作為哲學(xué)系教授和文學(xué)院長，馮友蘭是西南聯(lián)大各項(xiàng)事務(wù)的重要參與者和引領(lǐng)者。國難當(dāng)頭之際，全校師生和衷共濟(jì)，共克時(shí)艱，用他們的堅(jiān)定信念和赤子之心，創(chuàng)造了中國甚至是世界教育史上的一個(gè)奇跡。

馮友蘭曾說過：“不有居者，誰守社稷？不有行者，誰捍牧圉？”他認(rèn)為，世界諸事各有分工，人應(yīng)該在自己的領(lǐng)域盡職盡責(zé)，“努力做其應(yīng)有之事”。

西南聯(lián)大時(shí)期，學(xué)校師生的生活相當(dāng)艱苦，在馮友蘭的《自述》中，有這么一段描述：“聯(lián)大文學(xué)院就設(shè)在海關(guān)衙門里面……那座海關(guān)衙門久不住人，雜草叢生，好像一座廢園，其中蛇類很多。有一位同事，晚上看見墻上有條大裂縫，拿燈一照，原來是一條大蟒倒掛下來。”聯(lián)大師生在荒草叢生、蟲蛇出沒的環(huán)境中教學(xué)，其艱苦情形可想而知。

然而，困難遠(yuǎn)遠(yuǎn)不止這些，根據(jù)馮友蘭小女兒宗璞女士回憶：“1942年以前，昆明常有空襲，跑警報(bào)是家常便飯，是每天必修之課。師生們躲警報(bào)跑到郊外，在亂墳堆中照常上課?！痹诿褡逦Ｍ鲋H，國家殘壞，生靈涂炭，讓人不能不奮發(fā)，雖然上有敵機(jī)轟炸，下有貧困煎熬，師生們?nèi)匀灰圆磺粨系膱?jiān)強(qiáng)毅力，拼命地教，玩命地學(xué)，努力做著自己該做的事。作為老師，為了激勵(lì)學(xué)生，馮友蘭甚至站在彈坑里為大家上課。聯(lián)大師生不僅在教學(xué)上“努力做其應(yīng)有之事”，根據(jù)聯(lián)大校史記載，聯(lián)大先后有八百多名學(xué)生參加了抗日，這在聯(lián)大畢業(yè)的三千名學(xué)生中，是一個(gè)相當(dāng)大的比例。面對(duì)國家危亡，青年學(xué)子們以滿腔熱血，投筆從戎，為祖國和人民奉獻(xiàn)著鮮血和生命。

被旅美歷史學(xué)者何秉棣稱為“得力之人”的馮友蘭，自1938年起擔(dān)任文學(xué)院長，積極參與學(xué)校的領(lǐng)導(dǎo)工作，是西南聯(lián)大決策管理層的最重要成員之一。

1942年，教育部訓(xùn)令統(tǒng)一全國教材和考試，要求聯(lián)大按照統(tǒng)一核定的課程教學(xué)。為了維護(hù)自由的教學(xué)環(huán)境，聯(lián)大教務(wù)會(huì)致函教務(wù)委員會(huì)加以駁斥，該函即是由馮友蘭執(zhí)筆。函中，他慷慨鋪陳五大理由，說明訓(xùn)令的不可理解，指出大學(xué)不可千篇一律，只有包羅萬象、推陳出新，方能促進(jìn)學(xué)術(shù)的進(jìn)步。同時(shí)，馮友蘭以孫中山先生的權(quán)能分立說，駁斥教育部的權(quán)責(zé)不分，他說：“教部為最高教育行政機(jī)關(guān)，大學(xué)為最高教育學(xué)術(shù)機(jī)關(guān)，教部可視大學(xué)研究教學(xué)之成績，以為賞罰殿最。但如何研究教學(xué)，則宜予大學(xué)以回旋之自由。律以孫中山先生權(quán)、能分立之說，則教育部為有權(quán)者，大學(xué)為有能者，權(quán)、能分職，事乃以治。今教育部之設(shè)施，將使權(quán)能不分，責(zé)任不明?！弊詈螅掍h一轉(zhuǎn)，由慷慨陳詞的斗士變?yōu)樯平馊艘獾闹娜耍麖慕逃康慕嵌日f：“然全國公私立大學(xué)之程度不齊，教部訓(xùn)令或系專為比較落后之大學(xué)而發(fā)，欲為之樹一標(biāo)準(zhǔn)，以便策其上進(jìn)，別有苦心，亦可共諒，若果如此，可否由校呈請(qǐng)將本校作為第……號(hào)等訓(xùn)令之例外？”

在這一開一闔中，體現(xiàn)的是他為學(xué)校爭取學(xué)術(shù)自由的高度智慧和責(zé)任心。最終，西南聯(lián)大在這場斗爭中取得了勝利，它沒有被教育部的訓(xùn)令所牢籠，繼續(xù)堅(jiān)持著兼容并包的學(xué)術(shù)氛圍。