與國(guó)民黨的遲疑不決態(tài)度形成鮮明對(duì)照，袁世凱卻緊鑼密鼓地進(jìn)行反革命軍事部署。5月上旬，袁世凱下令“除暴安良”，公開向國(guó)民黨挑戰(zhàn)，準(zhǔn)備拉開戰(zhàn)幕。旋又“傳語國(guó)民黨人”，辱罵孫中山、黃興等“除搗亂外無本領(lǐng)”，宣稱：不能“聽人搗亂”——“彼等若敢另行組織政府，我即舉兵討伐之。”白蕉：《袁世凱與中華民國(guó)》，第49~50頁，上海人文月刊社1936年版。6月，袁世凱以國(guó)民黨人李烈鈞、胡漢民和柏文蔚反對(duì)借款、違抗中央為借口，先后免除了三人分別擔(dān)任的贛、粵、皖都督的職務(wù)，公然向國(guó)民黨發(fā)動(dòng)進(jìn)攻。然而，甚至在袁世凱舉起屠刀的緊要關(guān)頭，國(guó)民黨仍然沒有作出及時(shí)的、必要的反應(yīng)，依舊意見紛紜。黃興、胡漢民等繼續(xù)期待“法律解決”。汪精衛(wèi)則希冀同親袁的進(jìn)步黨聯(lián)合實(shí)行“法律倒袁”。不少國(guó)民黨籍的議員熱衷議會(huì)斗爭(zhēng)。正如孫中山所痛心指出：“靜山觀望于八閩，組安反復(fù)于三湘，介人復(fù)盤踞兩浙。”等而下之，閻錫山、陸榮廷更與袁世凱相勾結(jié)。孫中山處于相當(dāng)孤立和十分困難的境地，雖然他從未松懈片刻。為了促使廣東這個(gè)革命黨人經(jīng)營(yíng)多年的基地投入反袁斗爭(zhēng)，孫中山不得不親赴港澳，在軍艦上與陳炯明會(huì)談，促使他同意“四省獨(dú)立，廣東同時(shí)宣布”張醁村：《辛亥革命前后同盟會(huì)領(lǐng)導(dǎo)人物的政治分歧及其分裂》，見《廣東辛亥革命史料》，第365頁；《民生日?qǐng)?bào)》1913年6月26日。。直到7月12日，李烈鈞才在袁軍兩路進(jìn)逼下于湖口獨(dú)立，組織討袁軍攻擊李純部，“二次革命”由此爆發(fā)。孫中山在上海發(fā)布通電，譴責(zé)袁世凱的“違法”行徑，表示“東南人民迫不得已，以武力濟(jì)法律之窮”《總理全集》下冊(cè)，《文電》，第63~64頁。。至此，有關(guān)省市陸續(xù)響應(yīng)。黃興親自在南京發(fā)難，自任江蘇討袁軍總司令。上海宣布獨(dú)立，陳其美指揮的討袁軍圍攻制造局。柏文蔚在安徽宣布獨(dú)立，組織起討袁的武裝力量。廣東、福建、湖南三省，也相繼宣布獨(dú)立。8月上旬，重慶宣布獨(dú)立。繼之而起的則是何海鳴兩次在南京宣布獨(dú)立。反袁武裝起義的發(fā)難過程比較倉促，自始至終不過一個(gè)月。但是，獨(dú)立的地區(qū)偏于東南一隅，加以各省內(nèi)部情況復(fù)雜，普遍缺乏戰(zhàn)斗力和堅(jiān)持性。斗爭(zhēng)未能形成巨大聲勢(shì)，當(dāng)然難以取得重大戰(zhàn)果。在袁世凱軍事、政治的壓力下，只有熊克武領(lǐng)導(dǎo)的重慶獨(dú)立持續(xù)到9月12日。這個(gè)日期，也就成為“二次革命”的終點(diǎn)。

在此之前，孫中山有鑒于形勢(shì)的惡化，加以朱執(zhí)信、胡漢民多次促請(qǐng)返粵，乃于8月上旬離開上海。船過福州馬尾時(shí)，得悉“廣東事已不可為”，于是經(jīng)臺(tái)灣赴日，中旬抵達(dá)東京。民國(guó)的締造者竟為竊國(guó)大盜所通緝，再度流亡異域。

“二次革命”具有不容忽視的政治意義，它顯然是辛亥革命的繼續(xù)。希冀“以和平收革命之功”，畢竟只能是無法實(shí)現(xiàn)的良好愿望。南京臨時(shí)政府預(yù)擬的北伐計(jì)劃和方案，實(shí)際上由“二次革命”來承擔(dān)。這場(chǎng)針鋒相對(duì)的“武裝革命”，徹底暴露了袁世凱的兩面派嘴臉——“服膺共和”是假，稱帝竊國(guó)是真。促使革命黨人與廣大群眾清醒和覺悟起來，并以鮮血和生命換得的深刻教訓(xùn)昭示孫中山和他的戰(zhàn)友，迫使他們思索和奮進(jìn)，激勵(lì)他們展開新的斗爭(zhēng)。當(dāng)然，短促的“二次革命”沒有完成反袁的任務(wù)，也未能捍衛(wèi)誕生不足兩周年的共和制度，而以悲劇告終。但這種結(jié)局是可以理解的。“二次革命”力圖實(shí)行南京臨時(shí)政府的北伐決策，卻已錯(cuò)過時(shí)機(jī)。斗爭(zhēng)高潮業(yè)已消退，辛亥革命趨于尾聲。強(qiáng)弩之末，事難可為。正如孫中山后來所總結(jié)的：“所以失敗者，非袁氏兵力之強(qiáng)，實(shí)同黨人心之渙散。”鄒魯：《中國(guó)國(guó)民黨史稿》第3篇，第1048~1049頁。