海防塞防的戰(zhàn)略大討論之后，清廷開始更加重視海軍建設(shè)，李鴻章也逐漸展開北洋海軍的建設(shè)工作。但中國面臨的國際形勢(shì)的惡化速度，遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過了海軍發(fā)展的速度。

籌建海軍十年來，除北洋海軍外，其余南洋、福建、廣東三支水師發(fā)展十分緩慢。而且觀念和思維嚴(yán)重滯后，清廷仍然用管理傳統(tǒng)水師的方法管理近代海軍，致使全國竟然沒有一個(gè)統(tǒng)一的海軍指揮機(jī)關(guān)，各地水師還是由當(dāng)?shù)囟綋峁茌?，各督撫都將水師看作自己的私產(chǎn)，別說是協(xié)同作戰(zhàn)，就是調(diào)遣都很難。

在“眾人皆醉”中，李鴻章是那個(gè)保持清醒頭腦的官員，他早已認(rèn)識(shí)到近代海軍裝備技術(shù)復(fù)雜，必須進(jìn)行高度統(tǒng)一的管理。所以在1884年2月中法馬江海戰(zhàn)的半年前，他就曾向總理衙門建議設(shè)立“海部”統(tǒng)管全國海軍，而當(dāng)時(shí)的總理衙門想在沿海七省專設(shè)一個(gè)“海防”衙門，由一個(gè)重臣來統(tǒng)籌。

“海部”和“海防”僅一字之差，但在李鴻章看來，區(qū)別可大了去了，他據(jù)理力爭自己的“海部”理念。他認(rèn)為當(dāng)時(shí)需要做的是直接在京城設(shè)立作為中央機(jī)關(guān)的“海部”，而不是另建一帶有地方色彩的“海防衙門”。以李鴻章的精明，他能不知道總理衙門用“海防”一詞而不用“海部”一詞，不過是想“踵其實(shí)而避其名”，避開朝廷中的反對(duì)派嗎？這些年來，建設(shè)地方性近代海軍已經(jīng)遭遇到強(qiáng)大阻力，現(xiàn)在提出要在“中樞”設(shè)立“海部”，頑固派的反對(duì)只會(huì)更大。但是李鴻章的過人之處就體現(xiàn)在敢于堅(jiān)持自己的觀點(diǎn)，在他看來，當(dāng)此外患嚴(yán)重之時(shí)，只有在首都設(shè)“海部”，才能長大清國威而滅敵人威風(fēng)，達(dá)到最好的救急效果。

李鴻章的這一主張直到半年后中國海軍遭遇了馬江慘敗，才得到真正實(shí)現(xiàn)的機(jī)會(huì)。李鴻章再一次發(fā)揮了他強(qiáng)大的勸說能量，在奏折中充分、全面地論述了建立全國性“海軍衙門”的理由。

從艦船、艦隊(duì)、造船、軍港、船塢、炮臺(tái)、學(xué)校等各個(gè)方面進(jìn)行介紹，簡直就是事無巨細(xì)，現(xiàn)在看來都不得不由衷地佩服李鴻章的學(xué)問，無愧為“近代化”的啟蒙者。在李鴻章的積極推動(dòng)下，1885年10月海軍衙門成立。

但是海軍衙門成立，給北洋海軍帶來的不是好運(yùn)，而是厄運(yùn)。之前，雖然北洋海軍軍費(fèi)也常常被慈禧太后挪用修圓明園，但是在李鴻章的苦心經(jīng)營下，北洋海軍還是得到了發(fā)展。

海軍衙門成立后，整個(gè)衙門簡直就成了老佛爺公款修園的小金庫，北洋海軍沒有再購買過或是制造過一只軍艦。到了1891年，海軍衙門干脆連掩耳盜鈴的姿態(tài)都不要了，不再為自己的挪用軍費(fèi)而遮遮蓋蓋，專門向清廷奏請(qǐng)將海防捐款用于圓明園修葺。戶部尚書翁同書本來就同李鴻章有點(diǎn)私人恩怨，這斷北洋海軍后路的活兒他還是愿意干的，于是爽快同意了海軍衙門的奏請(qǐng)，停止購買洋船洋炮。李鴻章除了氣得干瞪眼也沒有別的著數(shù)。

李鴻章心里的苦只有他自己知道，他平時(shí)這“化緣”、那耍耍小心眼，好不容易才湊夠778萬兩銀子購置到北洋艦隊(duì)中7艘主力戰(zhàn)艦就這么化為烏有，悲苦之情可想而知。

李鴻章費(fèi)心建立海軍衙門，本是為了構(gòu)建更加合理和現(xiàn)代化海軍指揮體制，沒想現(xiàn)實(shí)給他開了個(gè)大玩笑，這個(gè)理想最終淪為修建圓明園的財(cái)務(wù)處和工程隊(duì)，被挪去的海軍軍費(fèi)都可以再建兩支北洋艦隊(duì)了。