南洋公學(xué)自開辦以來，有一部分之教員及管理員不為學(xué)生所喜。吳稚暉君任公學(xué)教員時(shí)，為組織衛(wèi)學(xué)會(huì)，已起沖突。學(xué)生被開除者十余人。吳君亦以是辭職，赴日本。而不孚人望之教員，則留校如故。是年（1902年）11月間，有中院第五班生，以誤置墨水瓶于講桌上，為教員所責(zé)。同學(xué)不平，要求總理去教員，總理不允，欲懲戒學(xué)生。于是激而為全體退學(xué)之舉。特班生亦犧牲其保舉經(jīng)濟(jì)特科之資格，而相率退學(xué)，論者謂為孑民平日提倡民權(quán)之影響。孑民亦以是引咎而辭職。

南洋公學(xué)學(xué)生既退學(xué)，謀自立學(xué)校，乃由孑民為介紹于中國教育會(huì)，募款設(shè)校，沿女學(xué)校之名，曰愛國學(xué)社。以孑民為代表，請(qǐng)吳稚暉君、章太炎君等為教員。與《蘇報(bào)》訂約，每日由學(xué)社教員任論說一篇，而《蘇報(bào)》館則每月助學(xué)社銀一百圓以為酬。于是《蘇報(bào)》館遂為愛國學(xué)社之機(jī)關(guān)報(bào)矣。吳君又發(fā)起張園演說會(huì)，昌言革命。會(huì)南京陸師學(xué)堂退學(xué)生十余人，亦來學(xué)社，章行嚴(yán)君其一也。于是請(qǐng)彼等教授兵式體操。孑亦剪發(fā)，服操衣，與諸生同練步伐。無何，留日學(xué)生為東三省俄兵不撤事發(fā)起軍國民教育會(huì)，于是愛國學(xué)社亦組織義勇隊(duì)以應(yīng)之。是時(shí)，愛國學(xué)社幾為國內(nèi)唯一之革命機(jī)關(guān)矣。