然而，大大出乎俄軍意料，這次格羅茲尼市內(nèi)堅守的車臣非法武裝抵抗頑強、戰(zhàn)術(shù)兇狠，俄軍數(shù)百人被俘，上千人陣亡，俄國防部長格拉喬夫的“速勝論”成為笑柄。

1995年3月初，俄軍全面攻打格羅茲尼。經(jīng)過六天的激烈戰(zhàn)斗，3月6日，600多名俄羅斯內(nèi)務(wù)部隊攻占了車臣非法武裝在格羅茲尼的最后一個據(jù)點——切爾諾列契耶后，由內(nèi)務(wù)部隊控制城內(nèi)局勢，俄軍主力則去攻打格羅茲尼外圍地區(qū)。

1995年6月14日，車臣非法武裝戰(zhàn)地指揮官巴薩耶夫帶領(lǐng)100名匪徒闖入斯塔夫羅波爾邊疆區(qū)的布杰諾夫斯克，扣押了1000多名人質(zhì)，要挾俄軍立即停止一切軍事行動并撤出車臣，否則將殺死全部人質(zhì)。經(jīng)過長時間艱苦的談判，葉利欽聯(lián)邦政府作出重大讓步，被迫同車臣武裝分子達成協(xié)議，基本上滿足了巴薩耶夫的要求，停止一切軍事行動，以此作為釋放人質(zhì)的條件。6月，巴薩耶夫帶領(lǐng)匪徒撤回車臣，人質(zhì)獲釋。

這場戰(zhàn)爭造成了重大的人員傷亡和財產(chǎn)損失。在這場戰(zhàn)爭中，俄軍共有4000多人陣亡、17萬人受傷、3000人下落不明。車臣方面損失10萬人，杜達耶夫也在俄軍的導(dǎo)彈襲擊中喪生。1996年8月31日，俄聯(lián)邦政府和車臣非法武裝在俄達吉斯坦共和國境內(nèi)的哈薩維尤爾特達成協(xié)議，規(guī)定將車臣地位問題擱置五年。歷時20個月的車臣戰(zhàn)爭以一紙“哈薩維尤爾特協(xié)定”而暫告結(jié)束，留守車臣的最后兩支聯(lián)邦部隊101旅和205旅于1997年初全部撤出。 

1997年1月，車臣舉行總統(tǒng)選舉，馬斯哈多夫當(dāng)選。同年5月，俄聯(lián)邦與車臣簽署和平與相互關(guān)系原則條約。但是，馬斯哈多夫仍然堅持車臣是“獨立國家”， 不僅拒不執(zhí)行和平協(xié)定，而且加緊分裂活動。杜達耶夫之后的車臣當(dāng)局一面利用和平協(xié)議，頻頻向聯(lián)邦索要財政調(diào)拔和能源，暗地里卻不斷縱容非法武裝騷擾毗鄰地區(qū)，制造各類恐怖事件，并積極爭取國外宗教組織和極端勢力的插手介入，變本加厲地從事分裂活動。

1999年，由車臣武裝叛匪頭目巴薩耶夫和國際恐怖分子哈塔普精心策劃的恐怖行動，一時間震驚了俄羅斯朝野。繼1998年俄總統(tǒng)駐車臣全權(quán)代表及連京·弗扭索夫在羅斯托夫被劫持、俄政府駐車臣副代表賽義多夫遭綁架并被殺害后，1999年3月5日，俄駐車臣主權(quán)代表根納季·什皮貢少將在格羅茲尼市機場再度被匪徒劫持。接著，車臣非法武裝分子數(shù)次進入毗鄰的達吉斯坦，搶占村莊，扶持當(dāng)?shù)乜植乐髁x分裂分子，試圖建立所謂的“神權(quán)政治國家”——大伊斯蘭共和國，之后又在莫斯科和俄羅斯南方的幾座城市，制造了居民樓爆炸案，致使幾百名無辜平民死于非命。