在樹(shù)木系統(tǒng)中，內(nèi)在的連接關(guān)系是那些影響著樹(shù)木新陳代謝過(guò)程的物質(zhì)流動(dòng)和化學(xué)反應(yīng)，也就是讓系統(tǒng)中某一部分對(duì)另外一些部分的狀況做出反應(yīng)的各種信號(hào)。

例如，晴天時(shí)，當(dāng)樹(shù)葉散失了水分，負(fù)責(zé)輸送水分的葉脈中的壓力就會(huì)減小，從而從樹(shù)根那里汲取更多的水分；相反，如果樹(shù)根察覺(jué)到土壤變得干燥、水分減少，葉脈中壓力減小的信號(hào)就會(huì)讓樹(shù)葉關(guān)閉毛孔，以避免流失更多的水分。

在溫帶，隨著白晝的逐漸縮短，落葉樹(shù)木會(huì)釋放出一些化學(xué)信號(hào)，使樹(shù)葉中的養(yǎng)分向樹(shù)干和樹(shù)根傳輸，從而導(dǎo)致葉莖枯萎、樹(shù)葉脫落。甚至當(dāng)某個(gè)部分遭到害蟲(chóng)攻擊時(shí)，樹(shù)木也能發(fā)出一些信號(hào)，讓自身產(chǎn)生驅(qū)蟲(chóng)的化學(xué)反應(yīng)或形成更加堅(jiān)固的細(xì)胞壁。

沒(méi)有人了解是什么讓樹(shù)木做出這樣的反應(yīng)，但這也不足為奇，因?yàn)檠芯肯到y(tǒng)的要素畢竟要比研究其內(nèi)在的關(guān)系簡(jiǎn)單得多。在一個(gè)大學(xué)系統(tǒng)中，內(nèi)在連接包括入學(xué)標(biāo)準(zhǔn)、學(xué)位要求、考試和分?jǐn)?shù)、預(yù)算和現(xiàn)金流、人們的閑談等。當(dāng)然，最重要的是知識(shí)的交流，這或許才是整個(gè)系統(tǒng)的根本目的。系統(tǒng)中的某些連接是實(shí)實(shí)在在的物質(zhì)流，例如樹(shù)干中的水分，或者學(xué)生在大學(xué)中的改變；還有很多連接是信息流，也就是系統(tǒng)中影響決策和行動(dòng)的各種信號(hào)。這類(lèi)連接通常很難被發(fā)現(xiàn)，但只要你用心，就會(huì)看到它們。例如，學(xué)生們可能會(huì)通過(guò)一些非正式的信息渠道，去了解每門(mén)課獲得高分的概率，從而決定選修哪些課；消費(fèi)者可能會(huì)參考其收入、儲(chǔ)蓄、貸款額度、家中的存貨量、商品價(jià)格和數(shù)量等信息，來(lái)做出是否購(gòu)買(mǎi)的決策；政府在出臺(tái)切合實(shí)際的治污法規(guī)之前，也需參考水污染的種類(lèi)和數(shù)量等信息（當(dāng)然，了解問(wèn)題存在的相關(guān)信息是必要的，但還不足以采取行動(dòng)——我們還需要了解資源、動(dòng)機(jī)和結(jié)果等信息）。

如果說(shuō)基于信息的連接都很難被發(fā)現(xiàn)的話，那么與系統(tǒng)的功能或目標(biāo)有關(guān)的連接就更難被察覺(jué)了。只有通過(guò)分析系統(tǒng)的運(yùn)作，我們才有可能明確地表述出系統(tǒng)的功能或目標(biāo)。要想推斷出系統(tǒng)的目標(biāo)，最好的方法就是仔細(xì)地觀察一段時(shí)間，看看系統(tǒng)有哪些行為。

如果一只青蛙向右轉(zhuǎn)捉住了一只蒼蠅，然后向左轉(zhuǎn)又捉住了另一只蒼蠅，接著又向后轉(zhuǎn)捉住了第三只蒼蠅，那么我們就可以判斷出青蛙的目的并非是向左、向右或向后轉(zhuǎn)身，而是為了捕捉蒼蠅。如果一個(gè)政府宣稱(chēng)要保護(hù)環(huán)境，卻只為此撥付了很少量的資金，投入很少的精力，那么我們就可以判斷出政府的實(shí)際目的并非保護(hù)環(huán)境。因此，必須通過(guò)實(shí)際行為來(lái)推斷系統(tǒng)的目標(biāo)，而不能只看表面的言辭或其標(biāo)榜的目標(biāo)。