1986年，霍多爾科夫斯基的婚姻出現(xiàn)了問題。當時他是蘇聯(lián)共青團高級干部，負責(zé)審核門捷列夫化工學(xué)院的招聘工作。一位名叫因娜的年輕美貌的姑娘來應(yīng)聘實驗室助手職位，結(jié)果她被招聘到蘇聯(lián)共青團辦公室，和他一起工作。兩年之后，這兩人便結(jié)了婚。第二位霍多爾科夫斯基夫人為他養(yǎng)育了三個孩子，并陪同丈夫踏上尋求財富與權(quán)力的夢幻之旅。然而，當風(fēng)光不再，榮華富貴一去不復(fù)返之后，她唯有在家中苦苦等候丈夫從西伯利亞勞改營歸來。

1987年，霍多爾科夫斯基在咖啡館經(jīng)營成功之后，又開始著手下一個商業(yè)目標：建立教育合作社。這次，他利用的是戈爾巴喬夫新頒布的關(guān)于經(jīng)濟改革自由化的條款。該項條款允許國立大學(xué)或?qū)W院在自己的專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)建立研究和發(fā)展中心，以促進科學(xué)發(fā)展。此外，作為激勵條件，可以允許新成立的組織運用專業(yè)知識服務(wù)社會、獲取利潤?；舳酄柨品蛩够芸煊X察到了立法機構(gòu)所賜予的商機。他放棄了門捷列夫化工學(xué)院的碩士學(xué)業(yè)，并減少了在蘇聯(lián)共青團所承擔的工作事務(wù)，著手建立一個名稱頗為大氣的“跨行業(yè)科技進步中心”，該中心的俄文首字母縮寫為梅那切普（Menatap）。對于霍多爾科夫斯基而言，這是他的首次巨大突破。

以扶助科學(xué)研究的名義，梅那切普為國有企業(yè)和政府部門提供計算機編程服務(wù)，這些企業(yè)和部門的信息技術(shù)網(wǎng)絡(luò)當時還處于萌芽狀態(tài)。門捷列夫化工學(xué)院年輕的科學(xué)家具備這一市場所需的技術(shù)能力，而霍多爾科夫斯基擁有經(jīng)營企業(yè)的理念，梅那切普能夠?qū)⑺麄兊膬?yōu)勢發(fā)揮得淋漓盡致。梅那切普的服務(wù)質(zhì)量上乘，收費頗高，因此盈利相當可觀。由于信息技術(shù)專家奇缺，加之政府保障其網(wǎng)絡(luò)運行的專業(yè)人員不足，梅那切普的服務(wù)供不應(yīng)求。到了1987年，為給公司招募更多的編程員，霍多爾科夫斯基在一家科學(xué)雜志上打出了招聘廣告。當時前來應(yīng)聘的三位年輕人，后來成為與霍多爾科夫斯基共同創(chuàng)業(yè)的終身商業(yè)伙伴和朋友。在后蘇聯(lián)時代，他們創(chuàng)建了最輝煌的商業(yè)帝國。