盧溝橋事變爆發(fā)后，日軍的轟炸機(jī)從北平一路轟炸到天津。日本動用戰(zhàn)機(jī)對南開大學(xué)周圍的國民革命軍第三十八師進(jìn)行狂轟濫炸，不僅三十八師傷亡慘重，南開大學(xué)也受到了日軍戰(zhàn)機(jī)的轟炸，南開大學(xué)的秀山堂和木齋圖書館都遭到了毀滅性的轟炸。日軍的軍車開進(jìn)南開大學(xué)校內(nèi)，對南開大學(xué)進(jìn)行了掃蕩。日本軍車上放滿了汽油，一把火就把南開大學(xué)的芝琴樓、思源堂、教授宿舍以及周圍的民房都燒沒了。南開大學(xué)在日軍的破壞下，成為一片廢墟。日本侵略者不僅對南開大學(xué)進(jìn)行了破壞，連南開中學(xué)和南開女中也不放過，隨后對這兩所學(xué)校進(jìn)行了輪番轟炸。

在南開大學(xué)被炸后，社會各界人士紛紛向張伯苓致電，其中包括文化教育界名流蔡元培、郭沫若、茅盾以及胡適等。他們紛紛表示，日寇在轟炸中摧毀的僅僅是有形的校舍，但絕不可能摧毀南開學(xué)生以及全國學(xué)生的抗日愛國之情。南開校舍被炸，營造了一股以學(xué)生為主的全民抗戰(zhàn)氛圍。蔣介石也以此事件作為凝聚社會人心的時機(jī)，他特地約請張伯苓等教育學(xué)家座談。張伯苓對蔣介石老淚縱橫地說：“南開大學(xué)被日軍燒毀了，這燒毀的不僅是有形的校舍，我?guī)资甑男难踩珰Я??！笔Y介石當(dāng)即安慰張伯苓說：“等國家打贏了仗，不要說再建一個南開大學(xué)，就是建十個南開大學(xué)我也愿意。”

1937年11月，蔣介石命令教育部給南開大學(xué)劃撥一定的補(bǔ)助經(jīng)費(fèi)，這一系列的補(bǔ)助經(jīng)費(fèi)使得南開大學(xué)挺過了最困難的時期，南開大學(xué)在復(fù)校后還得到了與國立大學(xué)同等的待遇。正是蔣介石對于高等教育的支持，才使得南開大學(xué)在危難中存活下來，南開大學(xué)后來的興起也離不開蔣介石的支持。