受到這一發(fā)現的鼓舞，埃爾利希又進行多項化學實驗。生物化學的宇宙向他敞開了大門：這是一個由各種特殊性質的分子組成、被不同尋常的規(guī)則所統(tǒng)治的天地。在血液中，有些化合物從前體物變?yōu)榛钚运幬铮硪恍﹦t從活性藥物變?yōu)槭Щ罘肿?。有些化合物隨尿液排出，另外一些聚集在膽汁中，或是在血液中被立刻分解。一種分子可能在動物體內存活好幾天，但它的化學表親（只在關鍵的幾個原子上有差別的一種變體）卻可能在幾分鐘內就在體內消失。

1910年4月19日，在威斯巴登（Wiesbaden）群賢云集的內科醫(yī)學大會上，埃爾利希宣布又發(fā)現了一個有“特異親和性”的分子，引起極大轟動。這種新藥被神秘地稱為“化合物606”（compound 606），可有效對抗一種惡名昭著、且能引發(fā)梅毒的微生物——梅毒螺旋體（Treponema pallidum）。在埃爾利希生活的時代， “歐洲18世紀的隱疾”——梅毒，仍是聳人聽聞的惡性傳染病。埃爾利希知道，一種抗梅毒的藥物一定會迅速引起轟動，他已做好準備。在圣彼得堡的醫(yī)院，化合物606已經被秘密地用于病人身上進行測試，后又對馬格德堡醫(yī)院（Magdeburg Hospital）的神經梅毒病人進行了再次測試；每次實驗都獲得了非凡的成功。在赫斯特化工廠（Hoechst Chemical Works）的資助下，一間大型工廠拔地而起，準備投入商業(yè)生產。

埃爾利希在錐蟲紅和化合物606方面的成功 ，證明了疾病只是病理上的鎖，有待正確的分子將其解開。如今，潛在的可被治愈的疾病在他眼前一望無際。埃爾利希把自己的藥稱為“神奇的子彈”，之所以稱其為“子彈”，是因為它們具有殺菌能力，而“神奇”則指其特異性。這種表達散發(fā)著古老的、有如煉金術一般的光彩，它將在未來的腫瘤學研究中不斷回響。梅毒和嗜睡癥（trypanosomiasis）是微生物引起的疾病。埃爾利希的神奇子彈還有最后一個目標。要擊潰癌癥。他緩緩地向著這一終極目標推進。從1904年到1908年之間，埃爾利希利用他龐大的化學火藥庫，精心配備、設計了幾套方案去尋找抗癌藥物。他嘗試了酰胺、苯胺類、磺胺類衍生物、砷、溴化物和乙醇，企圖殺滅癌細胞。但連戰(zhàn)皆北，無一奏效。他發(fā)現，對癌癥有毒害作用的物質，也都不可避免地連累正常細胞。受此打擊，他甚至開始嘗試更荒誕的方法，比如控制細胞新陳代謝，餓死惡性腫瘤細胞；或者用誘餌分子誘騙它們死亡（這一策略的提出比蘇巴拉奧的抗葉酸衍生物早了將近50年）。但是，這一搜尋具有識別癌細胞和正常細胞能力的終極抗癌良藥的努力，仍然是徒勞的。他的藥理子彈識別力太低且威力過小，遠稱不上神奇。

1908年，由于特異親和性原理的發(fā)現，埃爾利希獲得諾貝爾獎；不久之后，德國威廉大帝（Kaiser Wilhelm）在自己的王宮里私下接見了他。威廉大帝是出了名的憂郁癥患者，被各種真真假假的疾病所困擾，正遍尋良方以解疾困。他想知道埃爾利希手邊是否有抗癌藥物。

埃爾利希沒有正面答復。他解釋，癌癥細胞與細菌細胞是有根本區(qū)別的兩種標靶。特異親和性依靠的并非“類同”性，而是與其相反的特性，即“相異性”。埃爾利希的化學物質能成功命中細菌，是因為細菌酶與人體酶有根本差異；但在癌癥方面，癌細胞與人體正常細胞的相似，使得化學物質幾乎不可能命中癌細胞。