5月18日，日本軍與當?shù)胤癜l(fā)生了第一次戰(zhàn)斗。5月22日，西鄉(xiāng)率領(lǐng)的1900人的后隊及給養(yǎng)運輸船抵達瑯嶠灣，登陸射寮。同日200名日兵進攻石門，與80余名原住民發(fā)生了雙方的第一次正面軍事沖突，牡丹社酋長父子戰(zhàn)死。隨后日本掃蕩了牡丹社等多個番社，并開始建兵營、修道路，造都督府，設(shè)醫(yī)院，修橋梁，筑道路，開荒屯田，作長久之計，并向番民分發(fā)“燒餅旗”?？傊痪湓挘翰蛔吡?。7月21日，侵臺日軍指揮官西鄉(xiāng)從道甚至宣布已經(jīng)降服各社生番，大有開化番民，長久控制的勢頭。

但是，日軍很快就遭遇了一個意料之外的強悍敵人，這個敵人就是大自然。

為了這次遠征，日本籌備了1000只雞、6萬個雞蛋、2300條鮭魚、60箱干鱈魚，還有大量的米、牛肉、咸魚、各類蔬菜。貌似準備充分?？墒侨毡井敃r并不具備遠程運輸?shù)谋ｕr技術(shù)，后勤安排是按照常規(guī)的三到五天的行程計劃的，而僅運往臺灣就要十天，且不說臺灣當?shù)氐难谉釟夂?。結(jié)果就是肉和蔬菜到了臺灣就腐爛生蛆，其他食物也發(fā)生了不同程度的變質(zhì)。食物中毒加上傳染病橫行，共同給侵略者制造了一個災難性的后果。

據(jù)參與是役的日本軍醫(yī)監(jiān)落合回憶，當時日本士兵“所嘗到的艱難辛苦，究非筆墨所能詳述。在這海南絕島瘴癘之地……糧食本不完備，又加上運輸困難，常為泥路及險惡的斜坡所阻，戰(zhàn)斗部隊因此為饑渴所困，不知有多少次。有時只能靠腐爛發(fā)著惡臭的飯團充饑……加之地勢炎熱如灼，設(shè)備又極簡陋，所謂帳營，也不過徒有其名，只是一塊天幕，有二三個月在其間煎熬，以致全軍都患痢疾，苦悶呻吟之聲，慘不忍聞”。甚至有五個病號因無法忍受，三人自縊，二人跳海。病情最嚴重的時候，西鄉(xiāng)本人跑了兩三次醫(yī)院，給他的勤務兵抓藥。其身先示范的作風固然能收斂軍心，但西鄉(xiāng)自己卻已經(jīng)意識到，再耗下去，日軍必然“自動瓦解”。據(jù)日軍戰(zhàn)后公布的數(shù)據(jù)，是役日軍死于戰(zhàn)事者僅12人，而死于疾病者則有550余名之多。

由于醫(yī)藥匱乏，到了9月末，病情已到了不可收拾的局面。日軍全軍幾乎無一人能幸免。疫情最糟糕的時候，一天中連死13人，有近一半的士兵已喪失吃飯的力氣。醫(yī)護人員自身也罹患了一樣的疾病倒臥在床。最后連服勞役的夫卒工作也只得雇傭附近的原住民協(xié)助。龜山分營的日本兵營連續(xù)兩次被颶風吹倒，一開始日軍還進行修復，但最后連修復的力氣也沒有了，竟任其傾倒在沙地上。同時，因為受到南海暴風肆虐的影響，糧食運輸船無法靠岸，造成嚴重的軍中缺糧現(xiàn)象。

士兵如此，那些本著“長治久安”的幻想來的移民們的境況更糟，“有從長崎來的商販，分別經(jīng)營屠牛店、蕎麥店、豆腐店等，試圖做軍隊的生意。剛開始的確門庭若市，但不到一個禮拜竟都罹患了惡疾，屠牛店、蕎麥店皆有人死去，其余的人也紛紛搭船離去?！弊詈筮B棺木店的老板也病死了，這一點尤其令日軍頭疼，因為日、清喪葬的方式不同，所以日軍只得選取簡單材料，自行打造棺木。