在安徽與湖北之中，他認為最重要的又是安慶。他認為：

欲廓清諸路，必先攻破金。全局一振，而后江南大營之兵，可以分剿數(shù)省，其餉亦可分潤數(shù)處。欲攻破金陡，必先駐重兵于滁、和，而后可去江寧之外屏，斷蕪湖之糧路。欲駐兵滁、和，必先圍安慶，以破陳逆老巢，兼搗廬州，以攻陳逆之所必救。

這是非常正確的，抓住了與太平天國戰(zhàn)爭的戰(zhàn)略要點。太平軍西征目標之一就是安慶，其次是武昌。武昌失去后，將重兵布置在安慶。其意圖就是牢牢控制長江流域，控制金陵的上游。所以，曾國藩將戰(zhàn)略重點定位于安慶是非常正確的。但是咸豐卻不這樣認為，朝廷也不這樣認為。

第二，明確了以長江為核心軸，實行中路突破的戰(zhàn)略。按照曾國藩的設(shè)想，湘軍沿著長江由西往東推進。在長江兩岸設(shè)置重兵，整體東進。這是非常穩(wěn)固的戰(zhàn)略，避免了輕進的危險。曾國藩認為：

誠使大江兩岸，各置重兵，水陸三路，鼓行東下，剿皖南則可分金陵之賊勢，即可紓浙江之隱憂；剿皖北則可分廬州之賊勢，即可紓山東、河南之隱憂。

開始，曾國藩規(guī)劃三路大軍齊頭并進，后來與胡林翼等商量后，提出四路進兵的計劃。一路由宿松、石碑，以規(guī)安慶；一路由太湖、潛山，以取桐城。一由英山、霍山以取舒城；一由商城、六安以規(guī)廬州。水路連為一氣，皖境連為一體，使整個安徽成為一個有機的作戰(zhàn)體系。

第三，制定了分步實施作戰(zhàn)計劃，組織了幾次重要戰(zhàn)役。一次是1859年底到1860年正月，以小池驛為中心的太湖、潛山戰(zhàn)役，擊敗了安慶周邊的太平軍，為四路進兵計劃創(chuàng)造了有利條件。一次是1860年到1861年的安慶攻城戰(zhàn)，占領(lǐng)了軍事要地安慶，控制了整個長江。一次是皖南阻擊戰(zhàn)，打破了太平軍從皖南進入江西的作戰(zhàn)計劃，也為湘軍由江西進入浙江掃除了障礙。

按照這一戰(zhàn)略思想， 1862年5月曾國荃率兵一萬人，進扎雨花臺；李鴻章率領(lǐng)淮軍進住上海，開創(chuàng)了東部新戰(zhàn)場；左宗棠率領(lǐng)湘軍一部由江西進入浙江，從西往東推進，形成了東西南北包圍金陵的新格局，然后不斷往核心緊縮，李鴻章收復(fù)蘇州、常州，左宗棠收復(fù)杭州，曾國荃收復(fù)金陵，取得了對太平天國的最后勝利。