1930年6月，紅五軍擴編為紅三軍團后，楊奇清被分派到第一師政治部宣傳隊當(dāng)宣傳員。這年12月，國民黨軍向中央革命根據(jù)地發(fā)起了第一次“圍剿”。楊清說，父親參加了這次反“圍剿”戰(zhàn)斗。戰(zhàn)后，楊奇清從宣傳隊調(diào)往一師三團三連任黨代表（后改稱指導(dǎo)員）。

此時，楊益德已被捕，在經(jīng)受敵人的長期殘酷折磨后已是腿斷身殘，奄奄一息，卻死守著黨的機密。楊益德最后被劊子手?jǐn)厥资颈?。懷著父親被害的強烈悲痛和對敵人的無比仇恨，楊奇清率領(lǐng)三連全體戰(zhàn)士英勇投入第二次與第三次反“圍剿”中，他身先士卒，猛打猛沖。

1933年5月，楊奇清被推薦進入國家政治保衛(wèi)局保衛(wèi)人員訓(xùn)練班學(xué)習(xí)。從此，他走上了保衛(wèi)工作崗位，開始了幾十年的保衛(wèi)工作歷程。結(jié)業(yè)后，他被分配到紅三軍團一師任特派員。這年9月，被調(diào)往紅三軍團保衛(wèi)局任執(zhí)行科科長，后先后改任執(zhí)行部部長、偵察部部長。

1934年10月，中央紅軍被迫退出中央革命根據(jù)地，開始長征。12月，紅軍進入貴州，楊奇清由偵察部又調(diào)回執(zhí)行部任部長，并由他兼管偵察部。楊奇清的權(quán)力更大了，肩上的擔(dān)子也更重了。為了保衛(wèi)首長和要害部門的安全，維護通訊聯(lián)絡(luò)的暢通，楊奇清經(jīng)常不避艱險，不畏饑寒，哪里需要，他就出現(xiàn)在哪里。

為了給軍團各級首長配備合格的警衛(wèi)人員，楊奇清利用戰(zhàn)斗間隙休整的機會舉辦警衛(wèi)人員訓(xùn)練班，挑選政治可靠、勇敢機智、膽大心細(xì)、吃苦耐勞、身體健壯的青年進行訓(xùn)練，培養(yǎng)出一批批忠于職守的優(yōu)秀警衛(wèi)人員。他工作盡忠盡職，不僅使領(lǐng)導(dǎo)同志的安全沒有出過什么問題，而且在照顧領(lǐng)導(dǎo)同志的生活上也細(xì)致入微。每個警衛(wèi)員除了要拿行李、武器外，每天還要帶齊飯菜、馬燈、水壺、洋蠟、火柴等物品。因此，首長們白天隨部隊行軍，晚上一到宿營地就能及時開始工作。

楊奇清對保衛(wèi)干部和警衛(wèi)員既十分嚴(yán)格，又十分關(guān)心。1934年12月，紅軍經(jīng)過廣西龍勝、三江一帶時，由于廣西軍閥白崇禧實行空室清野政策，沿途找不到顆粒糧食，紅軍補給困難，饑餓現(xiàn)象嚴(yán)重，致使掉隊情況時有發(fā)生。楊奇清從保衛(wèi)工作的特殊性出發(fā)，強調(diào)絕不容許警衛(wèi)人員掉隊和失蹤?？墒蔷驮诓筷牸毙熊姷诌_(dá)湘黔邊界時，他發(fā)現(xiàn)缺少一個警衛(wèi)員，擔(dān)心落入敵人之手而泄露軍事機密，要求警衛(wèi)科長趕緊返回沿途仔細(xì)尋找，直至在一山溝里找到因餓昏而滾落的警衛(wèi)員。長征途中，楊奇清還多次負(fù)責(zé)保衛(wèi)毛澤東、周恩來等中央領(lǐng)導(dǎo)的安全。

1935年6月，中央紅軍與張國燾率領(lǐng)的紅四方面軍在四川懋功地區(qū)會師后，為了統(tǒng)一指揮兩大方面軍作戰(zhàn)，中共中央召開了“兩河口會議”，會議決定由張國燾任紅軍總政委、中革軍委副主席。但張國燾反對中央關(guān)于紅軍北上建立川陜甘蘇區(qū)根據(jù)地的決定，進行分裂黨和紅軍的活動，10月率部南下川康，在卓木碉宣布另立“中央”，并通緝毛澤東、張聞天、周恩來等人。