在張元濟的官場生涯中，值得書寫的還有一筆：獲得光緒皇帝的召見。光緒怎么知道張元濟呢？1898年6月11日，光緒頒布《明定國是詔》，宣布變法。兩天以后，翰林院侍讀學士徐致靖以“國是既定，用人宜先”，上奏折“密保維新救時之才……委以行新政而圖自強”。徐在《密保人才折》中推薦了五人：康有為、黃遵憲、譚嗣同、張元濟和梁啟超。他對張元濟的推薦語為：“刑部主事張元濟現(xiàn)充總理衙門章京，熟于治法，留心學校，辦事切實，勞苦不辭。在京師創(chuàng)設(shè)通藝學堂，集京官大員子弟講求實學，日見精詳。若使之肩任艱大，籌劃新政，必能勝任愉快，有所裨益?！惫饩w帝立即命康、張兩人于6月16日預備召見。1898年6月16日，天還沒亮，張元濟和榮祿、康有為以及兩位外省知府在西苑等待光緒召見。幾個人依次覲見，兩位知府和康有為出來后，光緒宣召張元濟。

屋里別無他人，唯君臣二人相對。作為一個職務(wù)不高的官員，張元濟的激動之情可以想見，直到晚年回想這件事，張元濟依然有知遇之感。

當時滇越邊境發(fā)生劃界的爭執(zhí)，光緒說，我們?nèi)绻扇巳ピ颇?，要兩個月才能走到；而外國人只要十天八天就可以到。中國道路不通，一切落后，什么都趕不上外國，怎么好和人家交涉呢？跪在殿下的張元濟面對思考著國家前途、憂心忡忡的皇帝，只能說一些寬慰的話。

這次召見的時間并不長，張元濟也沒有對變法有所建言，但是處境艱難的光緒給張元濟留下了深刻印象。此時因為光緒頒布了《明定國是詔》，帝后兩黨的矛盾日漸加深。張元濟雖不激進，卻也同情變法，算是維新運動的邊緣人物。他當時勸康有為到南方去辦學堂，培養(yǎng)一批新人才，另外也可以緩和緊張的局面，但被康有為拒絕。

維新運動只維持了百日就告失敗。9月21日，慈禧太后發(fā)動政變，囚禁光緒帝，捕殺維新派?？涤袨?、梁啟超逃亡海外，譚嗣同等六人被殺害。張元濟雖在外圍，也在新黨之列。有人勸他趕緊逃命，考慮再三，他選擇留下不走。在焦急的等待中，他跑去拜見李鴻章，天真地勸李鴻章對變法作些爭取，可能還有轉(zhuǎn)機。后來張元濟回憶，李鴻章聽罷，“瞠目視余者久之，默然無語”。

所幸，政變后的迫害沒有擴大化。政變引起了各國的關(guān)注，一時間謠言四起，英國領(lǐng)事表示要干預。清政府在國際輿論的壓力下不敢再有什么大的舉動，因此，張元濟終于沒有被抓捕。

雖然躲過一劫，但京官是當不成了，張元濟被“革職永不敘用”。從1892年入京會試，到1898年10月革職離京，將近七年，為官生涯戛然而止，讓他對清政府不再抱有幻想。以政治改革推動國家現(xiàn)代化的路斷了，以文化推動社會變革的想法依然存在張元濟的心中。性格寬厚的張元濟知道自己并不具備康梁改天換日的勇氣，于是決意避走上海，走一條文化啟蒙、知識救國的道路。