日本提出的條款令袁世凱大為光火，這實際上與將大半個中國割讓給日本無異，更令人氣憤的是，日本將軍艦開到渤海一帶，并增加了山東一帶的兵力，以武力要挾袁世凱同意“二十一條”。袁世凱深知以當時中國的實力，完全無法與日本進行正面軍事沖突，只好一邊與之談判，一邊命人在國內(nèi)通過各種渠道傳播日本的無理要求，國內(nèi)的反日輿論日益高漲。袁世凱說：“我國雖弱，茍侵及我主權(quán)，束縛我內(nèi)政，我必誓死力拒……”“應盡心竭力，能挽救一分，即收回一分之權(quán)利。”為了最大限度地挽回中國的利益，袁世凱在1915年2月2日到5月7日之間，先后與日本代表談判二十余次，他并且告知外交部，要嚴格執(zhí)行他的命令，盡最大努力爭取減少中國的損失。

5月9日，日本向袁世凱發(fā)出了最后通牒，經(jīng)過袁的努力，“二十一條”中，北洋政府只接受了第一至四號共十二條條款，這在當時北洋政府積貧積弱的情況下已經(jīng)很不容易了。

當天下午，袁世凱緊急召開會議，通報了簽訂條約的情況。

袁世凱懷著沉重的心情對與會要員說：“此次日人乘歐戰(zhàn)方殷，欺我積弱之時，提出苛刻條款……外交部恪守我的指示，堅拒到底，盡了最大之努力，避重就輕，已盡其職責……但以我目前之實力，尚難與日本兵戎相見，故權(quán)衡利害而至不得已接受日本之最后通牒。”

當時，黎元洪、徐世昌、各部總長都在現(xiàn)場，其中有人建議將5月9日定為國恥日，袁世凱則向各省下達密電，稱條約的簽訂是奇恥大辱，從此以后，臥薪嘗膽，十年之后“抬頭見日本”。

條約并沒有被如實執(zhí)行。比如聘用日本人當顧問一項，在袁世凱死后，有日本人回憶在偽滿擔任顧問期間的情況時說道：“我等名為顧問，實際上絕無人顧，絕無人問?！?/p>

條約簽訂之后，袁世凱作出了非常有遠見的決定。根據(jù)當時的憲法規(guī)定，總統(tǒng)的決定必須經(jīng)過參議院的同意，而“二十一條”始終沒有經(jīng)過參議院的審批，沒有審批就等于無效，在袁去世之后，中國人可以理直氣壯地拒絕承認這個條約。

袁世凱對與日本條約的抵制，使中國免于在一戰(zhàn)期間淪為日本殖民地的厄運。正如胡適所評價的那樣：“吾國此次對日交涉，可謂知己知彼，既知持重，又能有所不撓，能柔也能剛，此乃歷來外交史所未見。”