李鴻章為了不去金陵，一會兒說將士疲勞，一會兒說槍炮疲勞，一會兒是攻長興，一會兒是防湖州，已經(jīng)把一切借口都用盡了。當(dāng)時在曾國荃幕中的趙烈文站在曾氏兄弟的立場上，在日記中批評李鴻章：“此一事而機(jī)械百出，言語處處不同，其圖望大功、日夜計算心計之工，細(xì)入毫芒?！?其實，在這件事上，李鴻章處處為曾氏兄弟著想，甚至冒著抗旨的風(fēng)險。趙烈文還這樣說，實在是得了便宜還賣乖。

從六月開始，身發(fā)濕毒的曾國荃，也不得不振作精神，督促部下，加緊攻城。六月初一，各軍逼近金陵城根，輪流猛攻，掩護(hù)挖地道。十五日，終于有一條地道挖成了。軍中相傳，這天晚上，忽然有一瘋子跑到曾國荃營中，手舞足蹈，胡言亂語，說讓他辦的事已經(jīng)辦妥了，有紅須人、白須人令他前來“銷差”。士兵懷疑他是奸細(xì)，拖出營去，一路上他還不停嚷著這兩句話。

同治三年（1864）六月十六日中午，總兵李臣典督率士兵，在地道中放置炸藥，只聽一聲驚天動地的巨響，剎那間煙塵騰空、遮天蔽日，金陵城垣被炸坍了二十余丈，碎磚石如雨直下，把準(zhǔn)備進(jìn)攻的湘軍士兵砸傷了幾十人。塵煙稍散，終于看見城墻缺口，湘軍吶喊而上，從缺口蜂擁搶入。這時，鐘山上有大團(tuán)濃云，積聚如山，壓在湘軍頭上，隨著軍隊洶涌入城。將士都說這是神明護(hù)佑，更加奮勇。

天京九門盡破，當(dāng)曾國荃看見湘軍的旗幟在一片硝煙烈火的烘托下，呼呼飄揚在城頭時，欣喜若狂，一時濕毒盡消、活龍鮮健，趕緊揚鞭策馬，馳回老營。趙烈文形容當(dāng)時的曾國荃：“中丞衣短布衣，跣足，汗淚交下。”可見其萬分激動，又不勝疲勞的樣子。

曾國荃一面以八百里紅旗馳報朝廷，一面?zhèn)髁罡鬈姵藙龠M(jìn)攻。他的奏報稱：“自十六日午時起至日暮，殲斃悍賊數(shù)萬，攻陷偽府?dāng)?shù)十處，惟首逆洪酋所居，筑有偽城甚大，死黨不下萬人，經(jīng)官軍四面環(huán)攻，尚未破入，大約一二日內(nèi)即能剿洗凈?！?官軍此時還不知道洪秀全已死。

曾國藩也有奏報，詳述日暮后的戰(zhàn)況：“當(dāng)日暮苦戰(zhàn)之后，正兵收隊龍廣山，而伏兵深入，由偽城之東，逶迤而南，不能收隊。時已三更矣，偽忠王傳令群賊，將天王府及各偽王府，同時舉火，焚毀偽宮殿，火藥沖霄，煙焰滿城。袁大升、周恒禮、沈鴻賓等，見偽殿前南門突出悍賊千余人，執(zhí)持軍器洋槍，向民房街巷而去。知是洪逆竄至民房，遂率隊腰截?fù)糁瑲①\七百余人，奪偽玉璽二方，金印一方，寬廣約七寸，即洪酋僭用之印也。其偽宮殿侍女，縊于前苑內(nèi)者，不下數(shù)百人；死于城河者，不下二千余人。其時偽城火已燎原，不可向邇。街巷要道，賊均延燒塞衢，官軍以暮夜，路徑生疏，不能巷戰(zhàn)，遂收隊站城?！?/p>

半夜，由于太平軍突圍，雙方再起激戰(zhàn)。李秀成保護(hù)幼主洪天貴福逃出天京，被湘軍一路追擊。六月十九日，李秀成和洪秀全的次兄洪仁達(dá)（福王）在金陵外方山被俘。據(jù)趙烈文記載，他們并非被官兵所擒，而是被當(dāng)?shù)乩习傩兆カ@的。后來，曾國藩未經(jīng)請旨，就把李秀成殺于金陵。這事令朝廷頗為不滿，并起了疑心，派富明阿到江寧調(diào)查實情。