中共軍隊(duì)入北平前夕，朱家驊、胡適等曾三次安排陳垣上飛機(jī)離京，但陳垣決意留下。他自己陳述的理由是，對國民黨無好感，而自己二十多年不問政治，不會有危險。在隨后幾年針對知識分子的思想改造運(yùn)動中，陳垣表露了當(dāng)時留京的心態(tài)：“我是抱著懷疑的心理要看一看，到底什么原因共產(chǎn)黨能打敗國民黨的幾百萬軍隊(duì)？這一定有個道理。”一位京城著名校長、著作等身的老學(xué)人能有這樣初步的思想傾向性，無疑讓中共高層有所欣然和期盼。

對中共所指定的《新民主主義論》、《國際主義與民族主義》等理論書籍，陳垣始終持“認(rèn)真閱讀”（校黨委評語）的態(tài)度。在一件帶有“絕密”字樣的校方整理《陳垣小傳》（1958年12月）中寫道：“解放以來他對黨的領(lǐng)導(dǎo)是尊重的，時事學(xué)習(xí)從未間斷，特別是對主席和中央其他負(fù)責(zé)同志的講話或報告反復(fù)閱讀。”1954年全國人大辦公廳《情況匯編》第一期中曾記載，病中的陳垣不顧醫(yī)囑，仍執(zhí)意要去參加全國人大小組會議，他說：“能參加這次大會感到很高興，好久沒看到毛主席了，一定要積蓄精力，參加有毛主席出席的會。”

有感于國家經(jīng)濟(jì)的迅速恢復(fù)和發(fā)展，他在不同層次的學(xué)習(xí)會上這樣表述過：“解放區(qū)來的干部是好干部，共產(chǎn)黨是一個不平常的黨。”“對今天這樣的政府之下的生活，還有什么理由對政治灰心，對政治不聞不問呢？”他有一句名言常常為統(tǒng)戰(zhàn)部門的工作報告所引用：“過去幾十年自己太無知了，恨自己接觸黨太晚了。”

1953年至1956年，陳垣在學(xué)校大小會上時常發(fā)言，大都是號召師生積極參加黨的運(yùn)動，努力配合政府各項(xiàng)任務(wù)。這些發(fā)言稿多是學(xué)校辦公室年輕干部們幫忙起草的，講話要點(diǎn)大都出自中共最新公布的文件精神，四平八穩(wěn)，必然帶有十足的概念化。但陳垣每次講述起來都揉進(jìn)不少激情，稍加一些個人發(fā)揮，減弱了草稿中社論一般的生硬程度。譬如1953年冬天因面粉供應(yīng)緊張，市政府決定收縮供應(yīng)并憑證售出。此事一出，遭致社會各界較大的不解和埋怨，也引起市委、市政府的不安和焦慮，趕緊布置相關(guān)的解釋排憂的工作，希望將負(fù)面影響降至最低。陳垣為此在全校群眾大會上積極闡發(fā)這一政策，希望師生多從正面理解和響應(yīng)，他說：“解放四年的經(jīng)驗(yàn)，使我們深刻認(rèn)識到黨和國家的一切政策都是以人民的最大利益出發(fā)的，大家應(yīng)該信賴政府，從大處著眼，從長遠(yuǎn)利益的全局出發(fā)來考慮問題，不要只看到小的利益，要把好的執(zhí)行，保證國家工業(yè)化的建設(shè)任務(wù)。”（見1953年11月6日市高校黨委《各校教授對面粉計劃供應(yīng)的反映》）

這些言語確是充滿政治上的剛性特點(diǎn)，沒有老學(xué)者所推崇的柔美、滋潤的文字長處，說到學(xué)者的嘴上多少有些糾結(jié)、拗口。從當(dāng)年會議記錄原稿來看，那幾年陳垣應(yīng)約念了不少這樣強(qiáng)烈政治化的稿件，通過個人影響和名氣來配合政府的諸多事務(wù)工作，以高度熱情的語言姿態(tài)來化解一些學(xué)界的矛盾和困惑，其中肯定有真切的投入，也會有不自主的盲從和苦澀。