大會討論《中國國民黨總章》時，圍繞著通過黨內(nèi)合作方式實現(xiàn)國共合作的關(guān)鍵問題展開了尖銳的斗爭。右派分子把阻撓國共合作的破壞活動帶到大會上，提出“本黨章程應(yīng)規(guī)定不許黨內(nèi)有黨，黨員不許跨黨”。李大釗當(dāng)即批駁右派分子的叫囂，他在發(fā)言和散發(fā)的《意見書》中義正詞嚴(yán)地宣稱：“我們參加本黨而兼跨固有的黨籍，是光明正大的行為，不是陰謀鬼祟的舉動。”因為“我等之加入本黨，是為有所貢獻(xiàn)于國民革命的事業(yè)而來的”。對于共產(chǎn)黨員加入國民黨的“猜疑防制，實為本黨發(fā)展前途的障礙，斷斷乎不可不于本黨改造之日明揭而掃除之”。國民黨左派廖仲愷等贊同共產(chǎn)黨人的意見，堅持了孫中山的聯(lián)共方針，指出“想要打倒帝國主義，非與共產(chǎn)黨親善不可”。強調(diào)了共產(chǎn)黨員加入國民黨的重要意義——“此次彼等之加入是本黨一個新生命……是與我們同作國民革命工夫的。”《北京代表李大釗意見書》。大會最后表決，同意共產(chǎn)黨員和社會主義青年團(tuán)員以個人資格加入國民黨。共產(chǎn)黨人同國民黨左派并肩戰(zhàn)斗，挫敗了國民黨右派分子的卑鄙伎倆。中國國民黨由此獲得新生，從一個“非民權(quán)的集中制”的、“黨員不奮斗”的、“缺乏紀(jì)律，不能收一致行動之效”的松散組織，改造成為“實行民權(quán)的權(quán)力集中，以為團(tuán)體奮斗”的、“黨律既嚴(yán)”的革命政黨《中國國民黨第一次全國代表大會紀(jì)事錄》。。中國國民黨的面貌為之一新，成為工人、農(nóng)民、小資產(chǎn)階級和民族資產(chǎn)階級的聯(lián)盟形式。

大會選舉了中央執(zhí)行委員和中央監(jiān)察委員，組成新的中央領(lǐng)導(dǎo)機構(gòu)。國民黨左派廖仲愷等和共產(chǎn)黨人李大釗、毛澤東、譚平山、瞿秋白、林祖涵等被選為中央執(zhí)委或候補執(zhí)委。中央監(jiān)委的不少名額則為右派分子占據(jù)。在中央執(zhí)委、監(jiān)委首次全體會議上，組建了中國國民黨中央黨部。譚平山、林祖涵分任組織部長、農(nóng)民部長，毛澤東任代理宣傳部長。會議還決定在上海、北京、漢口等特別區(qū)成立執(zhí)行部，指導(dǎo)和監(jiān)督當(dāng)?shù)攸h務(wù)。中央黨部下設(shè)省、市、縣、區(qū)和海外黨部、特別黨部，而以區(qū)分部為基層組織。由于中央領(lǐng)導(dǎo)機構(gòu)注入了新血液，黨的健全體制基本確立。因而使得中國國民黨獲得了前所未有的、健康的發(fā)展。

中國國民黨第一次全國代表大會的勝利召開，是孫中山和他的戰(zhàn)友們忠實于愛國主義、民主主義以及與時俱進(jìn)的結(jié)果，也是中國共產(chǎn)黨和國際無產(chǎn)階級積極幫助、支持的結(jié)果，又是對國民黨右派分子進(jìn)行斗爭的結(jié)果。大會取得了巨大成果，以至具有歷史里程碑的意義——既是國共合作正式形成的標(biāo)志，又是國民革命走向高潮的起點。