1948年12月21日，梅貽琦乘飛機(jī)由北平去南京，后經(jīng)上海、廣州、香港，轉(zhuǎn)道巴黎，于1950年到了美國。這其中還發(fā)生了一些花絮。據(jù)張其鈞在《臨難不茍的梅先生》一文中記述道：12月17日，南京首先派來的是專接胡適等人的飛機(jī)，名單中沒有梅貽琦，有人得知后，高興地勸他也爭取搭乘這架飛機(jī)飛走，但當(dāng)梅貽琦弄清楚搭乘這架飛機(jī)的名單中并沒有他時，他竟無動于衷，一如平日和緩低沉的聲調(diào)說他不準(zhǔn)備去，雖經(jīng)一再告以時局緊急，錯過這架飛機(jī)可能不會再有機(jī)會了，但他始終若無其事地拒絕了這個建議。后來南京國民政府派來專門接包括他在內(nèi)的諸教授的飛機(jī)到達(dá)，他才把一切事安排妥當(dāng)后，從容不迫地提著一架打字機(jī)，拿著兩本書走上了飛機(jī)。

12月22日國民政府要梅貽琦出任教育部長，梅堅(jiān)辭。據(jù)當(dāng)時一起同行的張其鈞教授回憶，梅貽琦在清華同學(xué)會上沉痛地表示：他身為清華校長，把清華棄置“危城”，只身南來，深感慚愧，怎好跑出來做官？“生斯長斯，吾愛吾廬?！泵焚O琦用這八個字概述了他與清華的血緣之親，也表達(dá)了他對清華的摯愛。

1949年后梅貽琦在美負(fù)責(zé)管理清華基金。葉公超每到紐約都去看他，勸他回臺，把清華的這筆錢用到臺灣。梅貽琦每次都說：“我一定來，不過我對清華的錢，總要想出更好的用法來我才回去?！币蛎焚O琦不愿用這筆錢拿到臺灣蓋大樓、裝潢門面，他想用在科學(xué)研究上，臺灣有人罵他“守財奴”，他也不在乎。1955年，梅貽琦終于找到“更好的用法”，他定居臺灣后，把這筆款子用在了籌建清華原子科學(xué)研究所上，進(jìn)行自然科學(xué)與和平利用原子能的研究。梅貽琦生前始終不同意將研究所改稱為“清華大學(xué)”，他說：“真正的清華在北平?！?/p>

梅貽琦晚年因患骨癌住院，在他病重的時候，胡適曾勸梅貽琦立一份遺囑，梅貽琦聽后顯得有些不高興，胡適把此事告訴韓詠華，韓于是又請梅貽寶去勸勸兄長，因?yàn)槊焚O琦平時最聽這個兄弟的話，但梅貽寶說后，梅貽琦依舊毫無反應(yīng)。1962年3月，與梅貽琦同住在臺大醫(yī)院的胡適去世，這對病中的梅貽琦是個沉重的打擊，5月19日，梅貽琦病逝于臺北。

梅貽琦去世后，秘書將他病中一直帶在身邊的一個手提包封存，兩個星期后，在各方人士在場的情況下打開一看，里面原來是清華基金的歷年賬目，一筆一筆，分毫不爽，在場者無不為之動容。梅貽琦死后無任何遺產(chǎn)，連住院費(fèi)、喪葬費(fèi)都是由清華校友們捐助償還的，所以校友們稱贊他“是儉，不是吝，為公家辦事是要錢花得經(jīng)濟(jì)、有效、持久，不是舍不得花。如此，是積極的儉，才夠上德”?！八颇感资?，雖然清華基金雄厚，竟不茍取分文，在貪污成風(fēng)的社會，竟能高潔清廉到這樣的地步，真是圣人的行為。只這一點(diǎn)，已足為萬世師表?！泵焚O琦夫人韓詠華和其弟梅貽寶也才明白了梅貽琦不愿立遺囑的用意：既然沒有遺產(chǎn)，當(dāng)然也就不用立遺囑。

梅貽琦去世后，清華原子科學(xué)研究所始改稱臺灣新竹“清華大學(xué)”，學(xué)校為梅貽琦在校內(nèi)修建了墓園，取名梅園，里面遍植梅樹，芳香飄溢，而一年一度的祭“梅”活動，已經(jīng)成為臺灣新竹“清華大學(xué)”師生不變的傳統(tǒng)，那是對梅貽琦永遠(yuǎn)的紀(jì)念。

臺灣新竹“清華大學(xué)”內(nèi)的梅貽琦墓園：梅園