國民黨和共產黨之間公開的團結維持到1941年1月，盡管其間有一系列的小事導致了兩黨統(tǒng)一戰(zhàn)線的緊張。全國范圍內，蔣介石的一位同僚（雖然也是與他爭奪權力的對手）汪精衛(wèi)在南京建立了傀儡政府，更增加了共產黨對國民黨的懷疑，他們懷疑國民黨已經打算屈服于日本的壓力，加入反共戰(zhàn)線。離家鄉(xiāng)越來越遠，西北地區(qū)領土爭端不斷，表面上團結的軍隊內部也發(fā)生過好幾次流血沖突事件。更異乎尋常的是，1939年末，國民黨又開始了對共產黨延安根據地的封鎖。無論如何，單單只是1941年1月的“新四軍事件”[ 即“皖南事變”。]就更讓這名存實亡的統(tǒng)一戰(zhàn)線不復存在了。

新四軍與八路軍都是共產黨最富戰(zhàn)斗力的軍隊。此前共產黨的軍隊主要集中在北方作戰(zhàn)，1939年他們開始向南方的長江地區(qū)進軍，那里正是日軍占領和國民黨統(tǒng)治腹地。在那里，整編不久的新四軍沿用了游擊戰(zhàn)術，他們同時組織廣大農民加入革命抗戰(zhàn)的行列，他們還從國民黨試圖招兵買馬的農村地區(qū)招募士兵。因此國民黨更加懷疑共產黨軍隊的意圖，他們勒令共產黨的部隊從南部地區(qū)往北撤退。與此同時，八路軍也成功潛入日軍防線后的華北地區(qū)。

1940年，在國民黨戰(zhàn)時首府重慶，共產黨與國民黨協(xié)商共產黨的軍隊的作戰(zhàn)邊界線。按照協(xié)議，新四軍撤回長江以北、八路軍撤回黃河以北的最后期限被定在1940年末。至于誰對誰做了些什么，一直沒有定論，國共兩黨彼此各執(zhí)一詞。唯一清楚的是，直至1941年1月，新四軍的軍部依然在長江以南。這支大約九千人的軍隊在1月4日被國民黨部隊重重包圍。這場慘烈的戰(zhàn)役持續(xù)了十天。新四軍不少將領在這次戰(zhàn)斗中犧牲，另外還有七千多名士兵喪命。

這次事件顯然是共產黨的一次軍事災難，共產黨即刻譴責國民黨的背叛行為。國民黨軍隊加緊了對共產黨根據地的封鎖。毛澤東在給戰(zhàn)友的電報中寫道：“蔣介石所談論的道德都是謊言，無論什么時候都不值得相信。”1月17日，蔣介石發(fā)表宣言，聲稱新四軍是叛軍，這激起毛澤東的憤怒，為此他寫下“這是全國范圍內的一次突發(fā)事件，整個國家都分裂了”這樣的話。然而，毛澤東還是希望維持這樣一個表面上的合作關系，并提醒他的部隊將領，“除非蔣介石宣布徹底決裂……我們不能首先樹起反蔣旗幟”。

“新四軍事件”引發(fā)了共產黨內部的軍力重組。劉少奇得到了提拔，建國后他最后成為毛澤東的親密同事。這一事件也標志著共產黨組織與游擊隊伍從統(tǒng)一戰(zhàn)線的重負中解脫了出來。這成為共產黨在公共關系方面一次意外的成功，它提醒所有愛國人士，無論從屬于什么政治組織，現在他們都相信共產黨是唯一能夠幫他們抵御日本侵略的政黨。日本人注意到中國國內勢力的分裂，對共產黨的軍隊開始了兇殘的鎮(zhèn)壓，這些活動一直持續(xù)到戰(zhàn)爭結束。

為理順此次事件，毛澤東花費大量時間投身于電報往來中。這之后的1月31日，毛澤東才抽出時間給他在莫斯科的兒子們寫信。他們一直保持通信。他在信中表揚了岸英和岸青的勤奮，同時也提醒他們少談政治，多學習自然科學。毛澤東提醒他們不要聽太多的表揚和贊美，因為聽太多好話會讓他們“易長自滿之氣，得意忘形”，還建議他們“腳踏實地，實事求是”。