戊戌變法后，與維新派沾邊的人命運各不相同。張騫去辦實業(yè)了，蔡元培回老家當(dāng)老師，張元濟(jì)逢兇化吉，到上海的南洋公學(xué)做譯書院院長，也算不錯。

到南洋公學(xué)任職，得益于李鴻章。李鴻章本就認(rèn)為張元濟(jì)是個人才，而變法后張又不再是政治人物，李鴻章認(rèn)為更加可用，于是他向?qū)崢I(yè)家盛宣懷推薦了張元濟(jì)。盛宣懷創(chuàng)辦的南洋公學(xué)正急需人才，而這個工作又符合張元濟(jì)以西學(xué)開啟民智的想法，所以對他的吸引力很大。

南洋公學(xué)是當(dāng)時中國難得的設(shè)備精良、人才濟(jì)濟(jì)的高等學(xué)府。張元濟(jì)到譯書院工作了一段時間后，和老朋友嚴(yán)復(fù)取得聯(lián)系，并出版了他翻譯的亞當(dāng)?斯密的《原富》。這本書直到今天，仍然是經(jīng)濟(jì)學(xué)的經(jīng)典著作。

譯書院的工作要求張元濟(jì)會編書，并且和出書的人打交道，這樣張元濟(jì)就結(jié)識了商務(wù)印書館的夏瑞芳。只是世間很多事難以預(yù)料，張元濟(jì)自己也沒想到后來會和商務(wù)印書館有那樣深厚的緣分。

歷史剛步入20世紀(jì)，北方就爆發(fā)了義和團(tuán)運動，清政府岌岌可危。義和團(tuán)雖然沒有波及上海，但上海一些有識之士開始組建自立會，意在武裝起義，推翻清廷。和“戊戌變法”時一樣，張元濟(jì)參加了一些外圍活動。自立會的正副會長分別是首位帶中國幼童到美國留學(xué)的容閎和從北方到上海來避難的翻譯家嚴(yán)復(fù)，秘書長則是湖南人唐才常。唐才常是譚嗣同的好友，譚死后，唐才常一直為起義的事情奔走。自立會第二次開會的時候，容閎提議張元濟(jì)做會計事，但被張元濟(jì)婉拒，他仍然不愿意直接參與政治活動。自立會存在時間不長，就因為起義消息泄露而被鎮(zhèn)壓。唐才常不幸在漢口被張之洞捕獲殺害。

張元濟(jì)這次沒有受到牽連。其時，南洋公學(xué)的負(fù)責(zé)人突然病故，總理校務(wù)的工作就暫時落到了張元濟(jì)身上。一直有改革想法的張元濟(jì)于是開設(shè)“特班”，并且請來蔡元培做班主任。所謂“特班”，意在培養(yǎng)中西合璧的人才?！疤匕唷眱H僅辦了一屆，日后卻涌現(xiàn)出眾多的名流，如李叔同、邵力子、黃炎培、謝無量等，可謂張元濟(jì)在人才培養(yǎng)方面的一次有益嘗試。

如果說此前的張元濟(jì)認(rèn)為教育是啟蒙思想的最好方式，那么后來他的想法也在一點一點地改變。1902年，張元濟(jì)辭去南洋公學(xué)職務(wù)，應(yīng)夏瑞芳的邀請加入商務(wù)印書館，這讓他的很多熟人頗為吃驚。當(dāng)年的商務(wù)印書館只是夏瑞芳、鮑咸恩等人辦的一個手工作坊式的印刷工場，張元濟(jì)放棄了在南洋公學(xué)的顯赫地位，到一個弄堂的小廠里，跟一個小業(yè)主合作，這樣的轉(zhuǎn)身，令人多有猜測和不解。