鄧小平等人接到信后，一致贊同陳云的意見(jiàn)。

鄧小平當(dāng)即批示：“贊成?！?/p>

李先念批示：“同意?！?/p>

胡耀邦則指示中紀(jì)委：立即展開(kāi)對(duì)潘案的復(fù)查。

此后，潘漢年一案進(jìn)入正式直接由中紀(jì)委接手復(fù)查的階段。陳云提議直接交由中紀(jì)委來(lái)辦，表明潘案的分量不同尋常，同時(shí)也反映了陳云本人對(duì)為潘漢年平反問(wèn)題的高度重視。

按照中央的指示，中紀(jì)委在陳云的親自領(lǐng)導(dǎo)下，迅速組織對(duì)潘漢年案件進(jìn)行復(fù)查。幾十年的沉冤，查起來(lái)困難重重。中紀(jì)委的工作需要排除種種干擾，做出多方努力。這點(diǎn)陳云早就預(yù)料到了。他在給鄧小平等人寫信之前，曾在2月對(duì)中紀(jì)委第三次全會(huì)講過(guò)三點(diǎn)意見(jiàn)：第一，紀(jì)委工作是要做的。第二，紀(jì)委工作是有困難的。第三，我們做了工作以后，如果有人指手畫腳，或者有些什么意見(jiàn)，對(duì)紀(jì)委有些什么批評(píng)的話，可以不計(jì)較它。我們做得對(duì)，他指責(zé)得不對(duì)的，可以不管它；如果他們的意見(jiàn)是對(duì)的，我們應(yīng)該考慮。

就在潘漢年案復(fù)查過(guò)程中，中共中央黨史資料征集委員會(huì)于1981年11月8日在北京召開(kāi)了“中央特科”黨史專題座談會(huì)，邀請(qǐng)?jiān)鴧⒓舆^(guò)“中央特科”工作且尚在的老干部以及有關(guān)部門的負(fù)責(zé)人，就當(dāng)時(shí)“中央特科”的工作進(jìn)行座談。作為“中央特科”的老領(lǐng)導(dǎo)，陳云聽(tīng)說(shuō)這件事后，立即在人民大會(huì)堂福建廳接見(jiàn)了參加會(huì)議的代表。參加會(huì)議的一些老人，陳云以前就認(rèn)識(shí)，見(jiàn)到這些隱蔽戰(zhàn)線上出生入死的老戰(zhàn)友，陳云十分興奮，一一同他們握手問(wèn)好。談話中，陳云講起了特科的一些情況，并高度評(píng)價(jià)了周恩來(lái)直接領(lǐng)導(dǎo)下的中央特科在黨的歷史上發(fā)揮的重要作用。

講到特種歷史上那些知名的或不知名的人物，陳云提到了潘漢年：“特科出過(guò)若干個(gè)有名的或者黨內(nèi)大多數(shù)人不知名的有功績(jī)的同志，也出過(guò)一個(gè)大叛徒顧順章。1931年顧順章叛變后，我是特科主任。1932年我去搞工會(huì)工作，康生接任?？瞪吆笫桥藵h年負(fù)責(zé)?？瞪鲞^(guò)若干工作，但他在延安搞搶救運(yùn)動(dòng)是錯(cuò)誤的，‘文化大革命’中又與林彪、‘四人幫’搞在一起，整了一大批高級(jí)干部……”

在提到潘漢年案件時(shí)，陳云不容置疑地說(shuō)：“潘漢年的案件，中央紀(jì)律檢查委員會(huì)正在為他平反。我相信他必將恢復(fù)名譽(yù)?！?/p>

有陳云這句話，有中紀(jì)委出面復(fù)查，大家放心了。因?yàn)槟芊裾_處理潘漢年問(wèn)題，不僅關(guān)乎潘漢年本人，而且關(guān)乎整個(gè)隱蔽戰(zhàn)線一大批忠誠(chéng)的共產(chǎn)黨員的歷史功績(jī)。

歷史進(jìn)入1982年夏秋之際，中共第十二次全國(guó)代表大會(huì)即將召開(kāi)，潘漢年的案子也終于水落石出。經(jīng)過(guò)中紀(jì)委艱苦細(xì)致的復(fù)查，確鑿的證據(jù)表明：“在長(zhǎng)期革命斗爭(zhēng)中，他忠實(shí)執(zhí)行并多次出色地完成黨交給的任務(wù)，對(duì)黨的文化工作、統(tǒng)一戰(zhàn)線工作，特別是在開(kāi)展對(duì)敵隱蔽斗爭(zhēng)方面，曾經(jīng)做出了重要貢獻(xiàn)，是有很大功勞的?！薄芭藵h年同志是一貫忠實(shí)于革命的好同志，絕不是‘長(zhǎng)期暗藏在中國(guó)共產(chǎn)黨和政府機(jī)關(guān)內(nèi)部的內(nèi)奸分子’?！敝屑o(jì)委提出：原來(lái)認(rèn)定潘漢年是“內(nèi)奸”的結(jié)論都不能成立，應(yīng)予否定。

中共中央接到中紀(jì)委的復(fù)查報(bào)告后，于8月23日發(fā)出了《關(guān)于為潘漢年同志平反昭雪、恢復(fù)名譽(yù)的通知》，肯定了潘漢年的歷史功績(jī)，并向全黨公開(kāi)宣布：撤銷黨內(nèi)對(duì)潘漢年的原審查結(jié)論，并提請(qǐng)最高人民法院依法撤銷原判，為潘漢年平反昭雪，恢復(fù)黨籍，追認(rèn)潘漢年的歷史功績(jī)，公開(kāi)為他恢復(fù)名譽(yù)。凡因潘案而受牽連被錯(cuò)誤處理的同志，由有關(guān)機(jī)關(guān)實(shí)事求是地進(jìn)行復(fù)查，定性錯(cuò)了的應(yīng)予平反，并切實(shí)處理好他們的政治待遇、工作安排和生活困難等善后問(wèn)題。