師生紛紛入會。甲種會員有李大釗、陳獨秀、許德珩、沈尹默、章士釗、馬寅初、羅家倫、胡適、王寵惠、張國燾、辜鴻銘等；乙種會員有蔡元培、范文瀾、傅斯年、錢玄同、周作人等；丙種會員則有梁漱溟、李石曾、張崧年、傅汝霖等。

1917年7月1日，早起的市民突然發(fā)現(xiàn)北京的大街小巷飄起大清國的龍旗。北大門口也圍滿了辮子兵，他們呵斥校役，要求在校園中掛上龍旗。

張勛率領(lǐng)六千辮子軍開進北京城，以調(diào)停黎元洪和段祺瑞的“府院之爭”為名義，上演了一出復(fù)辟鬧劇。

張勛勒令黎元洪三天內(nèi)解散國會。

面對急劇惡化的政局，原本正在潛心研究成立北大評議會的蔡元培，在第二天向總統(tǒng)黎元洪遞交辭呈，離開了北大。

蔡元培說：近日北京空氣之惡達以極點。

張勛復(fù)辟鬧劇12天之后即以失敗而告終。出走天津的蔡元培也回到了北大。蔡元培執(zhí)掌北大十年七次請辭，這是第一次。

國際時局此時也傳來好消息，1918年11月11日，第一次世界大戰(zhàn)以協(xié)約國的勝利告捷。作為戰(zhàn)勝國的中國，極有可能收回被德國搶占的膠東領(lǐng)土。北京大學(xué)師生在天安門前搭臺歡慶。在天安門的慶祝大會上，蔡元培激情發(fā)表了《黑暗與光明的消長》的演說。

12月1日，由北京政府外交總長陸徵祥率領(lǐng)的代表團踏上前往巴黎和會的旅程。

1919年3月18日，正當蔡元培開始密切關(guān)注巴黎和會的動態(tài)時，桐城派古文學(xué)家林琴南突然在《公言報》上發(fā)表致蔡元培的公開信，公開指責(zé)他“覆孔孟、鏟倫?！保氨M廢古書，行用土語為文字”，還發(fā)表諷刺小說，影射陳獨秀、胡適、錢玄同和蔡元培。鋒芒直指以北大為陣地?zé)崃议_展的白話文運動。

當天，蔡元培寫下《致〈公言報〉并答林琴南君函》，公開發(fā)表在《北京大學(xué)日刊》、《新潮》雜志及《公言報》上。在這封信中，他首次概括了自己辦北大的理想：

（一）對于學(xué)說，仿世界各大學(xué)通例，循“思想自由”原則，取兼容并包主義，無論有何種學(xué)派，茍其言之成理，持之有故，尚不達自然淘汰之運命者，雖彼此相反，而悉聽其自由發(fā)展……

（二）對于教員，以學(xué)詣為主。在校講授，以無背于第一種之主張為界限，其在校外之言動，悉聽自由。本校從不過問，亦不能代負責(zé)任。例如復(fù)辟主義，民國所排斥也，本校教員中，有拖長辮而持復(fù)辟論者，以其所授為英國文學(xué)，與政治無涉，則聽之；籌安會之發(fā)起人，清議所指為罪人者也，本校教員中有其人，以其所授為古代文學(xué)，與政治無涉，則聽之……

林琴南曾經(jīng)在京師大學(xué)堂擔任經(jīng)文教員，他對蔡元培上臺以后做的種種改革舉動頗有意見，他覺得蔡元培所做的工作是在顛覆傳統(tǒng)的孔教倫理，而新文化運動推行的白話文簡直就不是文字。對此，蔡元培卻認為任何東西都可以作為學(xué)術(shù)探討的對象，哪怕它只是民間的歌謠，民間的傳說。蔡元培曾說：“我素信學(xué)術(shù)上的派別，是相對的，不是絕對。所以每一種學(xué)科的教員，即使主張不同，若都是‘言之成理、持之有故’的，就讓他們并存，令學(xué)生有自由選擇的余地?！?/p>

他也不反對孔孟，當然一些激進的青年反對。作為大學(xué)校長，他認為既可以用尊孔者辜鴻銘，也可以用反孔者陳獨秀。拖著長辮的辜鴻銘不買胡適的賬，堅持舊文學(xué)的黃侃在課堂上大罵倡導(dǎo)新文學(xué)的師弟錢玄同有辱師門，但蔡元培絕無門戶之見。這么大的國家，學(xué)問必須是多元的，不這樣做是不行的，這個改革永遠完成不了。蔡元培在這點上為了貫徹自己辦學(xué)的方針，為了給北大創(chuàng)造一個自由的、寬松的知識的環(huán)境，他是不惜一切的。