然而，更大規(guī)模的殺戮，接踵而來(lái)。四月十三日清晨，程學(xué)啟率三營(yíng)及水師，由大河直抵正義鎮(zhèn)。昆山西面是陽(yáng)澄湖，北面為巴城湖，南面為青陽(yáng)江，通往蘇州，只有正義鎮(zhèn)一條旱路。李鴻章判斷：“我軍必先據(jù)其后路要隘，使城賊膽落，則破之必矣。且破城后，不致一名漏網(wǎng)。”因此，程學(xué)啟以重兵奪取這個(gè)通道，目的就是要把昆山的太平軍一網(wǎng)打盡，趕盡殺絕。

為了把正義鎮(zhèn)牢牢掌握，淮軍出動(dòng)了三個(gè)營(yíng)、常勝軍兩百多人攜帶多門火炮，加上水師的多條戰(zhàn)船。中開(kāi)營(yíng)洋槍隊(duì)居中策應(yīng)，各營(yíng)分路進(jìn)擊。一顆一顆炮彈準(zhǔn)確地落在太平軍營(yíng)壘上，騰起團(tuán)團(tuán)塵土。槍彈橫飛，喊聲震天?；窜姲l(fā)起一波一波連續(xù)的沖鋒，終于攻陷了太平軍營(yíng)壘，消滅了兩三千守軍。常勝軍會(huì)合水陸各軍，銜尾追擊，一路又殺了三四百人。

正義鎮(zhèn)失守，令昆山城內(nèi)的太平軍感到絕望了，他們集結(jié)了最后的精銳部隊(duì)，試圖突破重圍。城門一開(kāi)，洶涌而出。李鴻章記敘：“（慕王譚紹光）退無(wú)所歸，復(fù)率三四萬(wàn)賊直撲我營(yíng)，當(dāng)督諸軍前往抵御，各水師亦開(kāi)炮夾擊，擒斬二三千名，賊乃奔潰，我軍乘勝逐北，斃賊尤眾，余匪敗回昆城。”昆山太平軍士氣至此已趨于瓦解，郭松林僅以一支四百人的小隊(duì)，就俘虜了三千多太平軍，并押解到上海。

淮軍各路會(huì)合，把昆山圍得水泄不通。黃昏，太平軍組織第二次突圍，從小西門沖出。李鴻章以令人驚悚的筆觸，描寫了戰(zhàn)爭(zhēng)史上殘酷的一幕：

果見(jiàn)慕逆等糾合大股由小西門一路拼死猛撲，意在奪路狂奔。因排列洋槍迎擊，我伏兵四起，呼聲震天，水師炮船連環(huán)轟打，賊不能支，紛紛回竄，自督洋槍突入賊隊(duì)，郭松林左右沖突，斬殺傷斃者不可數(shù)計(jì)，兩岸積尸數(shù)尺，河水為之不流……槍船由水關(guān)潛進(jìn)，劉士奇等各架云梯，蟻附而上，遂于十四日卯刻將昆山、新陽(yáng)兩縣克復(fù)。其守城各逆無(wú)路奔逃，盡行剿滅。計(jì)一日一夜生擒悍賊七千余人，轟斃斬?cái)蓝f(wàn)人，落水死者無(wú)算。

李鴻章給曾國(guó)藩的信中，報(bào)告戰(zhàn)況，也寫得十分駭人：“昆新克復(fù)，查得踞賊與援賊擒殺淹斃，實(shí)有二三萬(wàn)人，千汊百港，漂尸浮油?！彼麑懡o左宗棠的信，也掩飾不住得意：“昆新于四月十四日克復(fù)，程鎮(zhèn)學(xué)啟先督軍扼斷正義、唯亭去路，遂將偽慕、凜王兩大股屠戮殆盡，漂尸約三萬(wàn)余，稍快人意。”