屯富陽”。李秀成的部將聽王陳炳文、歸王鄧光明亦增援富陽，以保杭州。二月，左宗棠水師由副將楊政漠率領(lǐng)在富陽擊毀太平軍船只數(shù)百艘，太平軍全局崩潰已不可避免。曾國藩對(duì)此十分高興，致函左宗棠說：

閣下受事于糜爛之后，如大海巨颶櫓傾楫摧,一理陰云解駁，稍睹畔岸，遠(yuǎn)近智愚，疇不怍慰！

皖南太平軍為牽制左軍東進(jìn)，分兩路由皖入贛,以攏左宗棠后方：一路由歙（shè）縣、休寧準(zhǔn)備越過婺源，直取江西的德縣、樂平；一路由黔縣準(zhǔn)備越過祁門進(jìn)取江西浮梁、景德鎮(zhèn)。為鞏固后方，左宗棠不得不將劉典一軍8 000余人調(diào)回建德（嚴(yán)州府治）轉(zhuǎn)向皖南。這時(shí)由左宗棠直接指揮的兵力雖有3萬余人，但相當(dāng)分散，除劉典、王開琳兩軍一萬余人（王開琳部3 000余人）部署在皖南外，還有萬人左右分守下游的新城、桐廬和上游的淳安、遂安以及衢州、金華、嚴(yán)州等地。進(jìn)攻富陽的部隊(duì)只有蔣益澧1萬多人，加上軍餉缺乏，瘟疫流行（左宗棠軍前后病死4 000多人），所以在富陽與太平軍相持五個(gè)多月，毫無進(jìn)展，左宗棠自己也得了瘧疾，陷入一籌莫展的境地。最后他決計(jì)求助于法國人組織的洋槍隊(duì)。同治二年七月二十六日（1863年9月8日），左宗棠將浙東德克碑的“常捷軍”1 500人調(diào)至，配合蔣益澧進(jìn)攻富陽。八月初七日（9月19日），清軍與“常捷軍”聯(lián)合攻破富陽城外卡壘，翌日占領(lǐng)富陽城，高連升部亦破新橋，并進(jìn)而攻杭州。九月初六日（10月18日），太平軍聽王陳炳文、歸王鄧光明集中一萬余人分四路反攻，被擊敗。十月十八日（11月28日）太平軍再次從杭州反擊，又被高連升與“常捷軍”擊退。十一月初十日（12月20日），左宗棠從富陽趕至余杭督師，雙方在杭州、余杭展開了激烈的爭(zhēng)奪戰(zhàn)。

曾國藩為了迅速絞殺太平天國運(yùn)動(dòng),在奪得安慶重鎮(zhèn)之后，他進(jìn)一步加強(qiáng)了進(jìn)攻部署。早在同治元年三月（1862年4月），他派李鴻章率領(lǐng)淮軍至上海，以上海為基地，全面進(jìn)犯蘇福省。同年四月又讓其弟曾國荃率湘軍東下，圍攻天京。加上左宗棠率部進(jìn)入浙東，攻陷富陽、撲犯杭州，太平天國處于三面夾擊之下，完全陷入被動(dòng)挨打、其防線逐步瓦解的局面。十月二十四日（12月15日）太平軍的長江下游的主要城市蘇州失守，守城將士也出現(xiàn)了變節(jié)投敵的情況：其守將郜永寬等八人刺殺了慕王譚紹光，向淮軍投降。叛變事件也在浙江不斷出現(xiàn)。從同治二年十一月初七日到同治三年正月初八日（1863年12月17日到1864年2月25日）。