抗戰(zhàn)期間，潘漢年被任命為第十八集團(tuán)軍駐滬辦事處主任。他在香港、上海、南京等地周旋于日、偽、頑之間，領(lǐng)導(dǎo)地下黨多次取得重要戰(zhàn)略情報(bào)，還在敵戰(zhàn)區(qū)與解放區(qū)之間建立了極為重要的地下交通線(xiàn)。解放戰(zhàn)爭(zhēng)中，為籌備召開(kāi)新的政治協(xié)商會(huì)議，需要組織大批民主黨派領(lǐng)導(dǎo)人、工商業(yè)家、文化界人士，從西南、西北、華中、上海等地秘密轉(zhuǎn)到香港，再租船把他們送往解放區(qū)。夏衍后來(lái)說(shuō)過(guò)：“這件事，用現(xiàn)在的話(huà)說(shuō)，完全是由漢年同志‘牽頭’的，事無(wú)巨細(xì)，從要到華北去參加新政協(xié)的人士們從內(nèi)地到香港起，歡迎、宴請(qǐng)、商談、幫助他們安頓家務(wù)，一直到妥善地送他們上船為止，他無(wú)時(shí)無(wú)刻不為這些事操心?！痹趪?guó)共兩黨分裂、合作、再分裂的過(guò)程中，在“你中有我，我中有你”之類(lèi)的斗爭(zhēng)中，潘漢年長(zhǎng)期處于特定的環(huán)境下，站在最前沿的陣地上，忠心耿耿地為黨工作了幾十年。

在黨內(nèi)，由于工作關(guān)系，陳云是與潘漢年最熟悉的領(lǐng)導(dǎo)人之一，也是最了解潘漢年的人之一。要論對(duì)黨忠誠(chéng)，陳云深知，潘漢年絕對(duì)稱(chēng)得上“絕無(wú)二心”。然而，由于歷史的復(fù)雜性，進(jìn)入和平時(shí)期，潘漢年的歷史軌跡被人為地扭曲了。

新中國(guó)成立后，潘漢年留在了他熟悉的上海工作，先后擔(dān)任中共上海市委第三書(shū)記、第一副市長(zhǎng)等職。到了1955年，厄運(yùn)降臨到潘漢年頭上。這年，中國(guó)大陸反對(duì)美蔣“共同防御條約”的熱潮一浪高過(guò)一浪，與臺(tái)灣敵對(duì)勢(shì)力的斗爭(zhēng)也進(jìn)一步升級(jí)。潘漢年作為反特前輩、上海市的重要領(lǐng)導(dǎo)人，在公眾面前露了幾次面以后，卻突然以反面人物的形象在中國(guó)的政治舞臺(tái)上消失了……

1955年1月初，潘漢年以中共上海市委第三書(shū)記的身份，在上海市各界代表集會(huì)上，號(hào)召大家以實(shí)際行動(dòng)粉碎美蔣“共同防御條約”。他鄭重提出：“上海處在解放臺(tái)灣斗爭(zhēng)的前線(xiàn)，因此，上海人民在解放臺(tái)灣的斗爭(zhēng)中，負(fù)有重大的責(zé)任。”

1955年2月12日，潘漢年在上海市第一屆人民代表大會(huì)第二次會(huì)議上，當(dāng)選為上海市第一副市長(zhǎng)，陳毅當(dāng)選為上海市市長(zhǎng)。第二天，潘漢年以上海市中蘇友好協(xié)會(huì)副會(huì)長(zhǎng)身份在慶祝中蘇友好同盟互助條約簽訂五周年大會(huì)上做報(bào)告，他提出號(hào)召，要人們“堅(jiān)決完成我國(guó)第一個(gè)五年計(jì)劃第三年的巨大任務(wù)，以實(shí)際行動(dòng)支持解放臺(tái)灣的正義斗爭(zhēng)，粉碎美帝國(guó)主義的侵略計(jì)劃和戰(zhàn)爭(zhēng)政策，保衛(wèi)遠(yuǎn)東和世界和平?！?/p>

1955年3月15日，潘漢年以副市長(zhǎng)身份在上海中蘇友好大廈，主持了“蘇聯(lián)經(jīng)濟(jì)及文化建設(shè)成就展覽會(huì)”開(kāi)幕式。開(kāi)幕式上，他仍提出，上海人民要以實(shí)際行動(dòng)響應(yīng)毛主席的號(hào)召，來(lái)進(jìn)一步鞏固中蘇兩國(guó)的偉大友誼，為支援人民解放軍解放臺(tái)灣、保衛(wèi)世界和平、反對(duì)美國(guó)侵略而奮斗，為把我們的祖國(guó)建設(shè)成為一個(gè)偉大的社會(huì)主義國(guó)家而奮斗。

“問(wèn)題”出在4月。

1955年4月初，潘漢年在全國(guó)性的黨代表會(huì)議期間，以他對(duì)黨的坦誠(chéng)，主動(dòng)向黨組織交代了他在抗戰(zhàn)期間的一次經(jīng)歷：一次去敵占區(qū)工作時(shí)，被人挾持到南京，會(huì)見(jiàn)了汪精衛(wèi)。沒(méi)想到的是，潘漢年的坦誠(chéng)，成了他被打成“內(nèi)奸”的導(dǎo)火線(xiàn)。

本來(lái)是在特殊斗爭(zhēng)環(huán)境中發(fā)生的一件歷史陳案，又是潘漢年自己主動(dòng)交代的，按黨的原則不應(yīng)成其為“問(wèn)題”。但是，在那種特殊的年代，特殊的背景下，潘漢年作為長(zhǎng)期在復(fù)雜的隱蔽戰(zhàn)線(xiàn)工作的高級(jí)干部，被放到了黨內(nèi)肅反工作中去考查。很快被懷疑為“內(nèi)奸”遭到逮捕。

當(dāng)年7月，就在全國(guó)人大常委會(huì)宣布潘漢年因?yàn)橐呀?jīng)發(fā)現(xiàn)“有進(jìn)行反革命活動(dòng)的證據(jù)”而被逮捕審判后，有的不明真相的代表在全國(guó)人大一屆二次會(huì)議期間提出：要求大會(huì)建議政府對(duì)“反黨反人民”的潘漢年等人“予以嚴(yán)厲懲處”。不明真相的“人民代表”，居然將昔日的人民功臣當(dāng)成了“隱藏在人民內(nèi)部的反革命分子”。