雙方爭論的焦點最終還是要歸結(jié)到“‘問題’和‘主義’是如何產(chǎn)生的？”這一發(fā)生學的問題上。在這個問題上，經(jīng)驗主義的主張與理性主義的思想有著根本的差別。藍公武受歐洲大陸理性主義思想方法的影響很大。在“‘問題’和‘主義’是如何產(chǎn)生”的“問題”上，其思維方式是典型的理性主義的。他認為，“問題初起之時，一定先為抽象性，后才變成具體性的”；“世間有許多極有力量的主義，在他發(fā)生的時候，即為一種理想，并不是什么具體方法，信仰這主義的，也只是信仰他的理想，并不考究他的實行方法”。并說問題初起的抽象性最合于人類的一種神秘性。實驗主義是經(jīng)驗主義的一種表現(xiàn)形式。作為實驗主義的信徒，胡適認為，凡是能成問題的問題，無論范圍大小，都是具體的，決不是抽象的。問題本身，并沒有什么抽象性。只是在研究問題的時候，往往必須經(jīng)過一番理想的作用，而這一層理想的作用，不可錯認作問題本身的抽象性。同時，胡適還批評了藍公武所謂的人類的神秘性。胡適指出，人的這種“神秘性”“只是人類的愚昧性”，“實在是人類的一點大缺陷”。并且，“人類受這種劣根性的遺毒，也盡夠了。我們做學者事業(yè)的，做輿論家的生活的，正應(yīng)該可憐人類的弱點，打破他們對于抽象名詞的迷信，使他們以后不容易受這種抽象的名詞的欺騙”。而解決之道，只有“多研究些具體的問題，少談些抽象的主義”。

所以，雙方思想方法的差異是根本性質(zhì)的差異。經(jīng)驗主義認為，任何的經(jīng)驗都來源于具體的問題——發(fā)現(xiàn)問題，分析問題，解決問題。同時，對于任何現(xiàn)實問題的解決也只有靠過去既有的經(jīng)驗。所以，在連結(jié)過去、現(xiàn)在和未來的一切關(guān)系上，只有以“經(jīng)驗”作為連結(jié)“經(jīng)驗”的方式，此外沒有任何有效的“連結(jié)”。在《徹底的經(jīng)驗主義》一文中，威廉·詹姆士指出經(jīng)驗主義在這方面所持的基本觀點。他說：“一種經(jīng)驗主義，為了要徹底，就必須既不要把任何不是直接所經(jīng)驗的元素接受到它的各結(jié)構(gòu)里去，也不要把任何所直接經(jīng)驗的元素從它的各結(jié)構(gòu)里排除出去。對于像這樣的一種哲學來說，連結(jié)各經(jīng)驗的關(guān)系本身也必須是所經(jīng)驗的關(guān)系，而任何種類的所經(jīng)驗的關(guān)系都必須被算做是‘實在的’和該體系里的其他任何東西一樣。元素固然可以因為事物原來的安排改正了而被重新分配，但是，在最后的哲學安排中，必須給每一種類的所經(jīng)驗的事物（無論是關(guān)系項或是關(guān)系）找到一個實在的位置。連接性的關(guān)系和分離性的關(guān)系都表現(xiàn)為經(jīng)驗之完全對等的部分。”